Paket: r-bioc-dropletutils (1.22.0+ds-1 und andere) [debports]

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Homepage [bioconductor.org]

BioConductor utilities for handling single-cell droplet data

Provides a number of utility functions for handling single-cell (RNA-seq) data from droplet technologies such as 10X Genomics. This includes data loading from count matrices or molecule information files, identification of cells from empty droplets, removal of barcode-swapped pseudo-cells, and downsampling of the count matrix.

Andere Pakete mit Bezug zu r-bioc-dropletutils

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libc6.1 (>= 2.29)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

GCC Support-Bibliothek
dep: libhdf5-103-1t64

Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - C-Laufzeitdateien - serielle Version
dep: libhdf5-cpp-103-1t64 (>= 1.10.5)

Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - C++-Laufzeitdateien - serielle Version
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
dep: r-api-4.0

virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-base-core
dep: r-api-bioc-3.18

virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-bioc-biocgenerics
dep: r-bioc-beachmat

I/O for several formats storing matrix data
dep: r-bioc-biocgenerics

generic functions for Bioconductor
dep: r-bioc-biocparallel

BioConductor facilities for parallel evaluation
dep: r-bioc-delayedarray

BioConductor delayed operations on array-like objects
dep: r-bioc-delayedmatrixstats

Functions on Rows and Columns of 'DelayedMatrix' Objects
dep: r-bioc-edger

Empirische Analyse von digitalen Genexpressionsdaten mit R
dep: r-bioc-genomicranges

BioConductor representation and manipulation of genomic intervals
dep: r-bioc-hdf5array

HDF5 backend for DelayedArray objects
dep: r-bioc-iranges

GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges
dep: r-bioc-rhdf5

BioConductor HDF5 interface to R
dep: r-bioc-rhdf5lib

GNU R hdf5 library
dep: r-bioc-s4vectors

BioConductor S4 implementation of vectors and lists
dep: r-bioc-scuttle

BioConductor single-cell RNA-Seq analysis utilities
dep: r-bioc-singlecellexperiment

S4 Classes for Single Cell Data
dep: r-bioc-summarizedexperiment

BioConductor assay container
dep: r-cran-bh

(Virtual) GNU R package to provide BH
dep: r-cran-dqrng

GNU R fast pseudo random number generators
dep: r-cran-matrix

GNU R - Paket von Klassen für dicht und dünn besetzte Matrizen
dep: r-cran-r.utils

GNU R various programming utilities
dep: r-cran-rcpp

GNU-R-Paket für die nahtlose Verflechtung von R und C++

sug: r-bioc-biocstyle

standard styles for vignettes and other Bioconductor documents
sug: r-cran-jsonlite

Robust, High Performance JSON Parser and Generator for R
sug: r-cran-knitr

GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming
sug: r-cran-rmarkdown

Konvertierung von R-Markdown-Dokumenten in verschiedene Formate
sug: r-cran-testthat

GNU R testsuite

r-bioc-dropletutils herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	1.22.0+ds-1+b1	381,4 kB	827,0 kB	[Liste der Dateien]