Paquets logiciels dans « bookworm », Sous-section science

3depict (0.0.23-2)

visualisation et analyse pour des données de point à valeurs uniques

abacas (1.3.1-9)

fermeture d'espaces dans des alignements génomiques depuis des lectures courtes

abacas-examples (1.3.1-9)

données d’exemple pour abacas pour combler les trous dans les alignements génomiques

abinit (9.6.2-1)

paquet pour les calculs de structure électronique

abpoa (1.4.1-3+b4)

adaptive banded Partial Order Alignment

abyss (2.3.5+dfsg-2)

assembleur de séquences de novo parallèles pour les lectures courtes

acedb-other (4.9.39+dfsg.02-7+b1)

Récupération d'ADN ou de séquences de protéines

acedb-other-belvu (4.9.39+dfsg.02-7)

paquet de transition pour belvu

acedb-other-belvu

paquet virtuel fourni par belvu

acedb-other-dotter (4.9.39+dfsg.02-7)

paquet de transition pour dotter

acedb-other-dotter

paquet virtuel fourni par dotter

aces3 (3.0.8-9)

concepts avancés en structure électronique III

aces3-data (3.0.8-9)

concepts avancés en structure électronique III

achilles (2-12)

simulateur de vie artificielle et d'évolution

adapterremoval (2.3.3-2)

découpe d'adaptateur rapide, identification et fusion de lectures de séquences de gènes

adapterremoval-examples (2.3.3-2)

découpe d'adaptateur rapide, identification et fusion de lectures de séquences de gènes – données d'exemple

adms (2.3.7-1)

synthétiseur automatique de modèle de périphérique pour Verilog-AMS

adun-core (0.81-14+b3)

simulateur moléculaire

aegean (0.16.0+dfsg-2)

boîte d’amalgame d’outils d'analyse de génome

aeskulap (0.2.2-beta2+git20190406.ef77f01-4+b1)

Afficheur d'images médicales et client réseau DICOM

aevol (5.0+ds-3+b1)

modèle numérique de génétique pour lancer des expériences d'évolution in silico

aghermann (1.1.2-3+b3)

gestionnaire d'expérimentation de recherche sur le sommeil

aladin (12.001+dfsg-1)

atlas interactif du ciel pour des images et ensembles de données astronomiques

alfa (2.2-1+b1)

algorithme d'ajustement de ligne automatisé

algotutor (0.8.6-6)

programme d'observation des étapes intermédiaires d'un algorithme

alien-hunter (1.7-10)

Distribution des motifs d'ordre variable (IVOM) pour identifier l'ADN acquis par transfert horizontal

allelecount (4.3.0-2)

algorithmes pour le compte de copies NGS

altree (1.3.2-1+b3)

programme pour faire de l'association basée sur la phylogénétique et l'analyse de localisation

altree-examples (1.3.2-1)

fichiers d'exemple pour ALTree

amap-align (2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2)

alignement multiple de séquences protéiques par appariement

ampliconnoise (1.29-10+b2)

suppression du bruit pour les amplicons PCR séquencés 454

andi (0.14-2)

estimation efficace de distances d'évolution

any2fasta (0.4.2-2)

convert various sequence formats to FASTA

any2fasta-examples (0.4.2-2)

convert various sequence formats to FASTA (example data)

aoflagger (3.1.0-2+b5)

découverte des RFI dans les observations radioastronomiques

apbs (3.4.1-5)

solveur adaptatif de Poisson Boltzmann

apbs-data (3.4.1-5)

fichiers de données pour APBS (solveur adaptatif de Poisson Boltzmann)

apbs-doc (3.4.1-5)

solveur adaptatif de Poisson Boltzmann

apertium-af-nl (0.3.0-3)

paquet factice de transition pour apertium-afr-nld

apertium-afr-nld (0.3.0-3)

données Apertium pour les traductions entre l'afrikaans et le néerlandais

apertium-all-dev (3.8.1-2)

Metapackage for all tools required for Apertium development

apertium-anaphora (1.1.1-1+b1)

module de résolution d'anaphores pour Apertium

apertium-apy (0.11.7-2.1)

service APY d'Apertium

apertium-arg-cat (0.2.0-3)

données Apertium pour les traductions entre l'aragonais et le catalan

apertium-bel-rus (0.2.1-2)

données d’Apertium pour les traductions entre le biélorusse et le russe

apertium-br-fr (0.5.1-1)

données linguistiques Apertium pour les traductions entre le breton et le français

apertium-ca-it (0.2.2-1)

paquet factice de transition pour apertium-cat-ita

apertium-cat-ita (0.2.2-1)

données Apertium pour les traductions entre le catalan et l'italien

apertium-cat-srd (1.1.0-2)

données d'Apertium pour les traductions entre le catalan et le sarde

apertium-dan-nor (1.5.0-2)

données Apertium pour les traductions entre le danois et le norvégien

apertium-dev (3.8.3-1+b2)

outils et bibliothèque de développement pour Apertium

apertium-en-gl (0.5.4-1)

données Apertium pour les traductions entre l'anglais et le galicien

apertium-eng-cat (1.0.1-5)

données Apertium pour les traductions entre l'anglais et le catalan

apertium-eng-spa (0.8.1-2)

données Apertium pour les traductions entre l'anglais et l'espagnol

apertium-eo-en (1.0.2-1)

données Apertium pour les traductions entre l'espéranto et l'anglais

apertium-eo-fr (0.9.1-1)

données Apertium pour les traductions entre l'espéranto et le français

apertium-es-ast (1.1.1-2)

paquet factice de transition pour apertium-spa-ast

apertium-es-it (0.2.1-3)

paquet factice de transition pour apertium-spa-ita

apertium-eu-en (0.3.3-1)

données Apertium pour les traductions entre le basque et l'anglais

apertium-eval-translator (1.2.1-3)

évaluation de sortie de traduction automatique par rapport à une référence

apertium-fra-cat (1.10.0-1)

données Apertium pour les traductions entre le français et le catalan

apertium-fra-frp (1.1.0-1)

données d’Apertium pour les traductions entre le français et l'arpitan

apertium-get (1.0.0-3)

assistant pour les langues et les pairs d'Apertium et Giellateckno

apertium-hbs-eng (0.5.1-2)

données Apertium pour les traductions entre le serbo-croate et l'anglais

apertium-hbs-mkd (0.1.1-1)

données Apertium pour les traductions entre le serbo-croate et le macédonien

apertium-hbs-slv (0.5.1-2)

données Apertium pour les traductions entre le serbo-croate et le slovénien

apertium-hin (0.1.0~r59158-4)

données simples Apertium pour le hindi

apertium-id-ms (0.1.2-3)

paquet factice de transition pour apertium-ind-zlm

apertium-ind-zlm (0.1.2-3)

données Apertium pour les traductions entre l'indonésien et le malais

apertium-is-sv (0.1.1-2)

Transitional dummy package for apertium-isl-swe

apertium-isl-eng (0.1.2-1)

données Apertium pour les traductions entre l'islandais et l'anglais

apertium-isl-swe (0.1.1-2)

données Apertium pour les traductions entre l'islandais et le suédois

apertium-lex-tools (0.4.2-2)

Constraint-based lexical selection module

apertium-lex-tools-dev (0.4.2-2)

Development library for Apertium lexical selection module

apertium-mk-bg (0.2.1-2)

Transitional dummy package for apertium-mkd-bul

apertium-mk-en (0.1.3-2)

Transitional dummy package for apertium-mkd-eng

apertium-mkd-bul (0.2.1-2)

données Apertium pour les traductions entre le macédonien et le bulgare

apertium-mkd-eng (0.1.3-2)

données Apertium pour les traductions entre le macédonien et l'anglais

apertium-nno-nob (1.5.0-1)

données linguistiques Apertium pour les traductions entre le norvégien Nynorsk et le norvégien Bokmål

apertium-oci-fra (1.0.0-1)

données de traduction d’Apertium pour la paire occitan-français

apertium-pol-szl (0.2.1-3)

données d’Apertium pour les traductions entre le polonais et le silésien

apertium-por-cat (0.10.1-2)

données Apertium pour les traductions entre le portugais et le catalan

apertium-recursive (1.1.2-1+b1)

module de transfert structural récursif pour Apertium

apertium-regtest (0.9.1-3)

Regression test suite for Apertium languages and pairs

apertium-rus-ukr (0.2.1-4)

données d’Apertium pour les traductions entre le russe et l'ukrainien

apertium-separable (0.6.1-1+b1)

réordonnancement de multimots séparables ou non contigus

apertium-spa-arg (0.5.0-2)

données Apertium pour les traductions entre l'espagnol et l'aragonais

apertium-spa-ast (1.1.1-2)

données Apertium pour les traductions entre l'espagnol et l'asturien

apertium-spa-ast

paquet virtuel fourni par apertium-spa-ast

apertium-spa-cat (2.2.0-3)

données Apertium pour les traductions entre l'espagnol et le catalan

apertium-spa-ita (0.2.1-3)

données Apertium pour les traductions entre l'espagnol et l'italien

apertium-srd-ita (1.1.0-2)

données Apertium pour les traductions entre le sarde et l'italien

apertium-swe-dan (0.8.1-3)

données linguistiques Apertium pour les traductions entre le suédois et le danois

apertium-swe-nor (0.4.0-1)

données Apertium pour les traductions entre le suédois et le norvégien

apertium-urd (0.1.0~r61311-3)

données simples Apertium pour l’ourdou

apertium-urd-hin (0.1.0~r64379-4)

données Apertium pour les traductions entre l'ourdou et le hindi

aragorn (1.2.38-4)

détection ARNt et ARNtm dans les séquences de nucléotides

arb (6.0.6-5) [non-free]

phylogenetic sequence analysis suite - main program

arb-common (6.0.6-5) [non-free]

phylogenetic sequence analysis suite - common files

arden (1.0-5)

contrôle de spécificité pour les alignements de lecture utilisant une référence artificielle

ariba (2.14.6+ds-5+b1)

identification de résistance antibiotique par assemblage

art-nextgen-simulation-tools (20160605+dfsg-4+b3)

outils de simulation pour créer des lectures de séquençage synthétiques de nouvelle génération

art-nextgen-simulation-tools-profiles (20160605+dfsg-4)

profils pour les outils de simulation ART

artemis (18.2.0+dfsg-3)

navigateur de génome et outil d'annotation

artfastqgenerator (0.0.20150519-4)

création de fichiers FASTQ artificiels dérivés d'un génome de référence

artfastqgenerator-examples (0.0.20150519-4)

création de fichiers FASTQ artificiels dérivés d'un génome de référence –⋅exemples

asdftool (2.14.3-1)

outil en ligne de commande pour manipuler les fichiers de données scientifiques ASDF

ase (3.22.1-3)

environnement de simulation atomique

assembly-stats (1.0.1+ds-6)

obtention des statistiques d'assemblage à partir de fichiers FASTA et FASTQ

assemblytics (1.2.1+dfsg-1)

détection et analyse de variantes structurelles à partir d’un assemblage de génome

astap (2022.12.09-1)

solveur astrométrique, empilement d'images, photométrie et visionneur FITS

astap-cli (2022.12.09-1)

solveur astrométrique, version en ligne de commande

astro-tasks (4.0)

mélange exclusif Debian Astronomy (tâches de tasksel)

astromatic (1.3)

collection logicielle d'infrastructure astronomique

astrometry-data-2mass (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader

astrometry-data-2mass-00 (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader (2'-2.8')

astrometry-data-2mass-01 (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader (2.8'-4')

astrometry-data-2mass-02 (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader (4'-5.6')

astrometry-data-2mass-03 (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader (5.6'-8')

astrometry-data-2mass-04 (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader (8'-11')

astrometry-data-2mass-05 (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader (11'-16')

astrometry-data-2mass-06 (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader (16'-22')

astrometry-data-2mass-07 (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader (22'-30')

astrometry-data-2mass-08-19 (1.1) [contrib]

Astrometry.net 2MASS index files downloader (30'-2000')

astrometry-data-tycho2 (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 d'Astrometry.net

astrometry-data-tycho2-07 (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 d'Astrometry.net − de 22 à 30 arcminutes

astrometry-data-tycho2-07-bigendian (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 gros-boutistes d'Astrometry.net − de 22 à 30 arcminutes

astrometry-data-tycho2-07-littleendian (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 petits-boutistes d'Astrometry.net − de 22 à 30 arcminutes

astrometry-data-tycho2-08 (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 d'Astrometry.net − de 30 à 44 arcminutes

astrometry-data-tycho2-08-bigendian (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 gros-boutistes d'Astrometry.net − de 30 à 44 arcminutes

astrometry-data-tycho2-08-littleendian (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 petits-boutistes d'Astrometry.net − de 30 à 44 arcminutes

astrometry-data-tycho2-09 (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 d'Astrometry.net − de 44 à 60 arcminutes

astrometry-data-tycho2-09-bigendian (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 gros-boutistes d'Astrometry.net − de 44 à 60 arcminutes

astrometry-data-tycho2-09-littleendian (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 petits-boutistes d'Astrometry.net − de 44 à 60 arcminutes

astrometry-data-tycho2-10-19 (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 d'Astrometry.net − de 60 à 2000 arcminutes

astrometry-data-tycho2-10-19-bigendian (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 gros-boutistes d'Astrometry.net − de 60 à 2000 arcminutes

astrometry-data-tycho2-10-19-littleendian (2-4)

fichiers d'index Tycho-2 petits-boutistes d'Astrometry.net − de 60 à 2000 arcminutes

astrometry.net (0.93+dfsg-1+b1)

solveur de plaque photographique astrométrique

astronomical-almanac (5.6-7)

almanach astronomique - calcul de positions d'étoiles et de planètes

astropy-utils (5.2.1-2)

outils en ligne de commande d'astropy

atac (0~20150903+r2013-8+b3)

comparaison de génomes d'assemblage en assemblage

ataqv (1.3.0+ds-2)

contrôle de qualité et visualisation pour ATAC-seq

atropos (1.1.31+dfsg-3+b3)

Outil de taille de lecture NGS spécifique, sensible et rapide

augur (20.0.0-1)

composants pipeline pour l'analyse de virus en temps réel

augustus (3.5.0+dfsg-2)

prédiction de gènes dans les génomes eucaryotes

augustus-data (3.5.0+dfsg-2)

fichiers de données pour AUGUSTUS

autodock (4.2.6-9)

Analyse de liaison de ligand à la structure d'une protéine

autodock-getdata (4.2.6-9)

instructions pour collecter des données pour getData

autodock-test (4.2.6-9)

fichiers de test pour AutoDock

autodock-vina (1.2.3-2)

chargement de petites molécules jusqu'aux protéines

autogrid (4.2.6-9)

Pré-calculer les liaisons de ligands à leur récepteur

autogrid-test (4.2.6-9)

fichiers de test pour AutoGrid

avce00 (2.0.0-9)

conversion de couverture vectorielle Arcinfo d’ESRI (binaire) au format E00

avogadro (1.97.0-1)

système de modélisation et d'imagerie moléculaire

avogadro-utils (1.97.0-3+b1)

système de modélisation et d'imagerie moléculaire –⋅bibliothèque

axe-demultiplexer (0.3.3+dfsg-3+b2)

démultiplexeur de lecture de séquence ADN basé sur les arbres préfixes

bagel (1.2.2-6)

paquet de chimie computationnelle

baitfisher (1.2.7+git20211020.de26d5c+dfsg-1)

paquet logiciel de conception de sondes d'enrichissement hybrides

bali-phy (3.6.1+dfsg-1)

inférence bayésienne d’alignement et de phylogénie

ballview (1.5.0+git20180813.37fc53c-11)

modélisation moléculaire (libre) et outil graphique moléculaire

bamclipper (1.0.0-3)

Remove gene-specific primer sequences from SAM/BAM alignments

bamkit (0.0.1+git20170413.ccd079d-3)

tools for common BAM file manipulations

bamtools (2.5.2+dfsg-4)

boîte à outils de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)

bandage (0.9.0-2)

application de bio-informatique pour navigation simple dans les graphes d’assemblage De novo

bandage-examples (0.9.0-2)

application de bio-informatique pour navigation simple dans les graphes d’assemblage De novo – données

barrnap (0.9+dfsg-3)

prédiction ribosomale rapide d'ARN

bart (0.8.00-3)

outils pour l'imagerie par résonance magnétique computationnelle

bart

paquet virtuel fourni par bart-cuda

bart-cuda (0.8.00-2) [contrib]

tools for computational magnetic resonance imaging

bart-view (0.2.00-1)

visualisateur de données multidimensionnelles et de valeur complexe

bbmap (39.01+dfsg-2)

BBTools genomic aligner and other tools for short sequences

bbmap-jni (39.01+dfsg-2)

short read aligner and other bioinformatic tools - JNI library

bcalm (2.2.3-4)

de Bruijn compaction in low memory

bcbio (1.2.9-2) [contrib]

toolkit for analysing high-throughput sequencing data

bcftools (1.16-1)

appel de variantes génomiques et manipulation de fichiers VCF et BCF

beads (1.1.22-1+b1)

détection par électrophorèse bidimensionnelle de tache d’images de gel

beagle (220722-1)

appel de génotype, phasage de génotype et attribution de marqueurs non génotypés

beast-mcmc (1.10.4+dfsg-5)

inférence phylogénétique bayésienne MCMC

beast2-mcmc (2.7.3+dfsg-1)

inférence phylogénétique bayésienne MCMC

bedops (2.4.41+dfsg-1)

opérations génomiques à haute performance

bedtools (2.30.0+dfsg-3)

suite d'utilitaires pour la comparaison des caractéristiques de génomes

bedtools-test (2.30.0+dfsg-3)

données de test pour le paquet bedtools

belvu (4.44.1+dfsg-7+b2)

visualisateur d’alignements de séquences multiples et outil phylogénétique

berkeley-express (1.5.3+dfsg-3+b1)

quantification de streaming pour le séquençage à taux élevé

bio-eagle (2.4.1-3+b1)

phasage d'haplotype au sein d'une cohorte génotypée ou grâce à un panel phasé de référence

bio-eagle-examples (2.4.1-3)

exemples pour bio-eagle

bio-rainbow (2.0.4+dfsg-2)

partitionnement et assemblage de séquences courtes pour la bio-informatique

bio-vcf (0.9.5-3)

domain specific language (DSL) for processing the VCF format

bioawk (1.0-4)

extension d’awk pour l’analyse de séquences biologiques

biobambam2 (2.0.185+ds-1)

tools for early stage alignment file processing

biogenesis (0.8-3.1)

programme de vie artificielle pour simuler l’évolution d’organismes

bioperl (1.7.8-1)

outils en Perl pour la bio-informatique

bioperl-run (1.7.3-9)

scripts d'enveloppe BioPerl

biosig-tools (2.5.0-1+b1)

outils de conversion entre différents formats de données médicales

biosquid (1.9g+cvs20050121-12)

utilitaire d'analyse de séquences biologiques

biosyntax (1.0.0b-4)

coloration syntaxique pour la biologie computationnelle – métapaquet

biosyntax-common (1.0.0b-4)

coloration syntaxique pour la biologie computationnelle – fichiers communs

biosyntax-example (1.0.0b-4)

coloration syntaxique pour la biologie computationnelle – exemple

biosyntax-gedit (1.0.0b-4)

coloration syntaxique pour la biologie computationnelle – greffon gedit

biosyntax-less (1.0.0b-4)

coloration syntaxique pour la biologie computationnelle – greffon less

biosyntax-vim (1.0.0b-4)

coloration syntaxique pour la biologie computationnelle – greffon vim

bitseq (0.7.5+dfsg-6)

inférence bayésienne de transcripts à partir de données de séquençage

bitwise (0.43-1+b1)

opérations bit à bit interactives en ncurses

bkchem (0.14.0~pre4+git20211228-3)

éditeur de structures chimiques

blasr (5.3.5+dfsg-6)

correspondance de lectures de séquençage de molécules simples

blimps-utils (3.9+ds-1) [non-free]

blocks database improved searcher

blixem (4.44.1+dfsg-7+b2)

navigateur interactif d’alignements de séquences

bluebrain-hpc-coding-conventions (1.0.0+git20221201-2)

recommendations de développement C++ de l’équipe HPC de Blue Brain

bmt (0.6-1.1)

boîte à outils de mesure de performances d'analyse logicielle

bodr (10-2)

dépôt de données Blue Obelisk

bolt-lmm (2.4.0+dfsg-1)

test efficace d’association de modèles mixtes bayésiens sur tout le génome de grandes cohortes

bolt-lmm-example (2.4.0+dfsg-1)

exemples pour bolt-lmm

boolector (1.5.118.6b56be4.121013-1.3)

solveur SMT pour les vecteurs de bits et les tableaux

bornagain (1.19.0-3+b5)

simulation et adaptation GISAS de rayons X et de neutrons – binaire

bowtie (1.3.1-1+b1)

aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

bowtie-examples (1.3.1-1)

exemples pour bowtie, l'aligneur de lectures courtes ultra rapide et efficace en mémoire

bowtie2 (2.5.0-3+b2)

aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

bowtie2-examples (2.5.0-3)

exemples pour bowtie2

boxshade (3.3.1-14)

