Tarkennettu haku
[  buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ] [  experimental  ]
[ Source: fasta3  ]

Paketti: fasta3 (36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde ja muut)

Links for fasta3

Screenshot

Debian-palvelut:

Imuroi lähdekoodipaketti fasta3:

Ylläpitäjät:

External Resources:

Samankaltaisia paketteja:

Kokeellinen paketti

Varoitus: Tämä paketti on kokeellisesta jakelusta. Tämä tarkoittaa, että se on luultavasti epävakaa tai buginen, ja voi aiheuttaa jopa tiedonhäviötä. Kannattaa ehdottomasti tutustua muutoslokiin ja muihin mahdollisiin ohjeisiin ennen käyttöönottoa.

tools for searching collections of biological sequences

The FASTA programs find regions of local or global similarity between Protein or DNA sequences, either by searching Protein or DNA databases, or by identifying local duplications within a sequence. Other programs provide information on the statistical significance of an alignment. Like BLAST, FASTA can be used to infer functional and evolutionary relationships between sequences as well as help identify members of gene families. 

 * Protein
   - Protein-protein FASTA
   - Protein-protein Smith-Waterman (ssearch)
   - Global Protein-protein (Needleman-Wunsch) (ggsearch)
   - Global/Local protein-protein (glsearch)
   - Protein-protein with unordered peptides (fasts)
   - Protein-protein with mixed peptide sequences (fastf)


 * Nucleotide
   - Nucleotide-Nucleotide (DNA/RNA fasta)
   - Ordered Nucleotides vs Nucleotide (fastm)
   - Un-ordered Nucleotides vs Nucleotide (fasts)


 * Translated
   - Translated DNA (with frameshifts, e.g. ESTs)
     vs Proteins (fastx/fasty)
   - Protein vs Translated DNA (with frameshifts)
     (tfastx/tfasty)
   - Peptides vs Translated DNA (tfasts)


 * Statistical Significance
   - Protein vs Protein shuffle (prss)
   - DNA vs DNA shuffle (prss)
   - Translated DNA vs Protein shuffle (prfx)


 * Local Duplications
   - Local Protein alignments (lalign)
   - Plot Protein alignment "dot-plot" (plalign)
   - Local DNA alignments (lalign)
   - Plot DNA alignment "dot-plot" (plalign)

This software is often used via a web service at the EBI with readily indexed reference databases at http://www.ebi.ac.uk/Tools/fasta/.

Muut pakettiin fasta3 liittyvät paketit

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances
  • dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, ia64, sh4]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]
  • dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
    GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
    myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb
    dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]
  • dep: python3
    interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
  • rec: r-base-core
    GNU R core of statistical computation and graphics system
  • sug: bedtools
    suite of utilities for comparing genomic features
  • sug: libdbd-mysql-perl
    Perl5 database interface to the MariaDB/MySQL database
  • sug: libdbi-perl
    Perl Database Interface (DBI)
  • sug: libhtml-tableextract-perl
    module for extracting the content contained in HTML tables
  • sug: libjson-perl
    module for manipulating JSON-formatted data
  • sug: liburi-encode-perl
    Perl module to encode and decode strings to URIs
  • sug: libwww-perl
    simple and consistent interface to the world-wide web
  • sug: libxml-twig-perl
    Perl module for processing huge XML documents in tree mode
  • sug: ncbi-blast+
    next generation suite of BLAST sequence search tools
  • sug: perl
    Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten
  • sug: python3-mysqldb
    Python interface to MySQL

Imuroi fasta3

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille
Arkkitehtuuri Versio Paketin koko Koko asennettuna Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros) 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde 907.5 kt7,534.0 kt [tiedostoluettelo]
amd64 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde 902.0 kt6,970.0 kt [tiedostoluettelo]
arm64 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde 805.3 kt6,702.0 kt [tiedostoluettelo]
armel 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde 811.0 kt6,328.0 kt [tiedostoluettelo]
armhf 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde 775.9 kt4,992.0 kt [tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros) 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde 864.1 kt6,245.0 kt [tiedostoluettelo]
i386 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde 852.7 kt6,924.0 kt [tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros) 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde 1,074.4 kt11,899.0 kt [tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros) 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde 755.5 kt5,887.0 kt [tiedostoluettelo]
mips64el 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde 809.2 kt6,742.0 kt [tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros) 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde 872.5 kt7,875.0 kt [tiedostoluettelo]
ppc64el 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde 884.6 kt8,238.0 kt [tiedostoluettelo]
riscv64 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde+b1 1,005.3 kt5,915.0 kt [tiedostoluettelo]
s390x 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde 826.3 kt6,836.0 kt [tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros) 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde 929.0 kt6,336.0 kt [tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros) 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde 895.6 kt18,263.0 kt [tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros) 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde 884.5 kt6,748.0 kt [tiedostoluettelo]