Paquet : barrnap (0.9+dfsg-3)

prédiction ribosomale rapide d'ARN

Barrnap (« BAsic Rapid Ribosomal RNA Predictor ») prédit l'emplacement de gènes d'ARN ribosomal dans les génomes. Il gère les bactéries (5S,23S,16S), les archées (5S,5.8S,23S,16S), les mitochondries (12S,16S) et les eucariotes (5S,5.8S,28S,18S).

Barrnap prend des séquences d'ADN FASTA en entrée et écrit en GFF3 en sortie. Il utilise l'outil NHMMER fournit par HMMER 3.1 pour la recherche HMM de type ARN ou ADN. Le multithreading est pris en charge et il faut s'attendre à une accélération grossièrement linéaire avec le nombre de processeurs.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::perl, interface::commandline, Rôle: Programme, But: use::searching, works-with::biological-sequence

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