Rendu élégant d'alignements multiples de séquences

bppphyview (0.6.1-4)

afficheur phylogénétique pour Bio++

bppsuite (2.4.1-6)

suite de programmes Bio++

bppsuite-examples (2.4.1-6)

exemples pour la suite de programmes Bio++

brig (0.95+dfsg-3)

générateur d'images circulaires BLAST

btllib-tools (1.4.10+dfsg-1)

Bioinformatics Technology Lab common code library tools

busco (5.4.4-1)

benchmarking sets of universal single-copy orthologs

bustools (0.42.0+dfsg-1)

manipulation de fichiers BUS pour des ensembles de données de séquençage d’ADN de cellule unique

bwa (0.7.17-7+b2)

dispositif d'alignement Burrows-Wheeler

c2x (2.40.e+ds-1)

converter between DFT electronic structure codes formats

cafeobj (1.6.0-2)

langage de spécification et programmation algébrique de nouvelle génération

cafeobj-mode (1.6.0-2)

mode majeur Emacs pour modifier du code source CafeOBJ

calculix-ccx (2.20-1)

programme d'éléments finis structurels en trois dimensions

calculix-cgx (2.17+dfsg-2+b1)

pré et postprocesseur tridimensionnel pour les modèles à éléments finis

callisto (1.1.0-2+b2)

démon pour le matériel e-Callisto

canu (2.0+dfsg-2+b1)

assembleur de séquences de molécules simples pour les génomes

casacore-data-igrf (12-1)

données de champ de référence géomagnétique international pour casacore

casacore-data-jpl-de200 (2007.07.05+ds.1-1)

éphéméride de développement DE200 du Jet Propulsion Laboratory pour casacore

casacore-data-jpl-de405 (2007.07.05+ds.1-1)

éphéméride de développement DE405 du Jet Propulsion Laboratory pour casacore

casacore-data-lines (0+git2016.11.26-2.1)

table de fréquences de ligne spectrale pour casacore

casacore-data-observatories (0+git2018.12.08-2)

table des coordonnées d'observatoires radio

casacore-data-sources (2-4)

table de coordonnées de sources de référence ICRF2 pour casacore

casacore-data-tai-utc (1.3)

table de différente entre TAI et UTC pour casacore

casacore-tools (3.5.0-2+b3)

outils construits avec CASA

cassbeam (1.1-3)

modélisation des antennes Cassegrain

cassiopee (1.0.9-3+b2)

outil d'indexation et de recherche dans les séquences génomiques

cat-bat (5.2.3-2)

taxonomic classification of contigs and metagenome-assembled genomes (MAGs)

catfishq (1.4.0+ds-1)

concatenates fastq files

cba (0.3.6-6+b2)

analyse de poutres continues

cbflib-bin (0.9.7+dfsg1-2+b2)

utilitaires de manipulation de fichiers CBF

cclib (1.6.2-2)

analyseurs et algorithmes pour la chimie computationnelle

cclib-data (1.6.2-2) [non-free]

Parsers and algorithms for computational chemistry (data files)

cct (1:1.0.3-1)

comparaison visuelle de séquences bactériennes, de plasmides, de chloroplastes ou mitochondriales

cct-examples (1:1.0.3-1)

données d’exemple pour tester le paquet cct

cd-hit (4.8.1-4)

suite de programmes conçus pour grouper rapidement des séquences

cdbfasta (1.00+git20181005.014498c+dfsg-4+b1)

indexation avec Constant DataBase et outils de recherche pour les fichiers multi-FASTA

centrifuge (1.0.3-11)

système rapide et économe en mémoire de classification de séquences ADN

cg3 (1.3.9-1+b2)

outils pour utiliser la troisième édition de Constraint Grammar (CG-3)

cg3-dev (1.3.9-1)

Metapackage providing both CG-3 CLI dev tools and dev library

cgns-convert (3.4.0-3)

système de notation générale CFD — outils de conversion

cgview (0.0.20100111-7)

visionneuse de génome circulaire

ch5m3d (1.2.5+dfsg-3)

création et visualisation de dessins en 3D de molécules simples

changeo (1.3.0-1)

boîte à outils d’affectation clonale de répertoire – Python 3

checkit-tiff (0.4.2-1)

vérificateur de conformité pour les images au format TIFF élémentaire

chemical-structures (2.2.dfsg.0-20)

service web fournissant des structures moléculaires dans des formats ouverts

chemical-structures-data (2.2.dfsg.0-20)

jeu de structures moléculaires dans des formats ouverts

chemps2 (1.8.12-1+b1)

exécutable pour appeler libchemps2-3 depuis la ligne de commande

chemtool (1.6.14-6)

programme de dessin de structures chimiques

chimeraslayer (20101212+dfsg1-5)

détecte les simili-chimères dans les ADN amplifiés via réaction en chaîne par polymérase

chip-seq (1.5.5-3)

outils pour des tâches d’analyse des données ordinaires de ChIP-Seq

chip-seq-data (1.5.5-3)

tools performing common ChIP-Seq data analysis tasks (data)

chromhmm (1.24+dfsg-1)

découverte et caractérisation d’état de chromatine

chromimpute (1.0.3+dfsg-4)

attribution d’épigénome systématique à grande échelle

cif-linguist (0.4.2-4)

transform CIF data among CIF formats and dialects

cif-tools (1.0.7-1)

Suite of tools to manipulate, validate and query mmCIF files

cif2hkl (1.4.2+ds1-1+b1 [amd64], 1.4.2+ds1-1 [arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x])

Convert crystallographic descriptions into HKL F^2 reflection lists

circlator (1.5.6-7)

circularisation d'assemblages de génomes

circos (0.69.9+dfsg-2)

outil de dessin pour visualiser des données

circos-tools (0.23-1)

Traceur pour visualisation de données — utilitaires auxiliaires

ckon (0.7.1-5+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el], 0.7.1-5+b1 [s390x])

outil de compilation automatique pour le logiciel d'analyse de données ROOT

clearcut (1.0.9+git20211013.b799afe-1)

reconstruction d'arbre phylogénétique extrêmement efficace

clonalframe (1.2-11+b2)

inférence de microévolution bactérienne en utilisant des données de séquence multilocus

clonalframeml (1.12-3)

inférence efficace de recombinaison de génomes de bactéries entières

clonalorigin (1.0-6+b2)

inférence de recombinaison homologue dans les bactéries grâce à des séquences de génomes entiers

clustalo (1.2.4-7)

General-purpose multiple sequence alignment program for proteins

clustalw (2.1+lgpl-7)

alignement de séquences de nucléotides ou de peptides

clustalx (2.1+lgpl-9)

alignement multiple de séquences d'acides nucléiques et de protéines - interface graphique

cluster3 (1.59+ds-5) [non-free]

Reimplementation of the Eisen-clustering software

cmor-tables (3.3-1.1)

tables MIP pour la bibliothèque de réécriture de sortie de modèle de climat

cmtk (3.3.1p2+dfsg-2+b1)

boîte à outils de morphométrie computationnelle

cnvkit (0.9.9-2+b1)

Copy number variant detection from targeted DNA sequencing

cod-tools (3.7.0+dfsg-1+b3)

tools for manipulating CIF format files

code-saturne (6.0.2-2)

logiciel généraliste de dynamique des fluides informatique (CFD)

code-saturne-bin (6.0.2-2)

logiciel généraliste de dynamique des fluides informatique (CFD) – exécutables

code-saturne-data (6.0.2-2)

logiciel généraliste de dynamique des fluides computationnelle (CFD) – données

code-saturne-doc (6.0.2-2)

logiciel généraliste de dynamique des fluides computationnelle (CFD) – documentation

code-saturne-include (6.0.2-2)

logiciel généraliste de dynamique des fluides computationnelle (CFD) – fichiers d'inclusion

codonw (1.4.4-7)

analyse de correspondance d'utilisation de codon

coinor-cbc (2.10.8+ds1-1)

solveur de programmes en variables mixtes par branch-and-cut COIN-OR

coinor-clp (1.17.6-3)

solveur de programmation linéaire COIN-OR

coinor-csdp (6.2.0-4+b1)

Software package for semidefinite programming (binaries)

coinor-libbonmin4 (1.8.9-1)

COIN-OR mixed integer programming

coinor-libcbc3 (2.10.8+ds1-1)

solveur de programmes en variables mixtes par branch-and-cut COIN-OR – bibliothèques partagées

coinor-libcgl1 (0.60.3+repack1-4)

bibliothèque de génération de coupes COIN-OR

coinor-libclp1 (1.17.6-3)

solveur de programmation linéaire COIN-OR – bibliothèques partagées

coinor-libcoinutils3v5 (2.11.4+repack1-2)

collection de classes utilitaires de COIN-OR – exécutables et bibliothèques

coinor-libosi1v5 (0.108.6+repack1-2)

interface de solveur ouverte COIN-OR

coinor-libsymphony3 (5.6.17+dfsg-1+b1)

solveur COIN-OR pour les programmes linéaires en nombres mixtes – bibliothèques partagées

coinor-libvol1 (1.5.4-4)

Coin-or linear programming solver (libraries)

coinor-symphony (5.6.17+dfsg-1+b1)

solveur COIN-OR pour les programmes linéaires en nombres mixtes

colmap (3.8-1)

Structure-from-Motion et Multi-View Stereo

comet-ms (2019015+cleaned1-3)

moteur de recherche de spectrométrie de masse en tandem (MS/MS)

concavity (0.1+dfsg.1-5)

prédicteur de sites de liaisons de ligands de la protéine à partir de la structure et de la conservation

conda-package-handling (2.0.1-2)

création et extraction de paquets conda de différents formats

connectome-workbench (1.5.0-2+b1)

outil de visualisation du cerveau, d'analyse et de découverte

conservation-code (20110309.0-8)

outil de notation de la conservation des séquences de protéines

covtobed (1.3.5+dfsg-1+b1)

conversion de « track » de couverture d’un fichier BAM dans un fichier BED

covtobed-examples (1.3.5+dfsg-1)

données d’exemple et scripts pour mindthegap

cp2k (2023.1-2)

Ab Initio Molecular Dynamics

cp2k-data (2023.1-2)

Ab Initio Molecular Dynamics (data files)

cpl-plugin-amber (4.4.3+dfsg-1+b1)

tuyauterie de réduction de données pour l’instrument AMBER de l’ESO

cpl-plugin-amber-calib (4.4.3+dfsg-1) [contrib]

ESO data reduction pipeline calibration data downloader for AMBER

cpl-plugin-giraf (2.16.10+dfsg-1+b1)

ESO data reduction pipeline for the GIRAFFE instrument

cpl-plugin-giraf-calib (2.16.10+dfsg-1) [contrib]

ESO data reduction pipeline calibration data downloader for GIRAFFE

cpl-plugin-hawki (2.4.11+dfsg-1)

ESO data reduction pipeline for the HAWK-I instrument

cpl-plugin-hawki-calib (2.4.11+dfsg-1) [contrib]

ESO data reduction pipeline calibration data downloader for HAWK-I

cpl-plugin-muse (2.8.7+dfsg-3)

ESO data reduction pipeline for the MUSE instrument

cpl-plugin-muse-calib (2.8.7+dfsg-3) [contrib]

ESO data reduction pipeline calibration data downloader for MUSE

cpl-plugin-naco (4.4.11+dfsg-1)

ESO data reduction pipeline for the NaCo instrument

cpl-plugin-naco-calib (4.4.11+dfsg-1) [contrib]

ESO data reduction pipeline NaCo calibration data downloader

cpl-plugin-uves (6.1.8+dfsg-2+b1)

ESO data reduction pipeline for the UVES instrument

cpl-plugin-uves-calib (6.1.8+dfsg-2) [contrib]

ESO data reduction pipeline calibration data downloader for UVES

cpl-plugin-vimos (4.1.7+dfsg-2+b1)

ESO data reduction pipeline for the VIMOS instrument

cpl-plugin-vimos-calib (4.1.7+dfsg-2) [contrib]

ESO data reduction pipeline calibration data downloader for VIMOS

cpl-plugin-visir (4.4.2+dfsg-1)

ESO data reduction pipeline for the VISIR instrument

cpl-plugin-visir-calib (4.4.2+dfsg-1) [contrib]

ESO data reduction pipeline calibration data downloader for VISIR

cpuinfo (0.0~git20220617.082deff-1)

CPU INFOrmation library (binary utilities)

crac (2.5.2+dfsg-5+b1)

integrated RNA-Seq read analysis

critterding (1.0-beta12.1-1.3+b1)

évolution de la vie artificielle

ctdconverter (2.1-5)

Convert CTD files into Galaxy tool and CWL CommandLineTool files

ctsim (6.0.2-6+b2)

Simulateur de tomographie calculée

ctsim-help (6.0.2-6)

fichier d’aide en ligne pour CTSim

cufflinks (2.2.1+dfsg.1-9) [non-free]

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

cutadapt (4.2-1)

Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads

cutesv (2.0.2-1)

comprehensive discovery of structural variations of genomic sequences

cwl-upgrader (1.2.4-1)

Common Workflow Language standalone document upgrader

cwlformat (2022.02.18-2)

code formatter for Common Workflow Language

cwltool (3.1.20230209161050-1)

implémentation de la référence du langage Common Workflow

daligner (1.0+git20221215.bd26967-1)

alignements locaux parmi des lectures longues de séquençages de nucléotide

damapper (0.0+git20210330.ab45103-1)

long read to reference genome mapping tool

darknet (0.0.0+git20180914.61c9d02e-2+b4)

réseaux neuronaux au code source ouvert en C

dascrubber (1.1-4)

alignment-based scrubbing pipeline for DNA sequencing reads

datalad (0.18.1-2)

data files management and distribution platform

datalad-container (1.1.9-1)

DataLad extension for working with containerized environments

dawg (1.2-4+b1)

simulate the evolution of recombinant DNA sequences

dazzdb (1.0+git20221215.aad3a46-1)

manage nucleotide sequencing read data

dcl-f77 (7.5.1-1)

GFD-DENNOU Club Library (DCL) – version FORTRAN 77

dcm2niix (1.0.20220720-1)

convertisseur de dernière génération DICOM vers NIfTI

dcmtk (3.6.7-8+b1)

utilitaires en ligne de commande de la boîte à outils OFFIS DICOM

debian-astro-logo (4.0)

logo du mélange exclusif Debian Astronomie

delly (1.1.6-1)

découverte de variantes structurelles par analyse des lectures

density-fitness (1.0.8-4)

Calculates per-residue electron density scores

dextractor (1.0-6)

(d)extractor and compression command library

dh-r (20230121)

outils d’aide de Debian pour empaqueter les bibliothèques R

dialign (2.2.1-11)

alignement de plusieurs séquences par segments

dialign-tx (1.0.2-14+b1 [amd64], 1.0.2-14 [arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x])

alignement séquentiel multiple basé sur les segments

dialign-tx-data (1.0.2-14)

alignement de plusieurs séquences par segments – fichiers de données

dials (3.12.1+dfsg3-5)

Diffraction Integration for Advanced Light Sources

diamond-aligner (2.1.3-1)

aligneur de séquence locale accéléré compatible avec BLAST

dicomnifti (2.33.1-5)

Convertit les fichiers DICOM au format NIfTI

dimbl (0.15-2.1+b1)

apprentissage automatique distribué

discosnp (1:2.6.2-2)

détection du polymorphisme d'un seul nucléotide pour des ensembles bruts de lectures

disulfinder (1.2.11-12)

prédiction de pont disulfure et de leur connectivité

disulfinder-data (1.2.11-12)

fichiers de données pour la prédiction de pont disulfure dans les protéines

dlmodelbox (1.1.1-1)

Swiss Army Knife of Deep Learning Models

dnaclust (3-7+b2)

outil de regroupement de millions de séquences courtes d’ADN

dnapi (1.1-3)

prédiction d’adaptateur pour de petits séquençages d’ARN – outils

dnarrange (1.5.3-1)

Method to find rearrangements in long DNA reads relative to a genome seq

doris (5.0.3~beta+dfsg-16) [contrib]

Delft object-oriented radar interferometric software

dotter (4.44.1+dfsg-7+b2)

comparaison détaillée de deux séquences génétiques

dozzaqueux (3.51-2.1)

simulateur pour des mélanges chimiques

dozzaqueux-data (3.51-2.1)

databases for chemical mixtures

dpuser (4.1+dfsg-1+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ppc64el, s390x], 4.1+dfsg-1 [mips64el, mipsel])

Interactive language for handling numbers, strings, and matrices

drawxtl (5.5-6)

visionneur de structures cristallographiques

drop-seq-testdata (2.5.2+dfsg-1)

analyse de données de Drop-seq – données de test

drop-seq-tools (2.5.2+dfsg-1)

analyzing Drop-seq data

drs4eb (5.0.6+git20211217+ds-2+b2)

logiciel pour la carte d’évaluation de DSR4

drslib (0.3.1.p3-2.1)

Command-line tools for the Data Reference Syntax library

dsdp (5.8-10)

logiciel pour la programmation semi-définie positive

dssp (4.2.2-2)

protein secondary structure assignment based on 3D structure

dwgsim (0.1.14-2)

simulateur de lectures courtes de séquençage

dx (1:4.4.4-15)

OpenDX (IBM Visualization Data Explorer) : paquet principal

dxf2gcode (20191025-2)

dessins de pièces pour des machines-outils à commande numérique

dxsamples (4.4.0-5)

Programmes d'exemples pour OpenDX Data Explorer

dyssol (1.1.1+ds1-1)

Tool for dynamic flowsheet simulation. Command line tool

dyssol-data (1.1.1+ds1-1)

Tool for dynamic flowsheet simulation. Data files

dyssol-gui (1.1.1+ds1-1)

outil pour la simulation dynamique de schéma de procédé – interface graphique

e-mem (1.0.1-5)

calcul efficace des MEM pour de très grands génomes

e00compr (1.0.1-7)

programme de lecture et écriture de fichiers compressés E00 d’Arcinfo

ea-utils (1.1.2+dfsg-9+b2)

command-line tools for processing biological sequencing data

easychem (0.6-9)

trace des molécules et des formules chimiques 2D de haute qualité

ecaccess (4.0.1-1.1)

clients pour accéder aux fonctions du CEPMMT

ecflow-client (5.9.2-1+b1)

outils client pour des flux de travaux météorologiques

ecflow-server (5.9.2-1+b1)

contrôleur de flux de travaux météorologiques – serveur

ecopcr (1.0.1+dfsg-4)

estimate PCR barcode primers quality

ectrans-utils (1.1.0-4)

Spherical Harmonics Transforms library - utilities

edfbrowser (2.00+dfsg-1)

visualisateur pour les fichiers de stockage biomédicaux tels que BDF et EDF

edlib-aligner (1.2.7-4+b1)

edlib sequence alignment tool using edit distance

edtsurf (0.2009-10)

surfaces de maillage triangulaire pour les structures de protéines

eigensoft (8.0.0+dfsg-1)

reduction of population bias for genetic analyses

elastix (5.0.1-4)

Boîte à outils pour le recalage rigide et non-rigide d'images

elk-lapw (8.4.30-1)

All-Electron Density-Functional Electronic Structure Code

elki (0.7.1-10.1)

cadriciel de développement pour des algorithmes d’exploration de données

elki-dev (0.7.1-10.1)

Data mining algorithm development framework - development files

elph (1.0.1-5)

DNA/protein sequence motif finder

embassy-domainatrix (0.1.660-4)

commandes supplémentaires EMBOSS pour manipuler un fichier de classification de domaines

embassy-domalign (0.1.660-4)

commandes EMBOSS additionnelles pour l'alignement dans le domaine des protéines

embassy-domsearch (1:0.1.660-3)

commandes supplémentaires EMBOSS pour la recherche dans les domaines de la protéine

emboss (6.6.0+dfsg-12)

ensemble de logiciels libres pour la biologie moléculaire européenne

emboss-data (6.6.0+dfsg-12)

fichiers de données pour le paquet EMBOSS

emboss-explorer (2.2.0-11)

interface web graphique pour EMBOSS

emboss-lib (6.6.0+dfsg-12)

