Package: exonerate (2.4.0-5 and others) [debports]

Herramienta genérica para comparar secuencias de pares

Exonerate le permite alinear las secuencias usando muchos modelos de alineamiento, ya sea utilizando programación dinámica exhaustiva, o con una gran variedad de heurística. Gran parte de las funcionalidades de la suite de programación dinámica Wise se re-implementaron en C para una mayor eficiencia. Exonerate es un componente intrínseco de la construcción de las bases de datos del genoma de Ensembl, proporcionando coeficientes de similitud entre las secuencias del ANR y el ADN, permitiendo así determinar las uniones variables y las secuencias de la codificación en general.

Hay un sistema de simulación de experimentos «In-silico PCR» (consulte la página man ipcress) empaquetado con exonerate.

Este paquete también incluye una selección de utilidades para realizar manipulaciones sencillas y de forma rápida con archivos FASTA de más de 2Gb.

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