[ buster ]
[ Quellcode: tophat ]
Paket: tophat (2.1.1+dfsg1-2 und andere)
Links für tophat
Debian-Ressourcen:
Quellcode-Paket tophat herunterladen:
Betreuer:
- Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
- Carlos Borroto (QS-Seite)
- Alexandre Mestiashvili (QS-Seite)
- Andreas Tille (QS-Seite)
Externe Ressourcen:
- Homepage [ccb.jhu.edu]
Ähnliche Pakete:
fast splice junction mapper for RNA-Seq reads
TopHat aligns RNA-Seq reads to mammalian-sized genomes using the ultra high-throughput short read aligner Bowtie, and then analyzes the mapping results to identify splice junctions between exons. TopHat is a collaborative effort between the University of Maryland Center for Bioinformatics and Computational Biology and the University of California, Berkeley Departments of Mathematics and Molecular and Cell Biology.
Andere Pakete mit Bezug zu tophat
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- dep: libboost-system1.67.0
- Betriebssystemsbibliothek (etwa Unterstützung der Diagnostik)
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- dep: libboost-thread1.67.0
- Portierbares C++-Multi-Threading
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- dep: libc6 (>= 2.17)
- GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
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- dep: libgcc1 (>= 1:3.0)
- GCC Support-Bibliothek
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- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
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- dep: python
- Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python2-Version)
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- dep: samtools (>= 1.5)
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
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- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)
- Kompressions-Bibliothek - Laufzeit
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- sug: cufflinks
- Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq
tophat herunterladen
| Architektur | Version | Paketgröße | Größe (installiert) | Dateien |
|---|---|---|---|---|
| arm64 | 2.1.1+dfsg1-2+b1 | 591,7 kB | 3.567,0 kB | [Liste der Dateien] |