EMBOSS Libraries

emmax (0~beta.20100307-3)

cartographie génétique en fonction de la structure de la population

engauge-digitizer (12.1+ds.1-1)

extraction interactive des valeurs depuis des images bitmap ou des cartes

ent (1.2debian-3)

programme de test de séquences de nombres pseudo-aléatoires

ergo (3.8-1)

Quantum chemistry program for large-scale calculations

ergo-data (3.8-1)

Quantum chemistry program for large-scale calculations - data package

eso-midas (22.02pl1.0-2)

ESO-Midas (European Southern Observatory — Munich Image Data Analysis System)

eso-midas-testdata (22.02pl1.0-2)

Test data files for ESO-MIDAS

eso-pipelines (1.3)

ESO VLT Instrument pipeline collection

esorex (3.13.6+ds-1)

outils d’exécution pour des automatismes de l’Observatoire européen austral

estscan (3.0.3-6)

détecteur indépendant du cadre de lecture ouvert pour les séquences codantes d’ADN

esys-particle (2.3.5+dfsg2-6+b1)

Software for particle-based numerical modelling (MPI version)

etsf-io (1.0.4-5)

Binary tools to check, merge and read ETSF files

examl (3.0.22-3+b2)

code Exascale Maximum Likelihood (ExaML) pour l’inférence phylogénétique

exonerate (2.4.0-5)

outil générique pour la comparaison de deux séquences

expeyes (5.3.0+repack-3)

infrastructure logicielle et matérielle pour développer des expériences scientifiques

expeyes-clib (5.3.0+repack-3)

infrastructure logicielle et matérielle pour développer des expériences scientifiques

eye (22.1201.1601~ds-1)

semantic web reasoning engine

eyes17 (5.3.0+repack-3)

infrastructure logicielle et matérielle pour développer des expériences scientifiques

eyes17-manuals-en (5.1.2+repack-1)

manuel d’utilisation d’EYES17 – version anglaise

eyes17-manuals-es (5.1.2+repack-1)

Eyes17 User Manuals (Spanish version)

eyes17-manuals-fr (5.1.2+repack-1)

manuel d’utilisation d’EYES17 – version française

eyes17-manuals-ml (5.1.2+repack-1)

Eyes17 User Manuals (Malayalam version)

facet-analyser (0.0~git20221121142040.6be10b8+ds1-3)

ParaView plugin for facet detection and angles measurement

fast5 (0.6.5-7)

utilities for manipulating Oxford Nanopore Fast5 files

fasta3 (36.3.8i.14-Nov-2020-1)

tools for searching collections of biological sequences

fastahack (1.0.0+dfsg-10)

utility for indexing and sequence extraction from FASTA files

fastani (1.33-2+b2)

Fast alignment-free computation of whole-genome Average Nucleotide Identity

fastaq (3.17.0-5)

outils de manipulation de fichiers FASTA ou FASTQ

fastdnaml (1.2.2-15)

outil pour la construction d'arbres phylogénétiques de séquences d'ADN

fastlink (4.1P-fix100+dfsg-4)

version plus rapide des programmes de généalogie génétique Linkage

fastml (3.11-3)

reconstruction d’ancestrales séquences d’acide aminé par maximum de vraisemblance

fastp (0.23.2+dfsg-2+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, mips64el, mipsel, ppc64el], 0.23.2+dfsg-2 [s390x])

Ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor

fastq-pair (1.0-3)

réécriture des appairages fastq pour que toutes les lectures aient une partenaire et éviter les singletons

fastqc (0.11.9+dfsg-6)

contrôle qualité pour les données de séquences à haut débit

fastqtl (2.184+v7+dfsg-3)

mappage de LCQ (locus de caractères quantitatifs) dans cis pour les phénotypes moléculaires

fasttext (0.9.2+ds-1+b1)

bibliothèque pour l’apprentissage efficace de représentation de mots et de classification de phrases

fasttree (2.1.11-2)

arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines

feedgnuplot (1.61-1)

frontal pour Gnuplot orienté tuyauterie (pipe)

feff85exafs (0.2+dfsg-2)

Open Source theoretical EXAFS calculations

ffindex (0.9.9.9-6)

index/base de données simple pour d'énormes quantités de petits fichiers

fiat-utils (1.0.0-4)

Fortran IFS and Arpege Toolkit - utilities

figtree (1.4.4-5)

visionneuse d'arbres phylogénétiques sous forme graphique

filtlong (0.2.1-3)

quality filtering tool for long reads of genome sequences

filtlong-data (0.2.1-3)

filtrage de lectures longues selon leur qualité de séquences de génome – données de test

finalcif (113+dfsg-2)

editor for Crystallographic Information Format

firm-phoenix-ware (4.7.5+repack-2)

microprogramme nécessaires pour les systèmes publiés par le projet PHOENIX

fitgcp (0.0.20150429-5)

fitting genome coverage distributions with mixture models

fitscut (1.4.4-5+b2)

Extract cutouts from FITS image format files

fitsh (0.9.4-1)

Software package for astronomical image processing

fitspng (2.0-1+b1)

FITS to PNG converter

fitsverify (4.20-4+b1)

outil de vérification de format d’un fichier FITS

fityk (1.3.2-2+b2)

ajustement de courbes et analyse de données non linéaires d’usage général

flash (1.2.11-2)

Fast Length Adjustment of SHort reads

flexbar (1:3.5.0-5)

code-barres flexible et suppression de l'adaptation pour les plateformes de séquençage

flextra (5.0-16)

modèle de trajectoire pour tracer les phénomènes de transport aérien

flye (2.9.1+dfsg-1)

assembleur de novo pour les lectures de séquençage de molécule unique utilisant un graphe de répétitions

fml-asm (0.1+git20190320.b499514-1+b1)

outil pour l’assemblage Illumina de lectures courtes pour de petites régions

foma (1:0.10.0+s311-1)

outils pour construire des automates à états finis

foma-bin (1:0.10.0+s311-1)

paquet de transition pour foma

form (4.3.0+git20230104+ds-1)

système de manipulation symbolique

fractalnow (0.8.2-5)

générateur rapide et avancé de fractales

free42-nologo (3.0.17+ds-1)

Free42 est une réimplémentation du calculateur HP-42S

freebayes (1.3.6-2)

détection bayésienne de polymorphismes basée sur les haplotypes et génotypage

freecad (0.20.2+dfsg1-4)

programme extensible et au code source ouvert de CFAO

freecad-common (0.20.2+dfsg1-4)

Extensible Open Source CAx program - common files

freecad-python3 (0.20.2+dfsg1-4)

programme extensible et au code source ouvert de CFAO – binaires en Python 3

freecontact (1.0.21-13)

prédicteur rapide de contact de protéine

freesasa (2.1.2-1)

Solvent Accessible Surface Area of biomolecules

frog (0.20-2+b3)

analyseur et étiqueteur pour les langages naturels – environnement d’exécution

frogdata (0.18-2)

Data files for Frog

fsa (1.15.9+dfsg-6)

Fast Statistical Alignment of protein, RNA or DNA sequences

fsm-lite (1.0-8)

frequency-based string mining (lite)

ftools-fv (5.5.2+dfsg-2)

outil pour afficher et éditer des fichiers au format FITS

ftools-pow (5.5.2+dfsg-2)

Curve plotting and image display interface tool

funtools (1.4.8-1)

Minimal buy-in FITS utility package

fxt-tools (0.3.13-2)

bibliothèque de traçage multifil

g3data (1:1.5.3-3.1)

Extrait les données depuis des graphiques numérisés

gabedit (2.5.1+ds-1+b1)

interface utilisateur graphique pour paquets Ab Initio

galileo (0.5.1-9.1)

utilitaire pour synchroniser solidement un périphérique Fitbit avec le service web de Fitbit

galileo-daemon (0.5.1-9.1)

utilitaire pour synchroniser solidement un périphérique Fitbit – démon

gamgi (0.17.5-1)

interface graphique de modélisation atomique générale (GAMGI)

gamgi-data (0.17.5-1)

General Atomistic Modelling Graphic Interface (data)

garli (2.1-7)

phylogenetic analysis of molecular sequence data using maximum-likelihood

garli-examples (2.1-7)

phylogenetic analysis of molecular sequence data (examples)

garli-mpi (2.1-7)

phylogenetic analysis of molecular sequence data using maximum-likelihood (MPI)

garlic (1.6-3+b1 [amd64], 1.6-3 [arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x])

logiciel de visualisation de biomolécules

gasic (0.0.r19-8)

genome abundance similarity correction

gasic-examples (0.0.r19-8)

genome abundance similarity correction (example data)

gatb-core (1.4.2+dfsg-11)

Genome Analysis Toolbox with de-Bruijn graph

gatb-core-testdata (1.4.2+dfsg-11)

Genome Analysis Toolbox with de-Bruijn graph (test data)

gausssum (3.0.2-2)

analyse et affichage de sorties Gaussian, GAMESS…

gbrowse (2.56+dfsg-11)

navigateur de génome générique GMOD

gbrowse-calign (2.56+dfsg-11+b1)

outil auxiliaire CAlign

gbrowse-data (2.56+dfsg-11)

données d’échantillon pour utiliser GBrowse

gbutils (6.3-1)

utilities for command line econometrics

gchempaint (0.14.17-6.1)

éditeur 2D de structures chimiques pour le bureau GNOME2

gcrystal (0.14.17-6.1)

visualiseur léger de structures cristallines

gcu-bin (0.14.17-6.1)

outils GNOME pour la chimie – applications auxiliaires

gcx (1.3-1.1+b3)

application en Gtk+ de traitement d’images astronomiques et de photométrie

gdal-bin (3.6.2+dfsg-1+b2)

Bibliothèque d'abstraction de données géospatiales - outils

gdal-data (3.6.2+dfsg-1)

Geospatial Data Abstraction Library - Data files

gdal-plugins (3.6.2+dfsg-1+b2)

Geospatial Data Abstraction Library - Plugins

gdis (0.90-6+b1)

visualisateur de modèle de molécule et de cristal

gdis-data (0.90-6)

visualisateur de modèle de molécule et de cristal — fichiers de données

gdl-astrolib (2022.06.02+dfsg-1)

Low-level astronomy software for GDL

gdl-coyote (2022.04.12-1)

GDL library from D. Fannings IDL courses

gdl-mpfit (1.85+2017.01.03-4)

Robust non-linear least squares curve fitting for GDL

gdpc (2.2.5-15)

Visualisateur de simulations de dynamique moléculaire

gdpc-examples (2.2.5-15)

fichiers d’exemples pour le programme gdpc

gelemental (2.0.2-1)

visionneuse de tableau périodique des éléments

gemma (0.98.5+dfsg-2)

Genome-wide Efficient Mixed Model Association

gemma-doc (0.98.5+dfsg-2)

Example folder for GEMMA

gemmi (0.5.7+ds-2+b1)

bibliothèque pour la biologie structurale – exécutable

genometester (4.0+git20200511.91cecb5+dfsg-1)

boîte à outils pour réaliser des opérations d’ensembles sur des listes de k-mères

genomethreader (1.7.3+dfsg-7)

outil logiciel pour le calcul de prédictions de structure de gène

genometools (1.6.2+ds-3)

boîte à outils polyvalente d'analyse du génome

genometools-common (1.6.2+ds-3)

shared data files for GenomeTools

genomicsdb-tools (1.4.4-3)

sparse array storage library for genomics (tools)

gentle (1.9+cvs20100605+dfsg1-10+b2)

ensemble de logiciels pour planifier le clonage génétique

geographiclib-tools (2.1.2-1)

bibliothèque C++ pour résoudre des problèmes géodésiques –⋅outils

geotiff-bin (1.7.1-2+b1)

bibliothèque GeoTIFF (geografic enabled TIFF) – outils

gerris (20131206+dfsg-19)

solveur hydrodynamique Gerris

getdata (0.2-4)

management of external databases

gff2aplot (2.0-14+b2 [mipsel], 2.0-14 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

tracés d'alignements par paires pour les séquences génomiques avec PostScript

gff2ps (0.98l-6)

Produit des graphiques PostScript à partir de fichiers GFF

gffread (0.12.7-3)

GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

gfsview (20121130+dfsg-7)

visualisateur graphique de fichiers de simulation avec Gerris

gfsview-batch (20121130+dfsg-7)

visualisateur graphique de fichiers de simulation avec Gerris – traitement par lot

gftl-dev (1.3.0+is-really-1.2.7-1)

Containers and iterators for Fortran

gftl-shared-dev (1.0.7-2)

Common gFTL containers of Fortran intrinsic types

ggd-utils (1.0.0+ds-1+b6)

programs for use in ggd

ghkl (5.0.0.3001-1+b1)

application de contrôle de calculs de diffractomètre

ghmm (0.9~rc3-4)

General Hidden-Markov-Model library - tools

ginga (4.0.1-1)

Astronomical image viewer

gjh-asl-json (0.0+git20210628.867c5da-1)

gjh solver, like solver from AMPL Library

glam2 (1064-9)

motifs de protéines lacunaires de séquences non alignées

gliese (3.0.95-3) [non-free]

stellar data set from the Third Catalogue of Nearby Stars

glueviz (1.0.1+dfsg-2)

visualisation de données liées

gmap (2021-12-17+ds-3)

alignement d’épissage et tolérante sur les SNP pour les lectures courtes et mNRA

gmt (6.4.0+dfsg-2)

outils de cartographie générique

gmt-common (6.4.0+dfsg-2)

outils de cartographie générique – fichiers indépendants de l’architecture

gmt-dcw (2.1.1-1)

Digital Chart of the World (DCW) for GMT

gmt-gshhg (2.3.7-6)

Global Self-consistent Hierarchical High-resolution Geography (GSHHG)

gmt-gshhg-full (2.3.7-6)

trait de côte de haute résolution pour GMT (Generic Mapping Tools)

gmt-gshhg-high (2.3.7-6)

traits de côte dans une haute résolution pour GMT (Generic Mapping Tools)

gmt-gshhg-low (2.3.7-6)

Low resolution coastlines for the Generic Mapping Tools

gnuastro (0.19-1+b2)

GNU Astronomy Utilities programs

goby-java (3.3.1+dfsg2-9)

next-generation sequencing data and results analysis tool

gpaw (22.8.0-2+b1)

DFT and beyond within the projector-augmented wave method

gpaw-data (0.9.20000-2)

gpaw datasets/setups

gperiodic (3.0.3-1)

Table périodique des éléments

gpx (2.6.8-1)

post-traitement de conversion gcode vers x3g

grabix (0.1.7-4)

wee tool for random access into BGZF files

graphlan (1.1.3-4)

circular representations of taxonomic and phylogenetic trees

grass (8.2.1-1)

système de gestion et d’analyse de ressources géographiques – SIG GRASS

grass-core (8.2.1-1)

composants centraux du SIG GRASS

grass-gui (8.2.1-1)

interfaces utilisateur graphiques pour le SIG GRASS

gravit (0.5.1+dfsg-6)

simulateur de gravité à couper le souffle

gravit-data (0.5.1+dfsg-6)

fichiers de données pour Gravit

gri (2.12.27-1.1)

langage pour l'illustration scientifique

grinder (0.5.4-6)

simulateur polyvalent de lecture de séquençage global et d'amplicon omiques

gromacs (2022.5-2)

Simulateur de dynamique moléculaire avec outils d'analyse et de préparation

gromacs-data (2022.5-2)

simulateur de dynamique moléculaire GROMACS – données et documentation

gsort (0.1.4-3+b12)

sort genomic data

gubbins (2.4.1-5)

phylogenetic analysis of genome sequences

gvb (1.4-1.1)

visual simulator of 1 and 2-dimensional vibrations

gwama (2.2.2+dfsg-5)

Genome-Wide Association Meta Analysis

gwyddion (2.62-1)

outil d'analyse et de visualisation de données SPM (« Scanning Probe Microscopy »)

gwyddion-common (2.62-1)

fichiers indépendants de l’architecture pour Gwyddion, outil d’analyse SPM

gyoto (1.4.4-8)

General relativistic geodesic integration and ray-tracing

gyoto-bin (1.4.4-8+b2)

General relativistic ray-tracing command-line interface

h5utils (1.13.2-1)

outils de visualisation de fichiers HDF5

harminv (1.4.1-4)

extraction of complex frequencies and amplitudes from time series

harvest-tools (1.3-8+b2)

archivage et post-traitement d’alignements multiples génomiques « reference-compressed »

hdf-compass (0.7~b8-3)

visualisateur pour les formats HDF5 et apparentés

hdf5-filter-plugin (0.0~git20221111.49e3b65-4)

external filters for HDF5: LZ4, BZip2, Bitshuffle

hdf5-filter-plugin-blosc-serial (0.0~git20220616.9683f7d-5)

blocking, shuffling and lossless compression library

hdf5-filter-plugin-zfp-serial (1.1.0+git20221021-4)

Compression plugin for the HDF5 library using ZFP compression

hdf5-helpers (1.10.8+repack1-1)

HDF5 – assistants

hdf5-tools (1.10.8+repack1-1)

HDF5 – outils d'exécution

herisvm (0.9.0-2)

machine learning tools for classification algorithms

heudiconv (0.11.6-1)

DICOM converter with support for structure heuristics

hfst (3.16.0-5)

technologie des transducteurs finis Helsinki

hfst-ospell (0.5.3-1+b2)

Spell checker library and tool based on HFST

hhsuite (3.3.0+ds-7+b2)

recherche de séquence de protéines basée sur l’alignement HMM-HMM

hhsuite-data (3.3.0+ds-7)

recherche de séquence de protéines basée sur l’alignement HMM-HMM – données

hilive (2.0a-3+b2)

alignement en temps réel des lectures Illumina

hinge (0.5.0-7+b1)

assembleur de lectures longues de génome basé sur des « pivots »

hisat2 (2.2.1-4+b2)

graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

hmmer (3.3.2+dfsg-1)

profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

hmmer2 (2.3.2+dfsg-8)

profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

hodie (1.5.0-2)

affichage de la date en latin

horae (071~svn537+ds1-1) [contrib]

interactive graphical processing and analysis of EXAFS data

hpcc (1.5.0-3)

mesureur de performance HPC Challenge

hts-nim-tools (0.2.1-1)

tools biological sequences: bam-filter, count-reads, vcf-check

hyphy-common (2.5.47+dfsg-1)

test statistique en utilisant des phylogénies – fichiers communs

hyphy-mpi (2.5.47+dfsg-1)

Hypothesis testing using Phylogenies (MPI version)

hyphy-pt (2.5.47+dfsg-1)

Hypothesis testing using Phylogenies (pthreads version)

idba (1.1.3-8)

iterative De Bruijn Graph short read assemblers

idba-extra (1.1.3-8)

iterative De Bruijn Graph short read assemblers (extra tools)

idseq-bench (0.0~git20210602.27fb6dc-1)

Benchmark generator for the IDseq Portal

ifeffit (2:1.2.11d-12.5)

programme interactif d’analyse de XAFS

igblast (1.19.0-1+b1)

Immunoglobulin and T cell receptor variable domain sequence analysis

ignition-common-cli (4.5.1+ds-2+b1)

Collection of useful code used by robotics apps - CLI tools

ignition-transport-cli (11.0.0+ds-4+b1)

Ignition Robotics transport Library - CLI tools

igor (1.4.0+dfsg-4)

infers V(D)J recombination processes from sequencing data

igv (2.16.0+dfsg-1)

visualiseur génomique intégratif

iitii (0.0+git20191030.85209e0-2)

Implicit Interval Tree with Interpolation Index

illustrate (0.0+git20200923.217db48-2+b1)

cartoonish representations of large biological molecules

imagej (1.53t-1)

programme de traitement d’image ciblant les images de microscopie

imview (1.1.9h-4+b1)

Application de visualisation et d'analyse d'images

indelible (1.03-5)

powerful and flexible simulator of biological evolution

indi-aagcloudwatcher-ng (1.7+20230106180155-1)

pilote INDI pour l’appareil Cloud Watcher d’AAG

indi-aok (2.0+20221222093242-1)

pilote INDI pour AOK Skywalker

indi-apogee (1.9+20221223184417-1)

INDI driver for Apogee CCDs and Filter Wheels

indi-armadillo-platypus (1.0+20221226082641-1)

INDI driver for Lunatico Astronomia Armadillo and Platypus

indi-asi (2.2+20221225102500-1) [contrib]

INDI Driver for ZWO Optics ASI cameras

indi-astrolink4 (0.1+20221223182627-1)

