Paquet : tabix (1.22.1+ds2-1 et autres)

Liens pour tabix

Ressources Debian :

Télécharger le paquet source htslib :

Responsables :

Ressources externes :

Page d'accueil [github.com]

Paquets similaires :

indexeur générique pour fichiers de positions de génome, délimités par des tabulations

Tabix indexe des fichiers où certaines colonnes indiquent les coordonnées de séquence : nom (habituellement un chromosome), départ et fin. Le fichier de données d'entrée doit être trié en fonction du positionnement et compressé par bgzip (fourni dans ce paquet), qui a une interface similaire à celle de gzip. Après indexation, tabix est en mesure de récupérer rapidement les lignes de données par coordonnées chromosomiques. La récupération rapide des données fonctionne aussi sur le réseau si une URI est donnée comme nom de fichier.

Ce paquet a été compilé à partir du code source de HTSlib et fournit les outils bgzip, htsfile et tabix.

Étiquettes: Mis en œuvre en: C, Rôle: Programme, Sciences: science::calculation, use::calculating, Format pris en charge: HTML, Hypertext Markup Language, Fonctionne avec: Texte

Autres paquets associés à tabix

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libbz2-1.0

Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)
dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, loong64, sh4]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libdeflate0 (>= 1.0)

compression et décompression de tampon complet rapide basée sur DEFLATE
dep: libhtscodecs2 (>= 1.3.0)

Custom compression for CRAM and others
dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614)

librairie de compression au format XZ
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger tabix

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.22.1+ds2-1	496,8 ko	2 770,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.22.1+ds2-1	529,4 ko	2 579,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.22.1+ds2-1	458,0 ko	2 319,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.22.1+ds2-1	418,8 ko	2 252,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.22.1+ds2-1	422,0 ko	1 612,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.22.1+ds2-1	475,8 ko	2 332,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.22.1+ds2-1	539,7 ko	2 668,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.19+ds-1.1+b1	558,6 ko	4 599,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	1.22.1+ds2-1	489,0 ko	2 575,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.22.1+ds2-1	442,7 ko	2 124,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.22.1+ds2-1	454,8 ko	2 752,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.22.1+ds2-1	510,4 ko	3 215,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.22.1+ds2-1	528,6 ko	3 151,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.22.1+ds2-1	505,7 ko	1 943,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.22.1+ds2-1	479,9 ko	2 527,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.22.1+ds2-1	509,8 ko	2 063,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.22.1+ds2-1	415,6 ko	3 166,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.22.1+ds2-1	493,3 ko	2 312,0 ko	[liste des fichiers]