[ sid ]
[ Source: snippy ]
Package: snippy (4.6.0+dfsg-4)
Links for snippy
Debian Resources:
Download Source Package snippy:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [github.com]
Similar packages:
Hurtig haploid-variantkald og kernegenomjustering
Snippy finder SNP'er mellem et haploid-referencegenom og din NGS-sekvenslæsninger. Den finder både substitutioner (snps) og indsættelser/sletninger (indels). Programmet vil bruge så mange cpu'er, som du kan give det på en enkelt computer (testet til 64 kerner). Programmet er designet med tanke på hastighed og fremstiller et ensartet sæt resultatfiler i en enkelt mappe. Programmet kan derefter anvende et sæt Snippy-resultater ved at bruge det samme reference og generere en SNP-kernejustering (og i sidste ende et fylogenomisk træ).
Other Packages Related to snippy
|
|
|
|
-
- dep: any2fasta
- Konverter diverse sekvensformater til FASTA
-
- dep: bcftools
- Genomisk variantkald og manipulering af VCF/BCF-filer
-
- dep: bedtools
- Programpakke med redskaber for sammenligning af arvemassefunktioner
-
- dep: bwa
- Burrows-Wheeler Aligner (sekvenssammenligner)
-
- dep: freebayes (>= 1.3.6-2)
- Bayesian haplotype-baseret polymorfiregistrering og genotypebestemmelse
-
- dep: libbio-perl-perl
- BioPerl - grundlæggende Perlmoduler
-
- dep: libvcflib-tools
- C++-bibliotek til at fortolke og manipulere VCF-filer - værktøjer
-
- dep: minimap2
- Alsidig parvis sammenligner for genomiske og opdelte nukleotide sekvenser
-
- dep: parallel
- Byg og afvikl kommandolinjer fra standardind parallelt
-
- dep: perl
- Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)
-
- dep: samclip
- Filtrer SAM-fil for blødt og hårdt klippet sammenligninger
-
- dep: samtools
- Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater
-
- dep: seqtk
- Hurtigt letvægtsværktøj til behandling af sekvenser i formaterne FASTA eller FASTQ
-
- dep: snp-sites
- Binær kode for pakken snp-sites
-
- dep: snpeff
- Genetisk variantannotation og effektforudsigelsesværktøjskasse - værktøj
-
- dep: vt
- Værktøjssæt for kort variant-registrering i genetiske sekvensdata
Download snippy
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| all | 26.2 kB | 100.0 kB | [list of files] |