INDI driver for Astrolink 4.0 devices

indi-astromechfoc (0.2+20221223181816-1)

pilote INDI pour « Canon Lens Controller » d’Astromechanics

indi-avalon (1.12+20221223132122-1)

pilote INDI pour les montures d’Avalon Instruments

indi-beefocus (0.1+20221222010828-1)

pilote d’INDI pour Bee Focus

indi-bresserexos2 (1.0+20221223130124-1)

pilote INDI pour la monture de télescope Exos II GoTo

indi-dreamfocuser (2.1+20221223125100-1)

INDI driver for DeamFocuser focuser

indi-dsi (0.4+20221223123028-1)

INDI driver for Meade DSI Pro I/II/III

indi-eqmod (1.0+20230126190232-1)

pilote INDI pour EQMod

indi-ffmv (0.3+20221223120905-1)

pilote INDI pour les appareils photographiques « Point Grey Firefly MV »

indi-fishcamp (1.1-1) [contrib]

INDI driver for Fishcamp Engineering CCD

indi-fli (1.5+20221225141318-1)

INDI driver for FLI CCD & Focuser

indi-gige (0.1+20221223115700-1)

INDI driver for GigE machine vision cameras

indi-gphoto (3.2+20221221172841-1)

INDI driver for GPhoto (DSLR) Cameras

indi-gpsd (0.5+20221222000619-1)

pilote INDI pour le démon GPS gpsd

indi-gpsnmea (0.2+20221223114018-1)

pilote INDI pour les transmissions GPS NMEA

indi-inovaplx (1.4+20221221105828-1) [contrib]

INDI driver for iNova PLX Cameras

indi-limesdr (1.4+20221223110308-1)

INDI driver for LimeSDR (LMS7) Receiver

indi-maxdomeii (1.3+20221223105522-1)

pilote INDI pour le système de contrôle MaxDome II

indi-mgen (0.1+20221222184336-1)

INDI driver for Lacerta MGen Autoguider

indi-mi (1.8-1) [contrib]

INDI driver for cameras made by Moravian Instruments

indi-nexdome (1.5+20221222183051-1)

pilote INDI pour NextDome

indi-nightscape (1.0.6+20221222181314-1)

INDI driver for Celestron Nightscape 8300

indi-orion-ssg3 (0.1+20221222180647-1)

pilote INDI pour les appareils photographiques StarShoot G3 et G4 d’Orion

indi-pentax (1.0+20221221102411-1) [contrib]

INDI driver for Pentax cameras

indi-playerone (0.9+20230105184731-1) [contrib]

INDI driver for cameras made by Playerone

indi-rtklib (1.0+20221222172722-1)

INDI driver for precise positioning with RTKLIB

indi-sbig (2.1+20221220234924-1) [contrib]

INDI driver for SBIG cameras

indi-shelyak (1.0+20221222171819-1)

INDI driver for Shelyak and Alpy Spectrograph

indi-spectracyber (1.3+20221222164952-1)

pilote INDI pour le spectromètre de raie à 21 cm

indi-starbook (0.8+20221222163625-1)

pilote INDI pour les contrôleurs de télescope Starbook de Vixen

indi-starbook-ten (0.1-2+b1)

pilote INDI pour les contrôleurs de télescope Starbook Ten de Vixen

indi-sx (1.16+20221222162728-1)

INDI driver for Starlight Xpress CCD and Filter Wheel

indi-talon6 (2.0+20221222160901-1)

INDI driver for Talon6 Roll Off Roof

indi-webcam (1.0+20221222161740-1)

INDI Driver for web cameras

indi-weewx-json (1.0-1+b1 [amd64], 1.0-1 [arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x])

pilote INDI pour la station météorologique WeeWX

indigo-utils (1.2.3-3.1)

Organic Chemistry Toolkit Utilities

infernal (1.1.4-1)

inférence d’alignements structurels secondaires d’ARN

inhomog (0.1.9.2-1+b3)

kinematical backreaction and average scale factor evolution

inkscape-speleo (1.8-4)

Inkscape plugin to help draw surveys

inkscape-survex-export (2.0-1)

greffon d’Inkscape pour numériser les impressions de levé

insilicoseq (1.5.4-6)

simulateur de séquençage produisant des lectures Illumina réalistes

ipig (0.0.r5-4)

intégration de PSM dans des visualisations de navigateur de génome

iqtree (2.0.7+dfsg-1)

logiciel phylogénétique de maximum de vraisemblance

iraf (2.17-4)

Image Reduction and Analysis Facility

iraf-dev (2.17-4)

Image Reduction and Analysis Facility (development files)

iraf-fitsutil (2018.07.06-4+b2)

FITS utilities for IRAF

iraf-mscred (5.05+2018.07.09-1+b4)

CCD mosaic reduction package for IRAF

iraf-noao (2.17-4)

paquet d’IRAF du NOAO pour la réduction de données

iraf-noao-dev (2.17-4)

IRAF NOAO data reduction package (development files)

iraf-rvsao (2.8.5-1+b1)

IRAF package to obtain radial velocities from spectra

iraf-sptable (1.0~pre20180612-2+b2)

IRAF package for Tabular Spectra

iraf-wcstools (3.9.7-1)

prise en charge du WCS d’une image FITS – paquet pour IRAF

irstlm (6.00.05-3+b1)

boîte à outils de modélisation de langage IRST

ismrmrd-schema (1.8.0-2)

schema for ISMRMRD

ismrmrd-tools (1.8.0-2+b1)

command-line tools for ISMRMRD

iva (1.0.11+ds-3)

assemblage itératif de séquences virales

ivar (1.3.1+dfsg-7)

fonctions largement utiles pour le séquençage de virus basé sur les amplicons

jaligner (1.0+dfsg-10)

algorithme de Smith-Waterman avec l'amélioration de Gotoh

jalview (2.11.2.5+dfsg-3)

multiple alignment editor

jblas (1.2.4-3)

bibliothèque rapide d'algèbre linéaire pour Java

jellyfish (2.3.0-15+b3)

count k-mers in DNA sequences

jellyfish-examples (2.3.0-15)

count k-mers in DNA sequences (examples for testing)

jellyfish1 (1.1.11-8)

count k-mers in DNA sequences

jemboss (6.6.0+dfsg-12)

interface graphique pour EMBOSS

jmodeltest (2.1.10+dfsg-12)

sélection par calculs intensifs de modèle de substitution de nucléotide

jmol (14.32.83+dfsg-2)

visualisateur moléculaire

jsamp (1.3.7-1)

Java Simple Application Messaging Protocol tool for VO

jube (2.5.1-1)

JUBE Benchmarking Environment

jupyter-notebook (6.4.12-2.2)

notebook interactif de Jupyter

kalign (1:3.3.5-1)

Alignement séquentiel multiple global et progressif

kallisto (0.48.0+dfsg-3)

quantification RNA-seq presque optimale

kallisto-examples (0.48.0+dfsg-3)

near-optimal RNA-Seq quantification (example data)

kalzium (4:22.12.3-1)

outil de table périodique et de chimie

kalzium-data (4:22.12.3-1)

fichiers de données pour Kalzium

kaptive (2.0.4-1)

obtain information about K and O types for Klebsiella genome assemblies

kaptive-data (2.0.4-1)

reference data for kaptive for Klebsiella genome assemblies

kaptive-example (2.0.4-1)

données d’exemples pour kaptive pour des assemblages du génome de klebsiella

khmer (3.0.0~a3+dfsg-4+b2)

comptage k-mer, filtrage et parcours de graphe de séquences d’ADN en mémoire vive

khmer-common (3.0.0~a3+dfsg-4)

fichiers communs pour les outils du projet khmer

kineticstools (0.6.1+git20220223.1326a4d+dfsg-2)

détection de modification d’ADN

kineticstools-data (0.6.1+git20220223.1326a4d+dfsg-2)

détection de modifications d’ADN – fichiers de données

king-probe (02.21-1)

évaluation et visualisation de compacité interatomique de protéines

kissplice (2.6.2-2)

détection de diverses sortes de polymorphismes dans les données du séquençage de l'ARN

kleborate (2.3.1-2)

tool to screen Klebsiella genome assemblies

kleborate-examples (2.3.1-2)

outil pour filtrer des assemblages de génome de klebsiella – exemple de données

klustakwik (3.0.2+ds-2)

classement automatique des échantillons (pics) dans des regroupements

kma (1.4.11-1)

mapping genomic sequences to raw reads directly against redundant databases

kmc (3.2.1+dfsg-1+b2)

décompte de k-mers dans des séquences de génome

kmer (0~20150903+r2013-8)

suite of tools for DNA sequence analysis

kmer-examples (0~20150903+r2013-8)

sample data for kmer suite of tools for DNA sequence analysis

kmerresistance (2.2.0-4)

correlates mapped genes with the predicted species of WGS samples

konclude (0.7.0+1138+git20220514~dfsg-1)

raisonneur de logique descriptive basé sur les tableaux pour le web sémantique

kraken (1.1.1-4)

assigning taxonomic labels to short DNA sequences

kraken2 (2.1.2-2)

taxonomic classification system using exact k-mer matches

kst (2.0.8-5+b3)

outil scientifique de tracé de données

kstars (5:3.6.2-2)

planétarium de bureau, planification d’observations et contrôle de télescope

kstars-data (5:3.6.2-2)

fichiers de données pour le planétarium KStars

kstars-data-extra-tycho2 (1.1r1-9.1) [non-free]

Tycho-2 star catalog for KStars

lagan (2.0-9)

alignement global de séquences génomiques par paire, hautement paramétrable

lamarc (2.1.10.1+dfsg-7+b2)

analyse de vraisemblance avec l’algorythme de Metropolis en utilisant la théorie de la coalescence

lamassemble (1.4.2-5)

fusion de lectures « longues » d’ADN chevauchantes en séquences consensus

lambda-align (1.0.3-6)

Local Aligner for Massive Biological DatA

lambda-align2 (2.0.0-9)

Local Aligner for Massive Biological DatA - v2

lammps (20220106.git7586adbb6a+ds1-2+b2)

Molecular Dynamics Simulator

last-align (1447-1+b1)

comparaison de séquences biologiques à l'échelle du génome

lastz (1.04.22-2)

pairwise aligning DNA sequences

lastz-examples (1.04.22-2)

pairwise aligning DNA sequences (examples and test scripts)

lbt (1.2.2-7)

Convertit des formules LTL en automates Büchi

leaff (0~20150903+r2013-8+b3)

biological sequence library utilities and applications

lefse (1.1.2-1)

determine features of organisms, clades, taxonomic units, genes

lexd (1.3.1-1+b1)

Lexicon compiler for non-suffixational morphologies

libadios-bin (1.13.1-31+b1)

ADIOS système flexible d'entrées-sorties — exécutables

libadios-examples (1.13.1-31)

exemples pour le système flexible d'entrées-sorties ADIOS

libatlas-ecmwf-utils (0.31.1-3)

Numerical weather prediction and climate modelling library - utilities

libball1.5-data (1.5.0+git20180813.37fc53c-11)

bibliothèque d'algorithmes de biochimie –⋅fichiers de données

libbio-db-hts-perl (3.01-4+b1)

Perl interface to the HTS library

libbio-tools-phylo-paml-perl (1.7.3-4)

Bioperl interface to the PAML suite

libbio-tools-run-alignment-clustalw-perl (1.7.4-3)

Bioperl interface to Clustal W

libbio-tools-run-alignment-tcoffee-perl (1.7.4-3)

Bioperl interface to T-Coffee

libcg3-1 (1.3.9-1+b2)

Runtime for CG-3

libchemicaltagger-java (1.6.2-2)

tool for semantic text-mining in chemistry

libdbcsr-dev (2.5.0-1)

Distributed Block Compressed Sparse Row matrix library

libdlpack-dev (0.6-1+b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x], 0.6-1 [arm64])

Open In Memory Tensor Structure

libdyssol1.0 (1.1.1+ds1-1)

Tool for dynamic flowsheet simulation. Shared libraries

libeccodes-data (2.28.0-1)

GRIB and BUFR enecoding/encoding software library - data

libeckit-utils (1.20.2-1)

C++ toolkit for ECMWF tools and applications - development files

libfaiss-dev (1.7.3-2+b1)

efficient similarity search and clustering of dense vectors

libfckit-utils (0.10.0-2)

Library Fortran toolkit for interoperating Fortran with C/C++

libghemical-data (3.0.0-4.3)

Molecular Modelling Library (data files)

libgoby-io-java (3.3.1+dfsg2-9)

IO API for goby

libhdf5-jni (1.10.8+repack1-1)

native library used by libhdf5-java

libideep-dev (0.0~git20220817.77d662b-1)

Intel's mkldnn/dnnl wrapper for pytorch

libinchi-bin (1.03+dfsg-4+b2 [amd64], 1.03+dfsg-4 [arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x])

International Chemical Identifier (InChI) algorithm (executable)

libjgrapht-java (1.5.1-3)

Java library of graph theory data structures and algorithms

libjgrapht-java

paquet virtuel fourni par libjgrapht0.8-java

liblammps-dev (20220106.git7586adbb6a+ds1-2+b2)

Molecular Dynamics Simulator (dev files)

liblammps0 (20220106.git7586adbb6a+ds1-2+b2)

Molecular Dynamics Simulator (shared library)

liblemon-utils (1.3.1+dfsg-6)

Library for Efficient Modeling and Optimization in Networks (utilities)

liblinear-tools (2.3.0+dfsg-5)

applications autonomes pour LIBLINEAR

libmcpl-dev (1.3.2-3.1)

Monte Carlo Particle Lists - development files

libmcpl1 (1.3.2-3.1)

Monte Carlo Particle Lists - library

libmstoolkit-tools (82-7)

libraries for manipulating mass spectrometry data - tools

libncarg-bin (6.6.2.dfsg.1-1)

NCAR command-language library - development tools

libncarg-data (6.6.2.dfsg.1-1)

NCAR command-language library - Data

libocas-tools (0.97+dfsg-8)

Standalone applications implementing the OCAS solver

libonnx-dev (1.12.0-2+b4)

Open Neural Network Exchange (ONNX) (dev)

libonnx-testdata (1.12.0-2)

Open Neural Network Exchange (ONNX) (test data)

libonnx1 (1.12.0-2+b4)

Open Neural Network Exchange (ONNX) (libs)

libonnxifi (1.12.0-2+b4)

Open Neural Network Exchange (ONNX) (ONNXIFI)

libopm-simulators-bin (2022.10+ds-2)

Parallel porous media / reservoir simulators -- applications

libopm-upscaling-bin (2022.10+ds-4)

Porous media upscaling tools -- applications

liboscar4-java (5.2.0+dfsg-2)

automated annotation of chemistry in scientific articles

libotb (8.1.1+dfsg-1)

ORFEO Toolbox library metapackage

libotb-apps (8.1.1+dfsg-1)

Plugins for ORFEO Toolbox applications

libphitsmcpl1 (1.3.2-3.1)

Monte Carlo Particle Lists - PHITS library

libpluto-jpl-eph-dev (0.0~git20180228-1.1)

development files to interact with JPL ephemeres data

libpluto-lunar-dev (0.0~git20180825.e34c1d1-1+b1 [amd64], 0.0~git20180825.e34c1d1-1 [arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x])

development files for astronomical Lunar library

libpwiz-tools (3.0.18342-4+b1)

ProteoWizard command line tools

libqgis-customwidgets (3.22.16+dfsg-1)

composants graphiques personnalisés de QGIS pour QT Designer

libsilo-bin (4.11-3+b2)

Utilities to manipulate libsilo files

libsmiles-scripts-java (0.2.0+dfsg1-4)

command line tools to handle SMILES descriptors - Java libraries

libsmiles-scripts-perl (0.2.0+dfsg1-4)

command line tools to handle SMILES descriptors - Perl libraries

libssm-bin (1.4.0-2)

macromolecular superposition library - binaries

libsswmcpl1 (1.3.2-3.1)

Monte Carlo Particle Lists - SSW library

libtorch-test (1.13.1+dfsg-4)

Tensors and Dynamic neural networks in Python (Test Binaries)

libtrexio0 (2.2.3-3)

TREX I/O library for efficient data I/O in quantum chemistry.

libuhd4.3.0-dpdk-tests (4.3.0.0+ds1-5)

universal hardware driver for Ettus Research products - DPDK tests

libvcflib-tools (1.0.3+dfsg-2)

C++ library for parsing and manipulating VCF files (tools)

libvdjtools-java (1.2.1+git20190311+repack-1) [non-free]

Java library of vdjtools

libwannier90-dev (3.1.0+ds-7)

Maximally Localized Wannier Functions - development library

libxgboost-dev (1.7.4-1)

Scalable and Flexible Gradient Boosting (Development)

libxgboost-predictor-java (0.3.1+dfsg-2)

Java implementation of XGBoost predictor for online prediction tasks

libxgboost0 (1.7.4-1)

Scalable and Flexible Gradient Boosting (Shared lib)

libxy-bin (1.6-2+b2)

xylib – utilitaires

libyade (2023.02a-1)

plateforme pour la méthode des éléments distincts — bibliothèques

liggghts (3.8.0+repack1-9+b2)

Open Source DEM Particle Simulation Software.

lighter (1.1.2-7)

fast and memory-efficient sequencing error corrector

litl-tools (0.1.9-13)

Lightweight Trace Library - tools

logol (1.7.9+dfsg-6)

Pattern matching tool using Logol language

logol-bin (1.7.9+dfsg-6+b1)

outil d'associations de modèles utilisant le langage Logol

loki (2.4.7.4-10)

analyse de déséquilibre de liaison avec des chaînes de Markov

looktxt (1.4.1-3)

conversion de fichier de format libre en format de données scientifiques

lorene (0.0.0~cvs20161116+dfsg-1)

framework for numerical relativity

lorene-codes-src (0.0.0~cvs20161116+dfsg-1)

source files of LORENE-based codes

ltrsift (1.0.2-9+b1)

post-traitement et classification de rétrotransposons LTR

lttoolbox-dev (3.7.1-1+b2)

Development tools and library for lttoolbox

lucy (1.20-3)

DNA sequence quality and vector trimming tool

lumpy-sv (0.3.1+dfsg-7)

general probabilistic framework for structural variant discovery

lumpy-sv-examples (0.3.1+dfsg-7)

cadriciel probabiliste générique pour la découverte de variations structurelles – données

lutefisk (1.0.7+dfsg-7)

interprétation de novo d’un spectre de CID de peptide

lxi-tools (2.4-1)

interface logicielle pour LXI (LAN eXtensions for Instrumentation)

macs (2.2.7.1-6+b1)

analyse basée sur modèles de ChIP-Seq venant de séquenceurs de lectures courtes

macsyfinder (2.0-2+b1)

detection of macromolecular systems in protein datasets

maffilter (1.3.1+dfsg-4)

process genome alignment in the Multiple Alignment Format

maffilter-examples (1.3.1+dfsg-4)

process genome alignment in the Multiple Alignment Format (example data)

mafft (7.505-1)

programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés

malt (0.5.2-2)

sequence alignment and analysis tool to process sequencing data

mandelbrot-solver (3.2.1-7)

Solver for Mandelbrot polynomials based on MPSolve

mapdamage (2.2.1+dfsg-3)

tracking and quantifying damage patterns in ancient DNA sequences

mapsembler2 (2.2.4+dfsg1-4)

bioinformatics targeted assembly software

maq (0.7.1-9)

correspondance de lectures de séquences d'ADN polymorphique de longueur courte à des séquences de référence

maqview (0.2.5-11)

graphical read alignment viewer for short gene sequences

mash (2.3+dfsg-3+b1)

estimation rapide de distance entre génomes et métagénomes utilisant MinHash

massxpert (7.0.0-2)

modélisation pour la chimie des polymères et simulation de données de spectrométrie de masse – exécutable

massxpert-data (7.0.0-2)

modélisation pour la chimie des polymères et simulation de données de spectrométrie de masse – données

matlab-gdf (0.1.3-11) [contrib]

IO library for the GDF -- Matlab interface

matlab-jsonlab (2.0-2) [contrib]

native JSON/UBJSON/MassagePack encoder/decoder for MATLAB

matlab-zmat (0.9.8+ds-8) [contrib]

in-memory data compression for MATLAB

maude (3.2-2)

cadriciel logique de haute performance

mauve-aligner (2.4.0+4736-6)

multiple genome alignment

mayavi2 (4.8.0-2)

paquet de visualisation scientifique de données 2D ou 3D

mbpoll (1.4.11+dfsg-2)

command line utility to communicate with ModBus slave (RTU or TCP)

mbt (3.6-3)

générateur d’étiquetage basé sur la mémoire et étiqueteur

mbtserver (0.14-2)

extensions de serveur pour l’étiqueteur MBT

mcaller (1.0.3+git20210624.b415090-3)

recherche de méthylation dans les lectures de nanopore

mcpl (1.3.2-3.1)

