Paketti: ngmlr (0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2 ja muut)

Links for ngmlr

Debian-palvelut:

Imuroi lähdekoodipaketti ngmlr:

Ylläpitäjät:

External Resources:

Kotisivu [github.com]

Samankaltaisia paketteja:

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

Ngmlr is a long-read mapper designed to sensitively align PacBilo or Oxford Nanopore to (large) reference genomes. It was designed to quickly and correctly align the reads, including those spanning (complex) structural variations. Ngmlr uses an SV aware k-mer search to find approximate mapping locations for a read and then a banded Smith- Waterman alignment algorithm to compute the final alignment. Ngmlr uses a convex gap cost model that penalizes gap extensions for longer gaps less than for shorter ones to compute precise alignments.

Muut pakettiin ngmlr liittyvät paketit

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.34)

GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

GCC:n apukirjasto
dep: libssw0 (>= 1.1)

fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm
dep: libstdc++6 (>= 11)

GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

Imuroi ngmlr

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille
Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
i386	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1	680.7 kt	1,184.0 kt	[tiedostoluettelo]