Paquet : reapr (1.0.18+dfsg-4)

Liens pour reapr

Ressources Debian :

Télécharger le paquet source reapr :

Responsables :

Ressources externes :

Page d'accueil [www.sanger.ac.uk]

Paquets similaires :

outil universel pour l’évaluation d’assemblage de génomes

REAPR est un outil pour évaluer la précision d’un assemblage génomique en utilisant des lectures de séquences appariées cartographiées, sans utiliser un génome de référence pour la comparaison. Il peut être utilisé à n’importe quel stade d’une tuyauterie d’assemblage pour casser automatiquement les échafaudages incorrects et signaler d’autres erreurs dans un assemblage pour une inspection manuelle. Il rapporte les mauvais assemblages et autres avertissements, et produit un nouvel assemblage interrompu se basant sur les appels d’erreur.

Ce logiciel demande en entrée un assemblage au format FASTA et des lectures de séquences appariées cartographiées pour un assemblage dans un fichier BAM. Les informations de cartographie, telles que la couverture de fragment et la distribution de tailles d’insertions sont analysées pour localiser les mauvais assemblages. REAPR fonctionne mieux avec des paires de lectures cartographiées à partir d’une grande bibliothèque d’insertions (au moins mille paires de bases). De plus, si une courte bibliothèque Illumina d’insertions est disponible, REAPR peut la combiner avec une grande bibliothèque d’insertions pour évaluer chaque base de l’assemblage.

Étiquettes: Biologie: Acides nucléiques, Domaine: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Interface utilisateur: Ligne de commande, Rôle: role::program, works-with::biological-sequence

Autres paquets associés à reapr

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: bamtools

boîte à outils de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)
dep: libbamtools2.5.1

bibliothèque dynamique de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)
dep: libc6 (>= 2.17)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libfile-copy-link-perl

Perl extension for replacing a link by a copy of the linked file
dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libhts2 (>= 1.0)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: libtabixpp0

C++ wrapper to tabix indexer
dep: r-base

système de calcul statistique et de graphique GNU R
dep: samtools (>= 1.3)

traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM
dep: smalt

Sequence Mapping and Alignment Tool
dep: snpomatic

logiciel de mappage strict et rapide de « lectures courtes »
dep: tabix

indexeur générique pour fichiers de positions de génome, délimités par des tabulations
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger reapr

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
arm64	180,3 ko	925,0 ko	[liste des fichiers]