Monte Carlo Particle Lists - libraries and tools

mecat2 (0.0+git20200428.f54c542+ds-3)

ultra-fast and accurate de novo assembly tools for SMRT reads

meep (1.25.0-2)

paquet logiciel pour la simulation FDTD

meep-mpi-default (1.25.0-2)

paquet logiciel pour la simulation FDTD – autre version (OpenMPI)

meep-openmpi (1.25.0-2)

software package for FDTD simulation, parallel (OpenMPI) version

megadepth (1.2.0-4)

computes coverage from BigWig and BAM sequencing files

megahit (1.2.9-4)

ultra-fast and memory-efficient meta-genome assembler

megan-ce (6.21.1+dfsg-2)

interactive tool to explore and analyse microbiome sequencing data

melting (5.2.0-2)

calcule la température de fusion de duplex d'acide nucléique

merkaartor (0.19.0+ds-3+b1)

éditeur de carte pour OpenStreetMap.org

meryl (0~20150903+r2013-8+b3)

in- and out-of-core kmer counting and utilities

metabat (2.15-4)

robust statistical framework for reconstructing genomes from metagenomic data

metaphlan (4.0.4-1)

Metagenomic Phylogenetic Analysis

metaphlan2-data (2.6.0+ds-4)

paquet de données pour l’analyse phylogénétique métagénomique

metastudent (2.0.1-9)

predictor of Gene Ontology terms from protein sequence

metastudent-data (2.0.1-8)

predictor of Gene Ontology terms from protein sequence - data files

metastudent-data-2 (1.0.0-6)

predictor of Gene Ontology terms from protein sequence - data #2

metview (5.17.4-1)

visualisation des données et environnement d’analyse interactifs

metview-data (5.17.4-1)

données nécessaires à l’environnement d’analyse de données, Metview

mhap (2.1.3+dfsg-3)

locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

mia-doctools (2.4.7-11)

Helper scripts for run-time document creation

mia-tools (2.4.7-11+b1)

outils en ligne de commande pour le traitement d’images en échelle de gris

mia-viewit (1.0.5-3)

programme de visualisation pour des ensembles de données en 3D créés avec MIA

mialmpick (0.2.15-2)

outils pour le choix de points de repère dans des ensembles de données de volumes en 3D

microbegps (1.0.0-5)

outil d’investigation pour le profilage taxonomique de données métagénomiques

microbiomeutil (20101212+dfsg1-5)

utilitaires d'analyse de microbiome

microbiomeutil-data (20101212+dfsg1-5)

Reference 16S sequences and NAST-alignments used by microbiomeutil tools

microhope (5.3.0+repack-3)

cadriciel matériel et logiciel pour apprendre les microcontrôleurs

minc-tools (2.3.00+dfsg-10)

Outils pour le format MNI d'imagerie médicale

mindthegap (2.3.0-2)

détection et assemblage de variantes d’insertion d’ADN dans les ensembles de lectures NGS

mindthegap-examples (2.3.0-2)

optional scripts and example resources for mindthegap

minexpert2 (8.6.3-1)

visualisation et fouille de données de spectrométrie de masse MS^n – exécutable

minia (3.2.6-3)

assembleur de lectures courtes de séquences biologiques

miniasm (0.3+dfsg-4)

assembleur de novo très rapide pour des lectures longues de séquences d’ADN bruitées

minimac4 (4.1.2-1)

Fast Imputation Based on State Space Reduction HMM

minimap (0.2-7)

correspondances approximatives de longues séquences biologiques telles que les lectures d’ADN

minimap2 (2.24+dfsg-3+b1)

versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

minisat (1:2.2.1-5+b3)

solveur SAT rapide et léger

minisat+ (1.0-4)

solveur de contraintes pseudo booléennes

minisat2 (1:2.2.1-5+b3)

paquet de transition pour minisat

minisat2

paquet virtuel fourni par minisat

mipe (1.1-9)

Outil de sauvegarde de données dérivées de PCR

mira-assembler (4.9.6-7+b2 [amd64, arm64, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el], 4.9.6-7+b1 [armel, s390x])

assembleur de séquences génomiques exprimées utilisant la méthode globale

mira-rfam-12s-rrna (4.9.6-7)

extract of RFAM 12 rRNA database

mirtop (0.4.25-2)

annotate miRNAs with a standard mirna/isomir naming

missfits (2.8.0-5)

Basic maintenance and packaging tasks on FITS files

mitools (2.0.5-3+b1)

visualisation, conversion et opérations basiques pour des données d’images médicales

mlv-smile (1.47-8)

Find statistically significant patterns in sequences

mmb (4.0.0+dfsg-2)

model the structure and dynamics of macromolecules

mmb-common (4.0.0+dfsg-2)

model the structure and dynamics of macromolecules (common files)

mmmulti (0.1-2)

memory backed multimap

mmseqs2 (14-7e284+ds-1+b2)

recherche et partitionnement de protéines ultra rapide et sensible

mmseqs2-examples (14-7e284+ds-1)

optional resources for the mmseqs2 package

mocassin (2.02.73.2-1)

MOnte CArlo SimulationS of Ionised Nebulae

mocassin-benchmarks (2.02.73.2-1)

benchmarks for the photoionisation code MOCASSIN

mocassin-data (2.02.73.2-1)

atomic and optical data for the photoionisation code MOCASSIN

mocassin-examples (2.02.73.2-1)

Examples for the photoionisation code MOCASSIN

molds (0.3.1-1+b9 [amd64, arm64, armhf, i386], 0.3.1-1+b8 [ppc64el], 0.3.1-1+b4 [mips64el, s390x])

Semi-empirical electronic structure and molecular dynamics

molequeue (0.9.0-1+b2 [amd64], 0.9.0-1 [arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x])

intégration dans le bureau de ressources informatiques de haute performance

mona (1.4-18-1+b1)

démonstration automatique de théorèmes

montage (6.0+dfsg-7+b9 [armel, i386, mips64el, s390x], 6.0+dfsg-7+b8 [amd64, arm64, armhf, mipsel, ppc64el])

Toolkit for assembling FITS images into mosaics

montage-gridtools (6.0+dfsg-7+b9 [armel, i386, mips64el, s390x], 6.0+dfsg-7+b8 [amd64, arm64, armhf, mipsel, ppc64el])

Create files to run montage on the grid

mopac (22.0.6+dfsg-1+b1 [amd64], 22.0.6+dfsg-1 [arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x])

Molecular Orbital PACkage (MOPAC)

mopac7-bin (1.15-6+b4 [mips64el], 1.15-6+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mipsel, ppc64el, s390x])

bibliothèque de chimie quantique semi-empirique – fichiers binaires

morse-simulator (1.4-8)

Multi-OpenRobot Simulation Engine

morse-simulator-data (1.4-8)

Multi-OpenRobot Simulation Engine

mosdepth (0.3.3+ds-2)

calcul de couverture BAM/CRAM de séquençage biologique

mosdepth-examples (0.3.3+ds-2)

données de test pour mosdepth

mothur (1.48.0-2)

ensemble pour analyse de séquences pour la recherche sur le microbiome

mpb (1.11.1-5)

Photonic-Bands du MIT

mpb-mpi (1.11.1-5)

programme Photonic-Bands du MIT, version parallèle (mpich)

mpb-scm (1.11.1-5)

programme Photonic-Bands du MIT – fichiers d’initialisation

mpgrafic (0.3.19-1+b2)

MPI version of N-body initial conditions grafic package

mpqc (2.3.1-22)

programme de chimie quantique massivement parallèle

mpqc-support (2.3.1-22)

Massively Parallel Quantum Chemistry – outils d’assistance

mpsolve (3.2.1-7)

résolveur de polynômes multiprécision – version en ligne de commande

mptp (0.2.4-3+b2)

single-locus species delimitation

mrbayes (3.2.7a-6)

Bayesian Inference of Phylogeny

mrbayes-mpi (3.2.7a-6)

inférence bayésienne de phylogenèse – version MPI

mriconvert (1:2.1.0-5+b2)

utilitaire de conversion de fichier d’image médicale

mricron (1.2.20211006+dfsg-4)

conversion, visualisation et analyse d’images de résonance magnétique

mricron-data (1.2.20211006+dfsg-4)

data files for MRIcron

mrpt-apps (1:2.5.8+ds-2)

boîte à outils pour la programmation robotique – applications graphiques et console

mrpt-common (1:2.5.8+ds-2)

boîte à outils pour la programmation robotique – exemples de fichier et d’ensembles de données

mrtrix3 (3.0.3-3+b1)

tractographie de la substance blanche par IRM pondérée en diffusion

mseed2sac (2.3+ds1-1)

Convert MiniSEED time series data to SAC

mssstest (3.0-7) [non-free]

Normalisation of disease scores for patients with Multiple Sclerosis

multiqc (1.14+dfsg-1)

output integration for RNA sequencing across tools and samples

mumax3 (3.10-7) [contrib]

GPU-accelerated micromagnetic simulator

mummer (3.23+dfsg-8)

Alignement de séquence efficace de génomes complets

munipack (0.6.1-1)

Astronomical photometry software package

munipack-cli (0.6.1-1+b3)

Command line interface of Munipack

munipack-core (0.6.1-1+b3)

Core routines of Munipack

munipack-gui (0.6.1-1+b3)

interface graphique pour Munipack

murasaki (1.68.6-13+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel], 1.68.6-13+b2 [ppc64el, s390x])

homology detection tool across multiple large genomes

murasaki-common (1.68.6-13)

homology detection tool across multiple large genomes (common files)

murasaki-mpi (1.68.6-13+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel], 1.68.6-13+b2 [ppc64el, s390x])

homology detection tool across multiple large genomes (MPI-version)

muscle (1:5.1.0-1)

programme d'alignements multiples de séquences de protéine

muscle3 (3.8.1551-2)

multiple alignment program of protein sequences

music-bin (1.1.16-1.1+b4)

Multi-Simulation Coordinator for MPI -- Utilities

mustang (3.2.4-1)

alignement structurel multiple de protéines

mustang-testdata (3.2.4-1)

alignements structuraux multiples de protéines – données de test

nanolyse (1.2.0-4)

remove lambda phage reads from a fastq file

nanook (1.33+dfsg-5)

pre- and post-alignment analysis of nanopore sequencing data

nanook-examples (1.33+dfsg-5)

pre- and post-alignment analysis of nanopore sequencing data (examples)

nanopolish (0.14.0-1)

identification de consensus pour les données de séquençage par nanopore

nanostat (1.4.0-3)

statistics on long biological sequences

nanosv (1.2.4+git20190409.c1ae30c-6)

structural variant caller for nanopore data

nast-ier (20101212+dfsg1-5)

NAST-based DNA alignment tool

nastran (0.1.95-2) [non-free]

NASA Structural Analysis System

nautic (1.5-6+b2)

calcul de la position de l’observateur en navigation astronomique

ncbi-acc-download (0.2.8-1)

download genome files from NCBI by accession

ncbi-blast+ (2.12.0+ds-3+b1)

suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

ncbi-blast+-legacy (2.12.0+ds-3)

script d’appel de legacy de BLAST du NCBI

ncbi-cn3d (3.0.20170106+dfsg1-10)

afficheur en trois dimensions de molécules biologiques

ncbi-entrez-direct (19.0.20230216+dfsg-2+b1)

NCBI Entrez utilities on the command line

ncbi-epcr (2.3.12-1-9)

outil pour vérifier la présence d'un marqueur dans une séquence d'ADN

ncbi-rrna-data (6.1.20170106+dfsg1-10)

grandes bases de données BLAST d'ARN ribosomique distribuées avec le kit de développement du NCBI

ncbi-seg (0.0.20000620-6)

tool to mask segments of low compositional complexity in amino acid sequences

ncbi-tools-bin (6.1.20170106+dfsg1-10)

bibliothèques du NCBI pour applications de biologie –⋅utilitaires en mode texte

ncbi-tools-x11 (6.1.20170106+dfsg1-10)

bibliothèques du NCBI pour applications de biologie –⋅utilitaires⋅X

ncl-ncarg (6.6.2.dfsg.1-1)

NCAR Command Language and NCAR graphics

ncl-tools (2.1.21+git20210811.b1213a7-4)

outil pour traiter avec les fichiers NEXUS

nco (5.1.4-1+deb12u1)

opérateurs en ligne de commandes pour analyser des fichiers netCDF

ncoils (2002-9)

prédiction de structure secondaire de superhélice

ncview (2.1.8+ds-5)

navigateur graphique X11 pour les fichiers au format NetCDF

neat (2.3.2-2+b2 [amd64, armel, i386, mips64el, s390x], 2.3.2-2+b1 [arm64, armhf, mipsel, ppc64el])

Nebular Empirical Analysis Tool – outil d’analyse empirique de nébuleuse

neobio (0.0.20030929-6)

calcul d'alignements de séquences d'acides aminés et de nucléotides

netcdf-bin (1:4.9.0-3+b1)

Programmes pour lire et écrire des fichiers NetCDF

neurodebian (0.41.2+nmu1)

neuroscience-oriented distribution - repository configuration

neurodebian-archive-keyring (0.41.2+nmu1)

distribution orientée neurosciences – clés GnuPG d’archive

neurodebian-desktop (0.41.2+nmu1)

neuroscience-oriented distribution - desktop integration

neurodebian-dev (0.41.2+nmu1)

neuroscience-oriented distribution - development tools

neurodebian-freeze (0.41.2+nmu1)

outil nd_freeze pour geler les sources APT à utiliser dans des instantanés

neurodebian-popularity-contest (0.41.2+nmu1)

neuroscience-oriented distribution - popcon integration

neuron (8.2.2-4)

environnement de simulation pour des modèles de calcul de neurones

neuron-dev (8.2.2-4)

Neuron simulation environment - Development files

nexus-tools (4.4.3-5)

NeXus scientific data file format - applications

ngmlr (0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1)

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

nim-kexpr-dev (0.0.2-3)

kexpr math expressions for nim

nim-lapper-dev (0.1.7-5)

simple, fast interval searches for nim

njplot (2.4-9)

programme de dessin d’arbre phylogénétique

nmodl (0.5-1)

Code generation engine for the NEURON modeling language

norsnet (1.0.17-7)

tool to identify unstructured loops in proteins

norsp (1.0.6-7)

predictor of non-regular secondary structure

nrn-mod2c (0.9+git220919-2)

NMODL to C converter for CoreNEURON

ntcard (1.2.2+dfsg-5)

Streaming algorithm to estimate cardinality in genomics datasets

nthash (2.3.0+dfsg-1)

Methods to evaluate runtime and uniformity tests for hashing methods

numdiff (5.9.0-1+b1 [amd64], 5.9.0-1 [arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x])

comparaison de fichiers similaires avec des champs numériques

nutsqlite (2.0.6-3)

Dietary nutrition analysis software

nwchem (7.0.2-4)

logiciel de calcul de haute performance pour la chimie numérique – MPI par défaut

nwchem-data (7.0.2-4)

High-performance computational chemistry software (data files)

nwchem-mpich (7.0.2-4)

High-performance computational chemistry software (MPICH build)

nwchem-openmpi (7.0.2-4)

High-performance computational chemistry software (OpenMPI build)

nxtrim (0.4.3+dfsg-3)

Optimized trimming of Illumina mate pair reads

oar-common (2.5.9-1)

paquet commun pour l’ordonnanceur OAR

oar-node (2.5.9-1)

OAR batch scheduler node package

oar-server (2.5.9-1)

OAR batch scheduler server package

oar-server-mysql (2.5.9-1)

paquet de dorsal pour le serveur MySQL d’ordonnancement de tâches

oar-server-pgsql (2.5.9-1)

OAR batch scheduler PostgreSQL server backend package

oar-user (2.5.9-1)

OAR batch scheduler user package

oar-user-mysql (2.5.9-1)

OAR batch scheduler MySQL user backend package

oar-user-pgsql (2.5.9-1)

OAR batch scheduler PostgreSQL user backend package

oar-web-status (2.5.9-1)

OAR batch scheduler visualization tool package

objcryst-fox (2022.1-1+b3)

FOX – Free Objects for Xtallography

occt-draw (7.6.3+dfsg1-7)

Open CASCADE Technology command interpreter and graphical test system

oce-draw (0.18.3-2+b1)

OpenCASCADE Community Edition CAE platform shared library

octave-bart (0.8.00-3)

liaisons Octave pour BART

octave-biosig (2.5.0-1+b1)

liaisons Octave à la bibliothèque BioSig

octave-gdf (0.1.3-11+b1)

bibliothèque IO pour GDF – interface pour Octave

octave-jsonlab (2.0-2)

native JSON/UBJSON/MassagePack encoder/decoder for Octave

octave-psychtoolbox-3 (3.0.18.12.dfsg1-1.1)

toolbox for vision research -- Octave bindings

octave-zmat (0.9.8+ds-8)

in-memory data compression for Octave

octomap-tools (1.9.7+dfsg-3+b1)

Tools for 3D occupancy grid mapping

octovis (1.9.7+dfsg-3+b1)

outil de visualisation pour OctoMap

odil (0.12.2-2)

C++11 library for the DICOM standard (application)

odin (2.0.5-3+b1)

développement, simulation et exécution de séquences de résonance magnétique

ogdi-bin (4.1.0+ds-6)

bibliothèque OGDI ( interface de magasins de données géographiques libre) – utilitaires

ompl-plannerarena (1.5.2+ds1-1)

Open Motion Planning Library (OMPL) plannerarena

ont-fast5-api (4.1.1+dfsg-2+b1)

simple interface to HDF5 files of the Oxford Nanopore .fast5 file format

open3d-gui (0.16.1+ds-2+b4)

Library for 3D data processing - GUI

open3d-gui-data (0.16.1+ds-2)

Library for 3D data processing - GUI resources

open3d-tools (0.16.1+ds-2+b4)

Library for 3D data processing - tools

openbabel (3.1.1+dfsg-9+b3)

boîte à outils de chimie – interface en ligne de commande

openbabel-gui (3.1.1+dfsg-9+b3)

boite à outils logicielle dans le domaine de la chimie − interface graphique

opendrop (3.3.1-5)

fully-featured pendant drop tensiometry software

openfoam (1912.200626-1+b1)

Open source toolbox for Computational Fluid Dynamics (CFD) - binaries

openfoam-examples (1912.200626-1)

Open source toolbox for Computational Fluid Dynamics (CFD) - examples

openmolcas (22.10-1)

Quantum chemistry software package

openmolcas-data (22.10-1)

Quantum chemistry software package (data files)

openmotor (0.5.0-2)

simulateur de balistique intérieure pour l’expérimentation des moteurs-fusées

openms (2.6.0+cleaned1-3)

package for LC/MS data management and analysis

openms-common (2.6.0+cleaned1-3)

package for LC/MS data management and analysis - shared data

openstructure (2.3.1-9)

cadriciel de calcul libre pour la bioinformatique structurale

openturns-common (1.20-9)

generic tool to treat and quantify uncertainties (common files)

openuniverse (1.0beta3.1+dfsg-7.1)

simulateur d'univers 3D

openuniverse-common (1.0beta3.1+dfsg-7.1)

fichiers de données du simulateur en 3D de l’univers

optgeo (2.25-2+b1)

simulateur d'optique géométrique

opticalraytracer (9.6-1)

Virtual lens/mirror design workshop

optimir (1.2-1)

Integrating genetic variations in miRNA alignment

orthanc (1.10.1+dfsg-2+deb12u1)

Lightweight, RESTful DICOM server for medical imaging

orthanc-dicomweb (1.7+dfsg-6)

greffon d’extension d’Orthanc avec prise en charge de WADO et DICOMweb

orthanc-gdcm (1.5-1+b3)

DICOM transcoder/decoder for Orthanc using GDCM (notably for JPEG2k)

orthanc-imagej (1.2+dfsg-3)

ImageJ plugin to import images from Orthanc

orthanc-mysql (4.3-3+b3)

Plugins to use MySQL or MariaDB as a database back-end to Orthanc

orthanc-neuro (1.0-1+b3 [amd64], 1.0-1+b2 [arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x])

Neuroimaging plugin for Orthanc

orthanc-postgresql (4.0-7+b2)

Plugins to use PostgreSQL as a database back-end to Orthanc

orthanc-python (4.0+ds-1+b5)

Develop plugins for Orthanc using the Python programming language

orthanc-webviewer (2.8-2+b1)

Web viewer of medical images for Orthanc

orthanc-wsi (1.1-4+b4)

