Effektiv sekvensjustering for hele genomer
MUMmer er et system til hurtig justering af hele genomer, uanset om det er
i komplet eller udkastform. For eksempel kan MUMmer 3.0 finde alle eksakte
sammenfald for 20-basepar eller længere mellem et par af 5-megabase genomer
på 13,7 sekunder, med brug af 78MB hukommelse, på en stationær 2,4GHz
Linux-maskine. MUMmer kan også justere genomer som ikke er komplette; den
håndterer de hundrede- eller tusindevis af »contig'er« fra et »shotgun«-
sekventeringsprojekt med lethed, og vil justere dem til et andet sæt af
»contig'er« eller et genom med brug af NUCmer-programmet som er inkluderet
i systemet. Hvis arterne er for divergerende til registrering af lighed
gennem DNA-sekvensjustering, så kan PROmer-programmet danne justeringer
baseret på »six-frame«-oversættelser af begge input-sekvenser.
