Paquet : ivar (1.4.2+dfsg-3 et autres) [debports]

Liens pour ivar

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Introuvable

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Ressources externes :

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Paquets similaires :

fonctions largement utiles pour le séquençage de virus basé sur les amplicons

iVar is a computational package that contains functions broadly useful for viral amplicon-based sequencing. Additional tools for metagenomic sequencing are actively being incorporated into iVar. While each of these functions can be accomplished using existing tools, iVar contains an intersection of functionality from multiple tools that are required to call iSNVs and consensus sequences from viral sequencing data across multiple replicates. iVar provided the following functions:

 1. trimming of primers and low-quality bases,
 2. consensus calling,
 3. variant calling - both iSNVs and insertions/deletions, and
 4. identifying mismatches to primer sequences and excluding the
    corresponding reads from alignment files.

Autres paquets associés à ivar

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.34)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1)

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libhts3t64 (>= 1.17)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

bibliothèque standard C++ de GNU v3

rec: samtools

traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

Télécharger ivar

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
m68k (portage non officiel)	1.4.2+dfsg-3+b1	197,4 ko	1 473,0 ko	[liste des fichiers]