Whole-slide imaging support for Orthanc (digital pathology)

oscar (1.4.0-1)

outil d’analyse du trouble du sommeil – OSCAR

osra (2.1.3-3)

optical structure recognition

otb-bin (8.1.1+dfsg-1)

applications en ligne de commande d’ORFEO Toolbox

otb-bin-qt (8.1.1+dfsg-1)

interface graphique pour les applications d’ORFEO Toolbox

otb-testdriver (8.1.1+dfsg-1)

bibliothèque d’ORFEO Toolbox – OTBTestDriver

otf-trace (1.12.5+dfsg-8)

Open Trace Format support library - development files

otf2-tools (3.0.2-2)

Open Trace Format support library - tools

packmol (1:20.14.0-1)

Initial configurations for Molecular Dynamics Simulations

paje.app (1.98-1.1)

outil générique de visualisation (diagramme de GANTT et autres)

pal2nal (14.1-3)

converts proteins to genomic DNA alignment

paleomix (1.3.7-3)

pipelines and tools for the processing of ancient and modern HTS data

paml (4.9j+dfsg-4)

PAML – analyse de phylogenèse par maximum de vraisemblance

pan-config (0.4)

PAN Blend config package

pan-tasks (0.4)

PAN Blends tasks for tasksel

paraclu (10-1)

Parametric clustering of genomic and transcriptomic features

parafly (0.1.0-4)

parallel command processing using OpenMP

parallel-fastq-dump (0.6.7-3)

parallel fastq-dump wrapper

paraview (5.11.0+dfsg-1+b1)

application parallèle de visualisation

parsinsert (1.04-12)

Parsimonious Insertion of unclassified sequences into phylogenetic trees

parsinsert-testdata (1.04-12)

Test data for parsinsert

parsnp (1.7.4+dfsg-2)

rapid core genome multi-alignment

patman (1.2.2+dfsg-8+b1)

rapid alignment of short sequences to large databases

pbbamtools (2.1.0+dfsg-2)

processing Pacific Biosciences binary alignment/map files

pbdagcon (0.3+git20180411.c14c422+dfsg-8)

sequence consensus using directed acyclic graphs

pbhoney (15.8.24+dfsg-7)

genomic structural variation discovery

pbjelly (15.8.24+dfsg-7)

genome assembly upgrading tool

pbsim (1.0.3+git20180330.e014b1d+dfsg-3)

simulateur pour les lectures de séquences de PacBio

pdb-tools (2.5.0-2)

tools for manipulating and editing PDB files

pdb2pqr (3.5.2+dfsg-3)

Preparation of protein structures for electrostatics calculations

perlprimer (1.2.4-2)

Conception graphique d'amorce de PCR

perm (0.4.0-8+b1)

efficient mapping of short reads with periodic spaced seeds

persalys (13.1.1+ds-1+b1)

interface graphique pour le traitement d’incertitudes et la gestion de dispersions

pftools (3.2.12-1)

build and search protein and DNA generalized profiles

phast (1.6+dfsg-3+b1)

phylogenetic analysis with space/time models

phipack (0.0.20160614-5)

PHI test and other tests of recombination

phybin (0.3-6)

binning/clustering newick trees by topology

phylip (1:3.697+dfsg-2)

paquet de programmes pour déduire les phylogénies

phylonium (1.6-1)

Fast and Accurate Estimation of Evolutionary Distances

phyml (3:3.3.20220408-3)

estimation phylogénétique utilisant la probabilité maximale

physamp (1.1.0-4)

sample sequence alignment corresponding to phylogeny

phyutility (2.7.3+dfsg-4)

simple analyses or modifications on both phylogenetic trees and data matrices

phyx (1.3+ds-2)

UNIX-style phylogenetic analyses on trees and sequences

picard-tools (2.27.5+dfsg-2)

Command line tools to manipulate SAM and BAM files

picopore (1.2.0-2)

lossless compression of Nanopore files

picosat (965-2)

solveur SAT avec gestion de démonstrations et « core »

pigx-rnaseq (0.1.0-1.1)

pipeline for checkpointed and distributed RNA-seq analyses

piler (0~20140707-3)

genomic repeat analysis

pilercr (1.06+dfsg-5)

software for finding CRISPR repeats

pilon (1.24-2)

automated genome assembly improvement and variant detection tool

pinfish (0.1.0+ds-3)

outils pour l’annotation de génomes en utilisant des données transcriptomiques de lectures longues

pinfish-examples (0.1.0+ds-3)

exemples et données de test pour pinfish

pique (1.0-6)

software pipeline for performing genome wide association studies

pirs (2.0.2+dfsg-11)

Profile based Illumina pair-end Reads Simulator

pirs-examples (2.0.2+dfsg-11)

profile basd Illumina pair-end Reads Simulator (example data)

pirs-profiles (2.0.2+dfsg-11)

profile basd Illumina pair-end Reads Simulator (profile data)

pizzly (0.37.3+ds-9)

identification de fusions de gènes dans des données de séquençage d’ARN

pkg-r-autopkgtest (20230121)

Script for the automatic testing of R packages

pktools (2.6.7.6+ds-4)

utilitaires complémentaires pour GDAL pour un traitement efficace d'images matricielles

placnet (1.04-1)

Plasmid Constellation Network project

planetary-system-stacker (0.8.32~git20221019.66d7558-2)

create a sharp image of a planetary system object (moon, sun, planets)

planets (0.1.13-20+b5)

simulation gravitationnelle de corps planétaires

plasmidid (1.6.5+dfsg-2)

mapping-based, assembly-assisted plasmid identification tool

plasmidseeker (1.3+dfsg-3)

identification of known plasmids from whole-genome sequencing reads

plast (2.3.2+dfsg-10+b2)

Parallel Local Sequence Alignment Search Tool

plast-example (2.3.2+dfsg-10)

Parallel Local Sequence Alignment Search Tool (example data)

plastimatch (1.9.4+dfsg.1-1)

reconstruction d’images médicales et recalage

plink (1.07+dfsg-4+b1)

outils d'analyse d'associations sur le génome entier

plink1.9 (1.90~b6.26-220402-1)

outils d'analyse d'associations sur le génome entier

plink2 (2.00~a3.5-220809+dfsg-1+b2)

whole-genome association analysis toolset

pluto-jpl-eph (0.0~git20180228-1.1)

command line handling of JPL ephemeres data

pluto-lunar (0.0~git20180825.e34c1d1-1+b1 [amd64], 0.0~git20180825.e34c1d1-1 [arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x])

routines de prédictions de positions dans le système solaire

pnetcdf-bin (1.12.3-1)

Programs for reading and writing parallel NetCDF files

poa (2.0+20060928-8)

alignement d'ordre partiel pour les alignements multiples de séquences

populations (1.2.33+svn0120106+dfsg-6)

logiciel de génétique de populations

porechop (0.2.4+dfsg-4)

adapter trimmer for Oxford Nanopore reads

poretools (0.6.0+dfsg-6)

toolkit for nanopore nucleotide sequencing data

poretools-data (0.6.0+dfsg-6)

toolkit for nanopore nucleotide sequencing data -- sample datasets

praat (6.3.07-1)

programme pour l'analyse et la synthèse de la parole

prank (0.0.170427+dfsg-3)

Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences

predictnls (1.0.20-8)

prédiction et analyse de signaux de localisation nucléaire de protéines

prime-phylo (1.0.11-10)

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

primer3 (2.6.1-4)

outil de choix d'amorces l'amplification d'ADN

primer3-examples (2.6.1-4)

tool to design flanking oligo nucleotides for DNA amplification (examples)

prinseq-lite (0.20.4-6)

PReprocessing and INformation of SEQuence data (lite version)

prinseq-lite-examples (0.20.4-6)

PReprocessing and INformation of SEQuence data (example data)

proalign (0.603-5)

logiciel d'alignements de multiples séquences probabilistes

probabel (0.5.0+dfsg-6)

Toolset for Genome-Wide Association Analysis

probabel-examples (0.5.0+dfsg-6)

Example files for ProbABEL

probalign (1.4-10)

alignement de séquences multiples en utilisant les probabilités à postériori de la fonction de partition

probcons (1.12-14)

alignement de séquences multiples basé sur la cohérence probabiliste

probcons-extra (1.12-14)

Programmes optionnels pour le paquets probcons

proda (1.0-13)

Alignement multiple de séquences protéiques

prodigal (1:2.6.3-6)

Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program

profbval (1.0.22-8)

prédicteur des résidus de protéine flexibles/rigides à partir d'une séquence

profisis (1.0.11-7)

prédiction des sites d'interaction protéine-protéine à partir d'une séquence

profnet-bval (1.0.22-8)

neural network architecture for profbval

profnet-chop (1.0.22-8)

neural network architecture for profchop

profnet-con (1.0.22-8)

neural network architecture for profcon

profnet-isis (1.0.22-8)

neural network architecture for profisis

profnet-md (1.0.22-8)

neural network architecture for metadisorder

profnet-norsnet (1.0.22-8)

neural network architecture for norsnet

profnet-prof (1.0.22-8)

neural network architecture for profacc

profnet-snapfun (1.0.22-8)

neural network architecture for snapfun

profphd-net (1.0.22-8)

architecture de réseaux de neurones pour le paquet profphd

profphd-utils (1.0.10-7)

profphd helper utilities convert_seq and filter_hssp

proftmb (1.1.12-11)

per-residue prediction of bacterial transmembrane beta barrels

progressivemauve (1.2.0+4713+dfsg-5+b1)

multiple genome alignment algorithms

proj-bin (9.1.1-1+b1)

bibliothèque de projection cartographique (outils)

prokka (1.14.6+dfsg-4)

rapid annotation of prokaryotic genomes

promod3 (3.2.1+ds-6+b1)

protein homology modelling engine

promod3-data (3.2.1+ds-6)

protein homology modelling engine - data files

prooftree (0.13-2+b2 [amd64, arm64, armhf, i386, ppc64el], 0.13-2 [s390x])

visualisation d’arbre de preuve pour Proof General

proteinortho (6.1.7+dfsg-1)

Detection of (Co-)orthologs in large-scale protein analysis

prottest (3.4.2+dfsg-8)

selection of best-fit models of protein evolution

provean (1.1.5+ds-2)

Protein Variation Effect Analyzer

pscan-chip (1.1-3+b2)

ChIP-based identifcation of TF binding sites

pscan-chip-data (1.1-3)

auxiliary data for PScan-ChIP

pscan-tfbs (1.2.2-4+b2)

search for transcription factor binding sites

psfex (3.21.1-1)

Point Spread Function model extractor

psi3 (3.4.0-6+b5 [mips64el], 3.4.0-6+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mipsel, ppc64el, s390x])

suite de programme de chimie quantique

psi4 (1:1.3.2+dfsg-5)

Quantum Chemical Program Suite

psi4-data (1:1.3.2+dfsg-5)

suite de programmes de chimie quantique – fichiers de données

psortb (3.0.6+dfsg-3+b2)

outil de prédiction de localisation bactérienne

psychtoolbox-3-common (3.0.18.12.dfsg1-1.1)

toolbox for vision research -- arch/interpreter independent part

psychtoolbox-3-lib (3.0.18.12.dfsg1-1.1)

toolbox for vision research -- arch-specific parts

pullseq (1.0.2-4)

Extract sequence from a fasta or fastq

pycoqc (2.5.2+dfsg-3)

computes metrics and generates Interactive QC plots

pyensembl (2.2.4+ds-1)

installs data from the Ensembl genome database

pyfai (0.21.3+dfsg1-4)

Fast Azimuthal Integration scripts

pyfastx (0.8.4-2)

fast random access to sequences from FASTA/Q file - command

pymca (5.8.0+dfsg-2)

applications et boite à outils pour l’analyse de fluorescence de rayons X – scripts

pymca-data (5.8.0+dfsg-2)

fichiers de données indépendantes de l'architecture pour PyMca

pymoctool (0.5.0-5)

Python Multi-Order Coverage maps tool for Virtual Observatory

pymol (2.5.0+dfsg-1)

système de graphismes moléculaires

pymol-data (2.5.0+dfsg-1)

data files for PyMOL

pysatellites (2.6-1)

simulation de lancement de satellites

python-drizzle-testdata (1.13.4-1)

Dithered image combination for Python (Test data)

python-escript-doc (5.6-4)

Documentation for Escript/Finley

python-pairix-examples (0.3.7-6)

1D/2D indexing and querying with a pair of genomic coordinates (examples)

python3-airr (1.3.1-1)

Data Representation Standard library for antibody and TCR sequences

python3-alignlib (0.1.1+dfsg-2+b4)

edit and Hamming distances for biological sequences

python3-amp (0.6.1-1+b8)

Atomistic Machine-learning Package (python 3)

python3-bioframe (0.3.3-2)

library to enable flexible, scalable operations on genomic interval dataframes

python3-bornagain (1.19.0-3+b5)

simulation et adaptation GISAS de rayons X et de neutrons – Python 3

python3-cif2cell (2.0.0a5+dfsg-1)

prepare CIF files for electronic structure calculations

python3-cyvcf2 (0.30.18-1+b2)

VCF parser based on htslib (Python 3)

python3-datacache (1.2.1-1)

helpers for transparently downloading datasets

python3-dcmstack (0.9-1)

DICOM to NIfTI conversion - python3 package

python3-deeptools (3.5.1-3)

platform for exploring biological deep-sequencing data

python3-deeptoolsintervals (0.1.9-3+b6)

gestion de style GTF de séquences, intervalles associés, annotations

python3-dials (3.12.1+dfsg3-5)

Diffraction Integration for Advanced Light Sources - Python3

python3-dnapilib (1.1-3)

adapter prediction for small RNA sequencing - library

python3-emperor (1.0.3+ds-7)

visualizing high-throughput microbial community data

python3-escript (5.6-4+b3)

Escript/Finley finite elements Python3 system (with OpenMP)

python3-escript-mpi (5.6-4+b3)

Escript/Finley finite elements Python3 system (OpenMP + MPI)

python3-faiss (1.7.3-2+b1)

Python 3 module for efficient similarity search and clustering of dense vectors

python3-ffcv (0.0.3-2+b1)

Fast Forward Computer Vision (and other ML workloads)

python3-freesas (0.9.0-6)

Python libraries for small angle scattering tools

python3-geneimpacts (0.3.7-4)

wraps command line tools to assess variants in gene sequences

python3-gfapy (1.2.3+dfsg-2)

flexible and extensible software library for handling sequence graphs

python3-gffutils (0.11.1-3)

Work with GFF and GTF files in a flexible database framework

python3-gtfparse (1.3.0+ds-1)

parser for gene transfer format (aka GFF2)

python3-harmonypy (0.0.9-1)

is a data integration algorithm

python3-louvain (0.0+20181013git3fc1f575-2)

community graph analysis implementing Louvain method

python3-mmtf (1.1.3-1)

binary encoding of biological structures (Python 3)

python3-mpiplus (0.0.1-2)

cadriciel de Python avec GPU pour le calcul d’énergie libre alchimique – Python 3

python3-nanostat (1.4.0-3)

statistiques sur de longues séquences biologiques

python3-navarp (1.3.0-1)

outil de navigation pour les données ARPES – Python 3

python3-noise (1.2.3-4+b3)

Perlin noise for image generation

python3-onnx (1.12.0-2+b4)

Open Neural Network Exchange (ONNX) (Python)

python3-parmed (3.4.3+dfsg-1+b3 [amd64], 3.4.3+dfsg-1+b2 [arm64, ppc64el])

parameter and topology file editor and molecular mechanical simulator

python3-pdbtools (2.5.0-2)

tools for manipulating and editing PDB files (Python 3 package)

python3-peptidebuilder (1.1.0-3)

generate atomic oligopeptide 3D structure from sequence

python3-pomegranate (0.14.8-3+b1)

modélisation probabiliste rapide, flexible et facile à utiliser

python3-prodigy (2.1.2-1)

Protein Binding Affinity Prediction (Python 3)

python3-prody (2.3.1+dfsg-3+b1)

paquet de Python pour l’analyse dynamique de protéines

python3-prody-tests (2.3.1+dfsg-3)

Python package for protein dynamics analysis - test data

python3-propka (3.5.0-1)

heuristic pKa calculations with ligands (Python 3)

python3-py2bit (0.3.1-1+b2)

access to 2bit files

python3-pybel (0.14.10-1)

Biological Expression Language

python3-pybigwig (0.3.18+dfsg-1+b3)

Python 3 module for quick access to bigBed and bigWig files

python3-pyimagetool (1.0-2)

Image Tool for multidimensional analysis (Python 3)

python3-pymbar (3.1.0-4)

Python implementation of the multistate Bennett acceptance ratio (MBAR)

python3-pynlpl (1.2.9-1)

PyNLPl is a library for Natural Language Processing (Python 3 version)

python3-pynndescent (0.5.8-2)

nearest neighbor descent for approximate nearest neighbors

python3-pyobjcryst (2.2.5-1+b1)

Object-Oriented Crystallographic Library bindings (Python 3)

python3-pyvkfft (2022.1.1-3+b1) [contrib]

binding to the CUDA and OpenCL backends of VkFFT - Python3

python3-pyxrd (0.8.4-3)

modeling of X-ray diffraction (XRD) patterns of disordered lamellar structures

python3-seqcluster (1.2.9+ds-3) [contrib]

analysis of small RNA in NGS data

python3-skorch (0.12.1-2)

scikit-learn compatible neural network library that wraps PyTorch

python3-tinyalign (0.2.1-1+b3)

numerical representation of differences between strings

python3-torchaudio (0.13.1-1)

Data manipulation and transformation for audio signal processing

python3-torchtext (0.14.1-2)

Data loaders and abstractions for text and NLP

python3-torchvision (0.14.1-2)

Datasets, Transforms and Models specific to Computer Vision

python3-weblogo (3.7.12-5)

sequence logo generator

python3-xeus-python-shell (0.14.3+~0.5.0-3)

Native jupyter kernel for python (python library)

python3-xgboost (1.7.4-1)

Scalable and Flexible Gradient Boosting (Python3)

python3-xraydb (4.4.7+ds1-3)

X-ray Reference Data (Python 3)

python3-xraylarch (0.9.58+ds1-5+b1)

spectroscopie d’absorption et de fluorescence de rayons X et analyse de données de diffraction

python3-xrt (1.4.0-2)

lancer de rayons X et propagation d’ondes – Python 3

pyzo (4.12.3-1)

interactive editor for scientific Python

q2-alignment (2022.11.1-2)

QIIME 2 plugin for generating and manipulating alignments

q2-cutadapt (2022.11.1-2)

QIIME 2 plugin to work with adapters in sequence data

q2-dada2 (2022.11.2-2)

QIIME 2 plugin to work with adapters in sequence data

q2-demux (2022.11.1+dfsg-2)

QIIME 2 plugin for demultiplexing of sequence reads

q2-diversity-lib (2022.11.1-2)

QIIME2 plugin to expose diversity metrics/measures as actions

q2-emperor (2022.11.1-2)

QIIME2 plugin for display of ordination plots

q2-feature-classifier (2022.11.1-2)

classification taxinomique gérant le greffon QIIME 2

q2-feature-table (2022.11.1+dfsg-2)

QIIME 2 plugin supporting operations on feature tables

q2-fragment-insertion (2022.11.1-3)

QIIME 2 plugin for fragment insertion

q2-metadata (2022.8.0-1)

QIIME 2 plugin for working with and visualizing Metadata

q2-phylogeny (2022.11.1-3)

QIIME 2 plugin for phylogeny

q2-quality-control (2022.11.1-2)

QIIME 2 plugin for quality assurance of feature and sequence data

q2-quality-filter (2022.11.1-2)

QIIME2 plugin for PHRED-based filtering and trimming

q2-sample-classifier (2022.11.1-3)

QIIME 2 plugin for machine learning prediction of sample data

q2-taxa (2022.11.1+dfsg-2)

QIIME 2 plugin for working with feature taxonomy annotations

q2-types (2022.11.1-2)

QIIME 2 plugin defining types for microbiome analysis

q2cli (2022.11.1-2)

Click-based command line interface for QIIME 2

q2templates (2022.11.1+ds-2)

Design template package for QIIME 2 Plugins

qcat (1.1.0-6)

demultiplexing Oxford Nanopore reads from FASTQ files

qcat-examples (1.1.0-6)

demultiplexing Oxford Nanopore reads from FASTQ files (examples)

qcumber (2.3.0-2)

quality control of genomic sequences

qemu-web-desktop (23.02.16+ds1-1)

Remote desktop service with virtual machines in a browser.

