Paket: libfreecontact-perl (0.08-11 und andere)

Links für libfreecontact-perl

Debian-Ressourcen:

Quellcode-Paket libfreecontact-perl herunterladen:

Betreuer:

Externe Ressourcen:

Homepage [rostlab.org]

fast protein contact predictor - binding for Perl

FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).

FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.

A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.

jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.

This package contains the Perl binding.

Markierungen: Software-Entwicklung: Perl-Entwicklung, Bibliotheken, Implementiert in: implemented-in::c, implemented-in::perl, Rolle: Entwicklungs-Bibliothek

Andere Pakete mit Bezug zu libfreecontact-perl

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, ia64, loong64, sh4]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libfreecontact0t64 (>= 1.0.21) [nicht alpha]

fast protein contact predictor library
dep: libfreecontact0v5 (>= 1.0.21) [alpha]

fast protein contact predictor library
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht hppa, ia64, m68k]

GCC Support-Bibliothek
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC Support-Bibliothek
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

GCC Support-Bibliothek
dep: libunwind8 [ia64]

Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit
dep: perl (>= 5.36.0-7) [alpha]

Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

dep: perl (>= 5.38.2-3.2) [ia64]

dep: perl (>= 5.40.0-6) [m68k, sh4, x32]

dep: perl (>= 5.40.1-2) [hppa]

dep: perl (>= 5.40.1-6) [nicht alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, x32]
dep: perlapi-5.36.0 [alpha]

virtuelles Paket, bereitgestellt durch perl-base
dep: perlapi-5.38.2 [ia64]

virtuelles Paket, bereitgestellt durch perl-base
dep: perlapi-5.40.0 [m68k, sh4, x32]

virtuelles Paket, bereitgestellt durch perl-base
dep: perlapi-5.40.1 [nicht alpha, ia64, m68k, sh4, x32]

virtuelles Paket, bereitgestellt durch perl-base

libfreecontact-perl herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	0.08-9+b1	62,4 kB	226,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	0.08-11	62,0 kB	207,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	0.08-11	60,1 kB	223,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	0.08-9+b6	62,9 kB	213,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	0.08-9+b4	64,7 kB	258,0 kB	[Liste der Dateien]
loong64 (inoffizielle Portierung)	0.08-11	61,0 kB	222,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	0.08-9+b5	62,1 kB	216,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	0.08-11	59,4 kB	224,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	0.08-11	61,5 kB	223,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	0.08-11	61,4 kB	223,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	0.08-11	60,8 kB	195,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	0.08-11	61,9 kB	207,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	0.08-9+b6	64,3 kB	224,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	0.08-11	59,6 kB	1.184,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	0.08-9+b5	62,6 kB	208,0 kB	[Liste der Dateien]