Paquet : bedtools (2.31.1+dfsg-2 et autres)

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Paquets similaires :

suite d'utilitaires pour la comparaison des caractéristiques de génomes

Les utilitaires BEDTools permettent de traiter les tâches génomiques ordinaires telles que trouver les chevauchements de caractéristiques et informatiser les données. Les utilitaires sont en grande partie basés sur quatre formats de fichier très utilisés : BED, GFF/GTF, VCF et SAM/BAM. En utilisant BEDTools, il est possible de développer des enchainements sophistiqués qui répondent à des questions de recherche en utilisant plusieurs outils séquentiellement.

L'outil groupBy est fourni par le paquet filo.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c++, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Ensemble, But: use::analysing, use::comparing, Conversion de données, use::filtering, works-with::biological-sequence

Autres paquets associés à bedtools

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libbz2-1.0 [non sparc64]

Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)
dep: libc6 (>= 2.23) [sparc64]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, sh4, sparc64]

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x, x32]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, ia64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, sh4]

dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

Paquet indisponible
dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614) [non sparc64]

librairie de compression au format XZ
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non sparc64]

bibliothèque standard C++ de GNU v3

dep: libstdc++6 (>= 5.2) [sparc64]
dep: libunwind8 [ia64]

bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [non sparc64]

Bibliothèque de compression - binaires

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [sparc64]

Télécharger bedtools

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	2.31.1+dfsg-2	608,1 ko	2 458,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	2.31.1+dfsg-2	661,8 ko	2 106,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.31.1+dfsg-2	574,4 ko	2 006,0 ko	[liste des fichiers]
armel	2.31.1+dfsg-2	547,2 ko	1 817,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	2.31.1+dfsg-2	564,5 ko	1 313,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	2.31.1+dfsg-2	621,0 ko	1 976,0 ko	[liste des fichiers]
i386	2.31.1+dfsg-2	727,9 ko	2 301,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	2.31.1+dfsg-2	796,8 ko	4 272,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	2.31.1+dfsg-2	623,5 ko	2 045,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2.31.1+dfsg-2	582,9 ko	2 599,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	2.31.1+dfsg-2	658,7 ko	2 710,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.31.1+dfsg-2	664,1 ko	2 518,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	2.31.1+dfsg-2+b2	644,0 ko	1 603,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	2.31.1+dfsg-2	646,6 ko	2 162,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	2.31.1+dfsg-2	752,8 ko	1 942,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	2.26.0+dfsg-5	460,9 ko	1 898,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	2.31.1+dfsg-2	665,9 ko	2 001,0 ko	[liste des fichiers]