qfits-tools (6.2.0-8+b2)

outils pour manipuler des fichiers FITS

qfitsview (4.1+dfsg-1+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ppc64el, s390x], 4.1+dfsg-1 [mips64el, mipsel])

visualisateur de fichier FITS basé sur DPUSER

qgis (3.22.16+dfsg-1)

système d'information géographique –⋅SIG

qgis-api-doc (3.22.16+dfsg-1)

documentation de l'API de QGIS

qgis-common (3.22.16+dfsg-1)

QGIS –⋅données indépendantes de l'architecture

qgis-plugin-grass (3.22.16+dfsg-1)

greffon GRASS pour QGIS

qgis-plugin-grass-common (3.22.16+dfsg-1)

greffon GRASS pour QGIS –⋅données indépendantes de l'architecture

qgis-provider-grass (3.22.16+dfsg-1)

fournisseur GRASS pour QGIS

qgis-providers (3.22.16+dfsg-1)

fournisseurs de collections de données pour QGIS

qgis-providers-common (3.22.16+dfsg-1)

fournisseur de collections de données pour QGIS –⋅fichiers indépendants de l'architecture

qgis-server (3.22.16+dfsg-1)

serveur pour QGIS fournissant divers services de l’OGC

qgis-server-bin (3.22.16+dfsg-1)

serveur pour QGIS fournissant divers services de l’OGC – exécutables

qgis-server-common (3.22.16+dfsg-1)

QGIS server providing various OGC services (data)

qgis-server-dummy (3.22.16+dfsg-1)

serveur QGIS fournissant divers services d’OGC – paquet factice

qgis-server-landingpage (3.22.16+dfsg-1)

serveur QGIS fournissant divers services d’OGC – page de renvoi

qgis-server-wcs (3.22.16+dfsg-1)

serveur QGIS fournissant divers services de l’OGC – WCS

qgis-server-wfs (3.22.16+dfsg-1)

serveur pour QGIS fournissant divers services de l’OGC – WFS

qgis-server-wfs3 (3.22.16+dfsg-1)

serveur QGIS fournissant divers services d’OGC – WFS 3

qgis-server-wms (3.22.16+dfsg-1)

serveur pour QGIS fournissant divers services de l’OGC – WMS

qgis-server-wmts (3.22.16+dfsg-1)

serveur pour QGIS fournissant divers services de l’OGC – WMTS

qgis3-survex-import (1.3-1)

QGIS3 plugin to read survex 3d files, for cave surveying

qiime (2022.11.1-2)

QIIME, Quantitative Insights Into Microbial Ecology

qmapshack (1.16.1-2)

cartographie GPS (GeoTiff et vectorielle) et gestion d’appareils GPS

qmc (0.94-4.1)

Outil de simplification Quine McClusky

qrisk2 (0.1.20150729-5)

calculateur de risque de maladies cardiovasculaires

qthid-fcd-controller (4.1-6)

contrôleur pour le dongle de Funcube

qtltools (1.3.1+dfsg-4)

Tool set for molecular QTL discovery and analysis

quantum-espresso (6.7-2+b1)

suite Electronic-Structure et Ab-Initio Molecular Dynamics

quantum-espresso-data (6.7-2)

Electronic-Structure and Ab-Initio Molecular Dynamics Suite (Documentation)

quicktree (2.5-5)

algorithme Neighbor-Joining pour les phylogénies

quorum (1.1.1-7)

QUality Optimized Reads of genomic sequences

qutemol (0.4.1~cvs20081111-15)

visualisation interactive de macromolécules

r-cran-alakazam (1.2.1-1)

lignage clonal d’immunoglobuline et analyse de diversité

r-cran-sdmtools (1.1-221.2-1+b1)

Species Distribution Modelling Tools

r-cran-shazam (1.1.2-1)

Immunoglobulin Somatic Hypermutation Analysis

r-cran-tigger (1.0.1-1)

Infers new Immunoglobulin alleles from Rep-Seq Data

racon (1.5.0-3)

consensus module for raw de novo DNA assembly of long uncorrected reads

radiant (2.8.1+dfsg-2)

explore hierarchical metagenomic data with zoomable pie charts

ragout (2.3-4)

Reference-Assisted Genome Ordering UTility

ragout-examples (2.3-4)

Reference-Assisted Genome Ordering UTility (example data)

rambo-k (1.21+dfsg-4)

Read Assignment Method Based On K-mers

rampler (2.1.1-1)

module for sampling genomic sequences

rapmap (0.15.0+dfsg-3+b2)

rapid sensitive and accurate DNA read mapping via quasi-mapping

rapmap-dev (0.15.0+dfsg-3)

rapmap - rapid sensitive and accurate DNA read mapping (some headers)

rapmap-example-data (0.15.0+dfsg-3)

example data for rapmap - rapid sensitive and accurate DNA read mapping

rasmol (2.7.6.0-3)

visualisation de macromolécules biologiques

raster3d (3.0-7-2+b1)

outils pour la génération d'images de protéines ou d'autres molécules

rate4site (3.0.0-8)

detector of conserved amino-acid sites

rawtran (1.1-1+b4 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel], 1.1-1+b3 [ppc64el, s390x])

RAW photo to FITS converter

raxml (8.2.12+dfsg-8+b2)

ressemblance maximale accélérée aléatoire d'arbres phylogénétiques

ray (2.3.1-7)

de novo genome assemblies of next-gen sequencing data

ray-extra (2.3.1-7)

Scripts and XSL sheets for post-processing for ray

rdkit-data (202209.3-1)

Collection of cheminformatics and machine-learning software (data files)

rdp-classifier (2.10.2-6)

extensible sequence classifier for fungal lsu, bacterial and archaeal 16s

readseq (1-14)

conversion entre formats de séquences

readucks (0.0.3-5)

Nanopore read de-multiplexer (read demux -> readux -> readucks, innit)

reapr (1.0.18+dfsg-5+b1)

outil universel pour l’évaluation d’assemblage de génomes

recan (0.1.5+dfsg-2)

tracé de distances génétiques l’analyse de recombinaison d’évènements

refmac-dictionary (5.41-2)

dictionary for macromolecular refinement and model building

relion (3.1.3-3+b1)

toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy

relion-cuda (3.1.3-2) [contrib]

parallel toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy

relion-gui (3.1.3-3+b1)

toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy (gui apps)

relion-gui-cuda (3.1.3-2) [contrib]

toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy (gui apps)

repeatmasker-recon (1.08-7+b1)

finds repeat families from biological sequences

reprof (1.0.1-8)

prédicteur de structure secondaire de protéines et d'accessibilité

resfinder (4.3.0-1)

identify acquired antimicrobial resistance genes

resfinder-db (0.0+git20220524.fa32d9a-1)

ResFinder database is a curated database of acquired resistance genes

resfinder-example (4.3.0-1)

identify acquired antimicrobial resistance genes (example data)

rna-star (2.7.10b+dfsg-2+b2)

aligneur universel et ultra-rapide de RNA-seq

rnahybrid (2.1.2-7)

prédiction rapide et efficace des complexes microARN/cible

roary (3.13.0+dfsg-1)

pipeline de pangénome autonome et très rapide

rocketcea (1.1.18+dfsg-3+b1)

NASA Chemical Equilibrium, wrapped in Python

rockhopper (2.0.3+dfsg2-3)

system for analyzing bacterial RNA-seq data

roguenarok (1.0.1-3)

versatile and scalable algorithm for rogue taxon identification

routine-update (0.1.1)

routine updater for a Debian source package

rsem (1.3.3+dfsg-2+b1 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el], 1.3.3+dfsg-2 [s390x])

RNA-Seq by Expectation-Maximization

rtax (0.984-8)

classification de lectures de séquence d’ARN ribosomique 16S

ruby-getspg (2.0.2-1+b3)

C library for crystal symmetry determination - Ruby bindings

ruby-rgfa (1.3.1+dfsg-2)

parse, edit and write GFA format graphs in Ruby

runcircos-gui (0.0+git20200528.82dda8c-1)

outil graphique pour exécuter circos

sac2mseed (1.13+ds1-1+b1)

Convert SAC waveform data to MiniSEED

saga (8.5.0+dfsg-2)

système d’analyses automatisées géoscientifiques

saga-common (8.5.0+dfsg-2)

SAGA GIS architecture independent files

saint (2.5.0+dfsg-4+b2)

Significance Analysis of INTeractome

salmid (0.1.23-5)

rapid Kmer based Salmonella identifier from sequence data

salmon (1.10.1+ds1-1+b1)

wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data

sambamba (1.0+dfsg-1)

tools for working with SAM/BAM data

samblaster (0.1.26-4)

marks duplicates, extracts discordant/split reads

samclip (0.4.0-4)

filter SAM file for soft and hard clipped alignments

samtools (1.16.1-1)

traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

samtools-test (1.16.1-1)

test files for the samtools package

saods9 (8.4.1+repack-3)

outil d’affichage d’image pour l’astronomie

sasview (5.0.5-5)

Small Angle Scattering Analysis suite

sat4j (2.3.5-0.3)

bibliothèque de solveurs SAT en Java

savi (1.5.1-5)

représentation de constellations satellitaires

savvy-util (2.1.0-2)

conversion tool for SAV file format

sbmltoolbox (4.1.0-5)

libsbml toolbox for octave and matlab

scamp (2.10.0-2)

Compute astrometric and photometric solutions

science-config (1.14.5)

paquet de configuration pour le projet Debian Science

science-dataacquisition-dev (1.14.5)

Debian Science data acquisition development packages

science-electronics (1.14.5)

paquet de transition pour l’électronique de Debian Science

science-engineering-dev (1.14.5)

Debian Science Engineering-dev packages

science-highenergy-physics (1.14.5)

Debian Science High Energy Physics packages

science-highenergy-physics-dev (1.14.5)

Debian Science High Energy Physics development packages

science-machine-learning (1.14.5)

paquets pour l’apprentissage automatique de Debian Science

science-mathematics-dev (1.14.5)

Debian Science Mathematics-dev packages

science-meteorology-dev (1.14.5)

Debian Science Meteorology-dev packages

science-nanoscale-physics (1.14.5)

paquets Debian pour les nanosciences

science-nanoscale-physics-dev (1.14.5)

paquets de développement Debian pour les nanosciences

science-neuroscience-cognitive (1.14.5)

paquets pour les neurosciences cognitives de Debian Science

science-neuroscience-modeling (1.14.5)

paquets de Debian Science pour la modélisation de systèmes neuronaux

science-physics-dev (1.14.5)

Debian Science Physics-dev packages

science-robotics-dev (1.14.5)

Debian Robotics development packages

science-tasks (1.14.5)

tâches de Debian Science pour tasksel

science-viewing-dev (1.14.5)

Debian Science development of visualisation applications

scoary (1.6.16-5)

pangenome-wide association studies

scram (0.16.2-3)

outil d’analyse probabiliste de risque

scram-gui (0.16.2-3)

frontal graphique pour SCRAM

scrappie (1.4.2-8+b3)

basecaller for Nanopore sequencer

scrm (1.7.4-1)

simulator of evolution of genetic sequences

sctk (2.4.10-20151007-1312Z+dfsg2-3.1)

boite à outils de notation de reconnaissance automatique de la parole

scythe (0.994+git20141017.20d3cff-3)

élagage bayésien d’adaptateurs pour des lectures de séquence

seaview (1:5.0.5-2)

interface multiplateforme pour l’alignement de séquences et la phylogénie

secrecy (0.0.5+ds-2+b1)

tool to handle libsecrecy keys and encrypted files

seer (1.1.4-7)

genomic sequence element (kmer) enrichment analysis

segemehl (0.3.4-5)

associations de lectures courtes avec des trous

segyio-bin (1.8.3-1.2)

SEG-Y read/write library for seismic processing (shell utilities)

sentencepiece (0.1.97-3+b1)

Unsupervised text tokenizer and detokenizer

seq-gen (1.3.4-2) [non-free]

simulate the evolution of nucleotide or amino acid sequences

seqan-apps (2.4.0+dfsg-15)

C++ library for the analysis of biological sequences

seqan-needle (1.0.1.0.0.git.3011926+ds-4)

pre-filter for the counting of very large collections of nucleotide sequences

seqan-raptor (2.0.0.0.git.fecfbca+ds-3)

pre-filter for querying very large collections of nucleotide sequences

seqan-raptor-doc (2.0.0.0.git.fecfbca+ds-3)

HTML & PDF documentation for seqan-raptor and its APIs

seqcluster (1.2.9+ds-3) [contrib]

analysis of small RNA in NGS data

seqkit (2.3.1+ds-1+b4)

cross-platform and ultrafast toolkit for FASTA/Q file manipulation

seqkit-examples (2.3.1+ds-1)

examples for seqkit: toolkit for FASTA/Q file manipulation

seqmagick (0.8.4-3)

imagemagick-like frontend to Biopython SeqIO

seqprep (1.3.2-8)

stripping adaptors and/or merging paired reads of DNA sequences with overlap

seqprep-data (1.3.2-8)

ensemble de données d’exemple pour seqprep – pour tests uniquement

seqsero (1.0.1+dfsg-6)

Salmonella serotyping from genome sequencing data

seqtk (1.3-4)

Fast and lightweight tool for processing sequences in the FASTA or FASTQ format

seriation (0.1+git20210125.fc7b8cb-1)

finds a suitable linear order for a set of objects

seriation-data (0.1+git20210125.fc7b8cb-1)

test data for seriation

sextractor (2.25.0+ds-3)

paquet factice de transition pour un changement de nom

sga (0.10.15-7+b1)

de novo genome assembler that uses string graphs

shapeit4 (4.2.2+dfsg-1+b1)

fast and accurate method for estimation of haplotypes (phasing)

shasta (0.11.1-1+b1)

nanopore whole genome assembly (binaries and scripts)

shelxle (1.0.1472-1)

interface graphique pour SHELXL

shiny-server (1.5.20.1002-1)

put Shiny web apps online

shovill (1.1.0-9)

assemblage de génomes d’isolats bactériens à partir de lectures paired-end Illumina

shovill-examples (1.1.0-9)

Test Data for shovill

sibelia (3.0.7+dfsg-3)

comparative genomics tool

sibelia-examples (3.0.7+dfsg-3)

comparative genomics tool (example data)

sibsim4 (0.20-5)

Alignement de séquences d'ARN sur une séquence d'ADN

sickle (1.33+git20150314.f3d6ae3-2)

outil de réduction adaptative à des fenêtres pour des fichiers FASTQ utilisant la qualité

siconos (4.4.0+dfsg-2)

modeling and simulation of nonsmooth dynamical systems (simulation runner tool)

siconos-mechanics-tools (4.4.0+dfsg-2)

modeling and simulation of nonsmooth dynamical systems (mechanics tools)

sift (4.0.3b-6+b1) [non-free]

predicts if a substitution in a protein has a phenotypic effect

sightcalibrator (21.1.1-3+b1)

Camera calibration software

sightviewer (21.1.1-3+b1)

DICOM viewer

sigma-align (1.1.3-8)

alignement de multiples séquences d'ADN non codant

sigviewer (0.6.4-3)

visionneur graphique pour biosignaux tels que EEG, EMG et ECG

silx (1.1.0+dfsg-5)

boite à outils pour l’analyse de données de rayons X – exécutables

sim4 (0.0.20121010-8)

Outil d'alignement d'ADNc et d'ADN génomique

sim4db (0~20150903+r2013-8+b3)

alignement par lot d’épissages de séquences de cDNA pour un génome cible

simka (1.5.3-7)

comparative metagenomics method dedicated to NGS datasets

simkamin (1.5.3-7)

approximate comparative metagenomics method dedicated to NGS datasets

simrisc (15.00.00-1)

simulation model for breast cancer risk

siril (1.0.6-1+b2)

outil de traitement d'images astronomiques

siril-common (1.0.6-1)

architecture-independent files for siril

ska (1.0+dfsg-2)

Split Kmer Analysis

skesa (2.4.0-6+b1)

strategic Kmer extension for scrupulous assemblies

skewer (0.2.2-6+b1)

post-processing of high-throughput DNA sequence reads

skycat (3.1.2+starlink1~b+dfsg-7+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel], 3.1.2+starlink1~b+dfsg-7+b1 [ppc64el, s390x])

Image visualization and access to catalogs and data for astronomy

slang-xfig (0.2.0~.136-2)

tracés et dessins avec fig2dev d’Xfig en utilisant S-lang

smalt (0.7.6-12)

Sequence Mapping and Alignment Tool

smalt-examples (0.7.6-12)

Sequence Mapping and Alignment Tool (examples)

smiles-scripts (0.2.0+dfsg1-4)

command line tools to handle SMILES descriptors

smithwaterman (0.0+git20160702.2610e25-12+b1)

determination de régions similaires entre deux chaines de séquences génomiques

smrtanalysis (0~20210112)

software suite for single molecule, real-time sequencing

snakemake (7.21.0-1)

pythonic workflow management system

snap (2013-11-29-11)

location of genes from DNA sequence with hidden markov model

snap-aligner (2.0.2+dfsg-1)

Scalable Nucleotide Alignment Program

snaphu (2.0.5-1) [non-free]

Statistical-Cost, Network-Flow Algorithm for 2D Phase Unwrapping

sniffles (2.0.7-1)

structural variation caller using third-generation sequencing

snp-sites (2.5.1-2+b1)

code binaire pour le paquet snp-sites

snpomatic (1.0-6)

logiciel de mappage strict et rapide de « lectures courtes »

soapaligner (2.20-5)

aligner of short reads of next generation sequencers

soapdenovo (1.05-6)

short-read assembly method to build de novo draft assembly

soapdenovo2 (242+dfsg-3)

méthode d'assemblage de lectures courtes pour construire un assemblage brouillon de novo

soapsnp (1.03-5)

resequencing utility that can assemble consensus sequence of genomes

solvate (1.0-3) [non-free]

arranges water molecules around protein structures

solvate-doc (1.0-3) [non-free]

Documentation for solvate

sortmerna (4.3.6-2)

tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads

source-extractor (2.25.0+ds-3)

extracteur de sources dans des images astronomiques

spaced (1.2.0-201605+dfsg-3)

alignment-free sequence comparison using spaced words

spades (3.15.5+dfsg-2)

assembleur génomique pour des ensembles de données de « single-cell » et « isolates »

spaln (2.4.13f+dfsg-1)

alignement de transcriptions selon les épissures pour l’ADN génomique

spaln-data (2.4.13f+dfsg-1)

splicing-aware transcript-alignment to genomic DNA (data)

spass (3.9-1.1)

démonstrateur automatique de théorème pour la logique du premier ordre avec égalité

spatialite-bin (5.0.1-2)

extension géospatiale pour SQLite – outils

splash (3.6.0-1)

Visualisation tool for Smoothed Particle Hydrodynamics simulation

spoa (4.0.8-1)

SIMD partial order alignment tool

sprai (0.9.9.23+dfsg1-2)

single-pass sequencing read accuracy improver

spread-phy (1.0.7+dfsg-5)

analyze and visualize phylogeographic reconstructions

spview (2.0.1-1)

Spectrum Viewer

squizz (0.99d+dfsg-3)

convertisseur pour les séquences génétiques et les alignements

sra-toolkit (3.0.3+dfsg-6~deb12u1)

utilities for the NCBI Sequence Read Archive

srst2 (0.2.0-9)

Short Read Sequence Typing for Bacterial Pathogens

ssake (4.0.1-1)

application de génomique pour assembler des millions de séquences très courtes d’ADN

ssake-examples (4.0.1-1)

example data for SSAKE, a genomic assembler of short reads

sspace (2.1.1+dfsg-7)

scaffolding pre-assembled contigs after extension

ssshtest (0.0+git20220105.0d6df3d-1)

stupid simple (ba)sh testing

ssw-align (1.1-13)

aligneur Smith-Waterman basé sur libssw

stacks (2.62+dfsg-1)

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

staden (2.0.0+b11-4+b1)

DNA sequence assembly (Gap4/Gap5), editing and analysis tools

staden-common (2.0.0+b11-4)

Architecture independent files for Staden

staden-io-lib-examples (1.14.15-1)

programs for manipulating DNA sequencing files (usage examples)

staden-io-lib-utils (1.14.15-1)

programs for manipulating DNA sequencing files

stardata-common (0.8+nmu1)

cadriciel commun de gestion des paquets pour l’astronomie

starplot (0.95.5-8.3+b1)

Un afficheur de carte stellaire en perspective 3D

starpu-contrib-examples (1.3.10+dfsg-1) [contrib]

Task scheduler for heterogeneous multicore machines - exs

starpu-examples (1.3.10+dfsg-2)

Task scheduler for heterogeneous multicore machines - exs

stellarium (0.22.2-1)

générateur de ciel photo-réaliste en temps réel

stellarium-data (0.22.2-1)

