Paquet : r-cran-ape (5.4-1-1)

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Paquets similaires :

paquet de GNU R pour l’analyse de phylogénie et d’évolution

Ce paquet fournit des fonctions pour lire, écrire, tracer et manipuler des arbres phylogénétiques, des analyses de données comparatives dans un environnement phylogénétique, des analyses de caractères ancestraux, des analyses de diversification et macroévolution, pour calculer des distances de séquences d’ARN, pour lire et écrire des séquences de nucléotides, ainsi que l’importation à partir de BioConductor et plusieurs outils tels que le test de Mantel, les tracés de profils d’horizon généralisés (generalized skyline plots), l’exploration graphique de données phylogénétiques (alex, trex, kronoviz), l’estimation de taux évolutionnaires absolus et des arbres similaires à des horloges utilisant les longueurs de chemin moyennes, la vraisemblance pénalisée, des arbres de datation avec des séquences contemporaines, la traduction de séquences d’ADN en séquences AA et l’évaluation d’alignements de séquences. L’estimation phylogénétique peut être faite avec les méthodes NJ, BIONJ, ME, MVR, SDM et de « triangle » ainsi que plusieurs méthodes gérant les matrices incomplètes de distance (NJ*, BIONJ*, MVR* et la « méthode du triangle » correspondante. Quelques fonctions appellent des applications externes (PhyML, Clustal, T-Coffee, Muscle) dent les résultats sont renvoyés dans R.

Étiquettes: Développement de logiciel: Programmation GNU R, Domaine: Statistiques, Mis en œuvre en: GNU R

Autres paquets associés à r-cran-ape

dépendances

recommandations

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enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: liblapack3

bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version partagée

ou liblapack.so.3

paquet virtuel fourni par libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: r-api-4.0

paquet virtuel fourni par r-base-core
dep: r-base-core (>= 4.0.2-1)

noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques
dep: r-cran-lattice

paquet GNU R pour les graphes « Trellis »
dep: r-cran-nlme

paquet de GNU R pour les modèles mixtes (non)linéaires
dep: r-cran-rcpp (>= 0.12.0)

GNU R package for Seamless R and C++ Integration

sug: clustalw

alignement de séquences de nucléotides ou de peptides
sug: muscle

Programme d'alignements multiples de séquences de protéine
sug: phyml

estimation phylogénétique utilisant la probabilité maximale
sug: r-cran-expm

GNU R Computation of the matrix exponential and related quantities
sug: r-cran-gee

Generalized Estimation Equation Solver
sug: r-cran-igraph

analyse et visualisation de réseau avec GNU R
sug: t-coffee

alignement multiple de séquences

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