Пакет: ngmlr (0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2 и други)

Връзки за ngmlr

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник ngmlr.

Отговорници:

Външни препратки:

Начална страница [github.com]

Подобни пакети:

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

Ngmlr is a long-read mapper designed to sensitively align PacBilo or Oxford Nanopore to (large) reference genomes. It was designed to quickly and correctly align the reads, including those spanning (complex) structural variations. Ngmlr uses an SV aware k-mer search to find approximate mapping locations for a read and then a banded Smith- Waterman alignment algorithm to compute the final alignment. Ngmlr uses a convex gap cost model that penalizes gap extensions for longer gaps less than for shorter ones to compute precise alignments.

Други пакети, свързани с ngmlr

зависимости

препоръчани

предложени

enhances

dep: libc6 (>= 2.34)

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

GCC support library
dep: libssw0 (>= 1.1)

fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm
dep: libstdc++6 (>= 11)

GNU Standard C++ Library v3
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

compression library - runtime

Изтегляне на ngmlr

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
i386	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1	680,7 кБ	1 184,0 кБ	[списък на файловете]