Stellarium data files

step (4:22.12.3-1)

simulateur interactif pour la physique de KDE

stiff (2.4.0-7+b1)

conversion d’images scientifiques FITS dans le format TIFF

stilts (3.4.7-4)

Starlink Tables Infrastructure Library Tool Set

stimfit (0.16.0-1.2)

Programme pour visualiser et analyser des données d’électrophysiologie

stringtie (2.2.1+ds-2)

assemble short RNAseq reads to transcripts

subread (2.0.3+dfsg-1)

boite à outils pour le traitement de données de séquençage de nouvelle génération

subread-data (2.0.3+dfsg-1)

data files for subread package

suitename (0.4.130509+git20210223.ebb1325-1)

categorize each suite in an RNA backbone

sumaclust (1.0.36+ds-2)

fast and exact clustering of genomic sequences

sumatra (1.0.36+ds-2)

fast and exact comparison and clustering of sequences

sumo (1.15.0+dfsg-1+b1)

Simulation of Urban MObility (SUMO)

surankco (0.0.r5+dfsg-3)

Supervised Ranking of Contigs in de novo Assemblies

surpyvor (0.5-2)

modification of VCF files with SURVIVOR

survex (1.4.4-1)

logiciel de relevé et de cartographie de grotte

survex-aven (1.4.4-1)

visionneur de levé de grotte sophistiqué pour Survex

survivor (1.0.7-4)

tool set for simulating/evaluating SVs

svim (2.0.0-3)

Structural variant caller for long sequencing reads

swarm (3.1.2+dfsg-1)

robust and fast clustering method for amplicon-based studies

swarp (2.41.5-1+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, s390x], 2.41.5-1+b1 [ppc64el])

Resample and co-add together FITS images

swe-standard-data (4.0-20221111-2)

Swiss Ephemeris library (standard set of ephemeris files).

sweed (3.2.1+dfsg-5)

assessment of SNPs for their evolutionary advantage

syrthes (4.3.5+20200129-dfsg1-1+b2)

simulations de thermique transitoire pour des géométries complexes de solide

syrthes-gui (4.3.5+20200129-dfsg1-1)

simulations de thermique transitoire pour des géométries complexes de solide – interface graphique

syrthes-tests (4.3.5+20200129-dfsg1-1)

cas à tester pour SYRTHES

syrthes-tools (4.3.5+20200129-dfsg1-1+b2)

simulations de thermique transitoire pour des géométries complexes de solide – outils

t-coffee (13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1)

alignement multiple de séquences

t-coffee-examples (13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1)

exemples annotés pour l'utilisation de T-Coffee

tabix (1.16+ds-3)

indexeur générique pour fichiers de positions de génome, délimités par des tabulations

tandem-mass (1:201702011-1+b1 [amd64], 1:201702011-1 [arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x])

logiciel de spectrométrie de masse pour l’identification de protéines

tantan (40-1)

masqueur de répétitions en tandem peu complexes pour bioséquences

tcd-utils (20061127-2.1)

convertisseur de fichiers TCD (Tide Constituent Database)

tclfitsy (8.4.1+repack-3)

extension Tcl pour FITS

terraintool (1.16-3)

création de modèles de terrain au format survex ou therion à partir de données SRTM ou NASADEM

theli (3.1.4-1+b2)

pipeline de réduction des données d’images d’astronomie

therion (6.1.6-3)

levé de cavité souterraine – logiciel de dessin en 2D et 3D

therion-viewer (6.1.6-3)

levé de grotte – visualisateur 3D pour les modèles de Therion

theseus (3.3.0-14)

superposition de macromolécules par maximum de vraisemblance

theseus-examples (3.3.0-14)

superposition de macromolécules par maximum de vraisemblance – exemples

thesias (3.1.1-1)

test des effets d’haplotypes dans les études d’associations

threeb (0.0~git20220106110332.a3144e0-5)

3B Microscopy Analysis Software - command-line tool

threeb-imagej (0.0~git20220106110332.a3144e0-5)

3B Microscopy Analysis Software - ImageJ plugin

tiddit (3.5.2+dfsg-1)

structural variant calling

tigr-glimmer (3.02b-6+b1)

Détection de gènes dans des archées et des bactéries

timbl (6.5-3)

apprentissage automatique – Tilburg Memory Based Learner

timblserver (1.14-3)

extensions de serveur pour TiMBL

tiny-dnn (1.0.0a3+ds-3)

header only deep learning framework in C++

tksao (8.4.1+repack-3)

Tk widgets for astronomical imaging and data visualization

tm-align (20190822+dfsg-2)

alignement structurel de protéines

tnseq-transit (3.2.7-1)

statistical calculations of essentiality of genes or genomic regions

tombo (1.5.1-4+b1)

identification of modified nucleotides from raw nanopore sequencing data

topcat (4.8.7-3)

Tool for OPerations on Catalogues And Tables

tophat-recondition (1.4-3)

post-processor for TopHat unmapped reads

topp (2.6.0+cleaned1-3+b4)

ensemble de programmes implémentant The OpenMS Proteomic Pipeline

topparser (1.3-3)

Conversion utility from pockettopo to therion, for cave surveying

toppic (1.5.3+dfsg1-1)

caractérisation et identification des protéoformes (approche descendante) – programmes

toppic-common (1.5.3+dfsg1-1)

Top-down proteoform identification and characterization (common data)

toppred (1.10-10)

transmembrane topology prediction

tortoize (2.0.11-1)

Application to calculate ramachandran z-scores

toulbar2 (1.1.1+dfsg-1)

Exact combinatorial optimization for Graphical Models

toulbar2-doc (1.1.1+dfsg-1)

Exact combinatorial optimization for Graphical Models - documentation

trace2dbest (3.0.1-2)

bulk submission of chromatogram data to dbEST

trace2dbest-doc (3.0.1-2)

Documentation and sample files for trace2dbest

tracetuner (3.0.6~beta+dfsg-3)

interpretation of DNA Sanger sequencing data

transcalc (0.14-7)

calculateur de ligne de transmission RF et micro-ondes

transdecoder (5.0.1-5)

recherche de séquences codantes dans des séquences de transcriptions d’ARN

transfuse (0.5.8-1+b2)

Runs formatted documents through transformations/translation

transrate-tools (1.0.0-5)

assistant pour Transrate

transtermhp (2.09-5)

trouve les terminateurs de transcription dans les génomes bactériens

travis (220729-1)

analyse et visualisation de trajectoires

tree-ppuzzle (5.3~rc16+dfsg-9)

Reconstruction d'arbres phylogéniques par ressemblance maximum

tree-puzzle (5.3~rc16+dfsg-9)

reconstruction d’arbres phylogénétiques par la vraisemblance maximale

treeview (1.2.0+dfsg-1)

réimplémentation en Java de TreeView de Michael Eisen

treeviewx (0.5.1+git20100823.7e4d0e9-4+b2)

affiche et imprime les arbres phylogénétiques

trf (4.09.1-6)

locate and display tandem repeats in DNA sequences

trf-examples (4.09.1-6)

locate and display tandem repeats in DNA sequences (examples)

triangle-bin (1.6-4) [non-free]

High-quality 2-D mesh generator binary programs

trim-galore (0.6.10-1)

automate quality and adapter trimming for DNA sequencing

trimmomatic (0.39+dfsg-2)

outil flexible de découpage de lecture pour les données Illumina NGS

trinculo (0.96+dfsg-4+b1)

toolkit to carry out genetic association for multi-category phenotypes

trnascan-se (2.0.10+ds-1) [non-free]

detection of transfer RNA genes in genomic sequence

trnascan-se-common (2.0.10+ds-1) [non-free]

detection of transfer RNA genes in genomic sequence (common files)

tunnelx (20190701-1)

logiciel pour le levé de caverne

tvc (5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5)

genetic variant caller for Ion Torrent sequencing platforms

twms (0.07z+git20201202+bb7c3f8-2)

minuscule service de cartographie web

twopaco (1.0.0+dfsg-1)

construction des graphes de de Bruijn à partir de plusieurs génomes complets

ubertooth (2018.12.R1-5.1)

plateforme de développement pour sans fil 2,4 GHz et pour expérimentation Bluetooth

ubertooth-firmware (2018.12.R1-5.1)

micrologiciels pour Ubertooth

ubertooth-firmware-source (2018.12.R1-5.1)

code source du micrologiciel d’Ubertooth

uc-echo (1.12-18)

algorithme de correction d'erreurs pour les lectures courtes réalisées à partir de NGS

ucto (0.21.1-2+b3)

analyseur lexical pour Unicode

uctodata (0.8-2)

fichiers de données pour Ucto

ucx-utils (1.13.1-1)

Utilities for the UCX messaging library

uhd-doc (4.3.0.0+ds1-5)

universal hardware driver for Ettus Research products - doc

uhd-host (4.3.0.0+ds1-5)

pilote matériel universel pour les produits Ettus Research – applications hôtes

umap-learn (0.5.3+dfsg-2)

Uniform Manifold Approximation and Projection

umis (1.0.8-3+b1)

tools for processing UMI RNA-tag data

umis-examples (1.0.8-3)

tools for processing UMI RNA-tag data (examples)

uncalled (2.2+ds1-1+b3)

Utility for Nanopore Current Alignment to Large Expanses of DNA

unicycler (0.5.0+dfsg-1)

hybrid assembly pipeline for bacterial genomes

unicycler-data (0.5.0+dfsg-1)

hybrid assembly pipeline for bacterial genomes (data package)

unifrac-tools (1.2-2)

high-performance phylogenetic diversity calculations (binaries)

unihedron-device-manager (1.0.0.322-4)

gestionnaire de périphériquec d’Unihedron (UDM)

unikmer (0.19.1-1+b3)

Toolkit for nucleic acid k-mer analysis

units-filter (4.2-4)

analyseur d'expressions concernant des valeurs physiques

units-master (4.2-4)

convertisseur d’unité puissant avec une interface graphique

v-sim (3.7.2-9)

visualisation de structures atomiques

v-sim-common (3.7.2-9)

visualisation de structures atomiques – fichiers de prise en charge

v-sim-plugins (3.7.2-9)

greffons pour V_Sim (paquet de visualisation 3D)

varna (3-93+ds-4)

appliquette de visualisation d’ARN

varscan (2.4.3+dfsg-4) [non-free]

variant detection in next-generation sequencing data

vcfanno (0.3.5+ds-1+b3)

annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files

vcfanno-examples (0.3.5+ds-1)

examples for vcfanno: annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files

vcftools (0.1.16-3+b1)

ensemble d'outils pour travailler avec les fichiers VCF

vdjtools (1.2.1+git20190311+repack-1) [non-free]

framework for post-analysis of B/T cell repertoires

velvet (1.2.10+dfsg1-8)

assembleur de séquences d'acides nucléiques pour de très courtes lectures

velvet-example (1.2.10+dfsg1-8)

données d’exemples pour l’assembleur génomique Velvet

velvet-long (1.2.10+dfsg1-8)

assembleur de séquences d’acide nucléique pour des très courtes lectures, version longue

velvet-tests (1.2.10+dfsg1-8)

données de test pour l’assembleur de séquences Velvet

velvetoptimiser (2.2.6-5)

optimisation automatique de paramètres pour Velvet, assembleur génomique de type de novo

veusz (3.6.2-1)

application de préparations scientifique 2D et 3D en mode graphique

vienna-rna (2.5.1+dfsg-1) [non-free]

RNA sequence analysis

virulencefinder (2.0.4-3)

identify virulence genes in total or partial sequenced isolates of bacteria

virulencefinder-examples (2.0.4-3)

example data for virulencefinder

visp-images-data (3.5.0-1)

bibliothèque pour asservissement visuel – ensembles de données de référence

vistrails (3.0~git+9dc22bd.dfsg.1-1.1)

boîte à outils de visualisation de flux de travail scientifique

vitables (3.0.2-4)

outil graphique pour éditer ou parcourir des fichiers PyTables et HDF5

vmatch (2.3.1+dfsg-8)

large scale sequence analysis software

voro++ (0.5+revert-to-0.4.6+dfsg1-1)

library for the computation of the Voronoi diagram

voro++-examples (0.5+revert-to-0.4.6+dfsg1-1)

library for the computation of the Voronoi diagram (examples)

voronota (1.22.3149-2)

Voronoi diagram-based tool to find atom contacts

votca (2022.1-1)

Molecular dynamics analysis - coarse-graining and charge transport

votca-data (2022.1-1)

VOTCA molecular dynamics analysis - basis sets and scripts

votca-tutorials (2022.1-1)

VOTCA molecular dynamics analysis - tutorials

vsearch (2.22.1-1)

outil pour le traitement de séquences métagénomiques

vsearch-examples (2.22.1-1)

Test Data for vsearch tool for processing metagenomic sequences

vt (0.57721+ds-3)

toolset for short variant discovery in genetic sequence data

vt-examples (0.57721+ds-3)

toolset for short variant discovery in genetic sequence data (examples)

wannier90 (3.1.0+ds-7)

Maximally Localized Wannier Functions - executables

wannier90-data (3.1.0+ds-7)

Maximally Localized Wannier Functions - documentation and examples

wcslib-tools (7.12+ds-1+b2)

Command line tools utilizing wcslib

wcstools (3.9.7-1)

gestion du WCS d’une image FITS

weightwatcher (1.12+dfsg-3)

association de cartes et polygones pour le traitement d’images astronomiques

weka (3.6.14-3)

algorithmes d'apprentissage automatique pour l’exploration de données

wham-align (0.1.5-8)

méthode Wisconsin d’alignement à haut débit

wigeon (20101212+dfsg1-5)

réimplémentation de l'utilitaire de détection d'anomalies de l'ADN 16S Pintail

wise (2.4.1-23)

comparaison de biopolymères, tels les séquences d'ADN et de protéines

wsclean (3.1-3)

imageur générique rapide à grand champ pour l’interférométrie

wtdbg2 (2.5-9)

assembleur de séquences de novo pour les lectures longues bruitées

wtdbg2-examples (2.5-9)

Examples for wtdbg - de novo sequence assembler

wxastrocapture (1.8.1+git20140821.796e1a1+dfsg-2+b2)

Windows linuX Astronomy Capture

x13as (1.1-b59-1) [non-free]

seasonal adjustment software for modeling time series

xbs (0-11)

modèles 3D et animations de molécules

xcas (1.9.0.35+dfsg2-1.1)

système de calcul formel – calculateur graphique et en console

xcrysden (1.6.2-4)

visualisation de structure cristalline et moléculaire

xcrysden-data (1.6.2-4)

visualisation de structure cristalline et moléculaire – fichiers de données

xdrawchem (1:1.11.0-4)

éditeur de structures chimiques et de réactions

xeus-python-dev (0.14.3+~0.5.0-3)

Native jupyter kernel for python (headers)

xfoil (6.99.dfsg+1-3+b1)

programme d’analyse et de conception de profil d'élément aérodynamique subsonique

xgboost (1.7.4-1)

Scalable and Flexible Gradient Boosting (Executable)

xgterm (2.1+dfsg-1)

Terminal emulator to work with IRAF

ximtool (2.1+dfsg-1)

Interactive image display program for the X Window System

xmakemol (5.16-10+b1)

programme pour visualiser les systèmes atomiques et moléculaires

xmakemol-gl (5.16-10+b1)

programme pour visualiser les systèmes atomiques et moléculaires – OpenGL

xmds2 (3.1.0+dfsg2-3)

simulateur extensible multidimensionnel

xmpsolve (3.2.1-7)

résolveur multiprécision de polynômes – version graphique

xpa-tools (2.1.20-1)

outils pour une communication ininterrompue entre des programmes Unix

xplot (1.19-9.1)

simple traceur de données en coordonnées cartésiennes sur un écran

xplot-xplot.org (0.90.7.1-4+b1 [amd64], 0.90.7.1-4 [arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x])

Outil rapide pour tracer et visualiser de nombreuses données

xpore (2.1-1)

Nanopore analysis of differential RNA modifications

xppaut (6.11b+1.dfsg-1.1)

résolution de différentes sortes d’équation avec Phase Plane Plus Auto

xpython (0.14.3+~0.5.0-3)

Native jupyter kernel for python (binary)

xtb (6.5.1-3)

semiempirical extended tight-binding program package

xtide-coastline (20020202-1.2)

données de littoral pour xtide

xtide-data (20191229-1.1)

données d’harmoniques pour xtide

xtide-data-nonfree (20100529-1.1) [non-free]

Harmonics data for xtide (Canada, Netherlands, Germany and UK)

xyscan (4.64-2)

pilleur de données pour les scientifiques

yade (2023.02a-1)

plateforme pour la modélisation d'élément discret

yagv (0.4~20171211.r234ef16+dfsg-2)

encore un autre visionneur de G-code

yaha (0.1.83-3)

find split-read mappings on single-end queries

yale (5.0.95-3) [non-free]

stellar data set from the Yale Bright Star Catalog

yanagiba (1.0.0-5)

filter low quality Oxford Nanopore reads basecalled with Albacore

yanosim (0.1-5)

simulateur de lectures pour des ensembles de données DRS de nanopore

yorick (2.2.04+dfsg1-12)

langage interprété et graphiques scientifiques

yorick-av (0.0.6-1+b1)

production de vidéos dans divers formats depuis Yorick

yorick-cubeview (2.2-2.2)

afficheur de données 3D FITS spécialisé en imagerie spectrale

yorick-curses (0.1-6+b3 [mipsel], 0.1-6+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, s390x])

Interface avec la bibliothèque (n)curses pour le langage Yorick

yorick-data (2.2.04+dfsg1-12)

bibliothèque interprétée pour le langage Yorick

yorick-dev (2.2.04+dfsg1-12)

fichiers de développement pour le langage interprété Yorick

yorick-gl (1.1+cvs20070922+dfsg-6.1+b1)

gestion graphique OpenGL 3D pour le langage Yorick

yorick-gy (0.0.5-2)

introspection GObject et interfaces Gtk pour Yorick

yorick-gyoto (1.4.4-8+b2)

intégration géodésique de la relativité générale pour le langage Yorick

yorick-hdf5 (0.8.0-8+b2)

Interface avec le format de fichiers HDF5 pour le langage Yorick

yorick-imutil (0.5.7-3+b1)

routines de manipulations d'images rapides pour le langage Yorick

yorick-ml4 (0.6.0-4)

prise en charge du format de fichier Matlab pour le langage Yorick

yorick-mpeg (0.1-4)

gestion de la sortie MPEG pour le langage Yorick

yorick-mpy-common (2.2.04+dfsg1-12)

Message Passing Yorick - fichiers communs

yorick-mpy-mpich2 (2.2.04+dfsg1-12)

Message Passing Yorick - basé sur MPICH2

yorick-mpy-openmpi (2.2.04+dfsg1-12)

Message Passing Yorick - basé sur OpenMPI

yorick-optimpack (1.3.2+dfsg+1.4.0-1)

optimization of large scale problems for the Yorick language

yorick-soy (1.4.0-3+b1)

opérations sur les matrices creuses pour le langage Yorick

yorick-svipc (0.16-5+b7)

interprocess communication (shared memory...) for Yorick

yorick-yeti (6.4.0-1.1+b1)

module utilitaire pour le langage Yorick

yorick-yeti-fftw (6.4.0-1.1+b1)

greffon FFT pour le langage Yorick

yorick-yeti-regex (6.4.0-1.1+b1)

expressions rationnelles POSIX pour le langage Yorick

yorick-yeti-tiff (6.4.0-1.1+b1)

lecture du format d’image TIFF pour le langage Yorick

yorick-ygsl (1.2.1-1+b5 [mips64el], 1.2.1-1+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mipsel, ppc64el, s390x])

greffon pour des fonctions GSL spéciales, pour le langage Yorick

yorick-yutils (1.5.2-2)

divers utilitaires pour le langage Yorick

yorick-z (1.2.0+cvs20080115-5.1+b1 [mips64el, mipsel], 1.2.0+cvs20080115-5.1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ppc64el, s390x])

prise en charge de zlib, jpeg et png par le langage Yorick

z3 (4.8.12-3.1)

justificateur de théorème de Microsoft Research

z88 (13.0.0+dfsg2-6)

programme d'analyse d'éléments finis - exécution

z88-data (13.0.0+dfsg2-6)

programme d'analyse d'éléments finis - données

zegrapher (3.1.1-4)

tracé de courbes planes pour des fonctions et des suites mathématiques

zfp (1.0.0-7)

tableaux compressés de nombres en virgule flottante à taux fixe – exécutable

ztex-bmp (20120314-2+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mipsel], 20120314-2 [ppc64el])

analyseur universel de macro