[ Paquet source : tnseq-transit ]
Paquet : tnseq-transit (3.3.12-1 et autres)
Liens pour tnseq-transit
Ressources Debian :
- Rapports de bogues
- Developer Information
- Journal des modifications Debian
- Fichier de licence
- Suivis des correctifs pour Debian
Télécharger le paquet source tnseq-transit :
- [tnseq-transit_3.3.12-1.dsc]
- [tnseq-transit_3.3.12.orig.tar.gz]
- [tnseq-transit_3.3.12-1.debian.tar.xz]
Responsables :
- Debian Med Packaging Team (Page QA, Archive du courrier électronique)
- Andreas Tille (Page QA)
- Étienne Mollier (Page QA)
Ressources externes :
- Page d'accueil [saclab.tamu.edu]
Paquets similaires :
statistical calculations of essentiality of genes or genomic regions
This is a software that can be used to analyze Tn-Seq datasets. It includes various statistical calculations of essentiality of genes or genomic regions (including conditional essentiality between 2 conditions). These methods were developed and tested as a collaboration between the Sassetti lab (UMass) and the Ioerger lab (Texas A&M)
TRANSIT is capable of analyzing TnSeq libraries constructed with Himar1 or Tn5 datasets.
TRANSIT assumes you have already done pre-processing of raw sequencing files (.fastq) and extracted read counts into a .wig formatted file. The .wig file should contain the counts at all sites where an insertion could take place (including sites with no reads). For Himar1 datasets this is all TA sites in the genome. For Tn5 datasets this would be all nucleotides in the genome.
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Télécharger tnseq-transit
| Architecture | Version | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
|---|---|---|---|---|
| alpha (portage non officiel) | 3.3.12-1 | 17 172,8 ko | 98 383,0 ko | [liste des fichiers] |
| amd64 | 3.3.12-1 | 17 162,1 ko | 98 383,0 ko | [liste des fichiers] |
| arm64 | 3.3.12-1 | 17 162,1 ko | 98 383,0 ko | [liste des fichiers] |
| armel | 3.3.12-1 | 17 162,1 ko | 98 383,0 ko | [liste des fichiers] |
| armhf | 3.3.12-1 | 17 162,1 ko | 98 383,0 ko | [liste des fichiers] |
| hppa (portage non officiel) | 3.3.12-1 | 17 162,1 ko | 98 383,0 ko | [liste des fichiers] |
| i386 | 3.3.12-1 | 17 162,1 ko | 98 383,0 ko | [liste des fichiers] |
| ia64 (portage non officiel) | 2.3.2-1 | 5 916,9 ko | 35 975,0 ko | [liste des fichiers] |
| loong64 (portage non officiel) | 3.3.12-1 | 17 162,2 ko | 98 383,0 ko | [liste des fichiers] |
| m68k (portage non officiel) | 3.3.12-1 | 17 172,8 ko | 98 383,0 ko | [liste des fichiers] |
| mips64el | 3.3.12-1 | 17 162,2 ko | 98 383,0 ko | [liste des fichiers] |
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| ppc64el | 3.3.12-1 | 17 162,2 ko | 98 383,0 ko | [liste des fichiers] |
| riscv64 | 3.3.12-1 | 17 162,2 ko | 98 383,0 ko | [liste des fichiers] |
| s390x | 3.3.12-1 | 17 162,1 ko | 98 383,0 ko | [liste des fichiers] |
| sh4 (portage non officiel) | 3.3.12-1 | 17 172,8 ko | 98 383,0 ko | [liste des fichiers] |
| sparc64 (portage non officiel) | 2.3.2-1 | 5 916,9 ko | 35 975,0 ko | [liste des fichiers] |
| x32 (portage non officiel) | 3.1.0-2 | 6 757,1 ko | 41 315,0 ko | [liste des fichiers] |