all options
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: transdecoder  ]

Package: transdecoder (5.7.1-2)

Links for transdecoder

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package transdecoder:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Find kodningsregioner i RNA-transkriptsekvenser

TransDecoder identificerer kandidatkodningsregioner i transkriptsekvenser, såsom dem oprettet af de novo RNA-Seq-transkriptsamlingen der bruger Trinity, eller konstrueret baseret på RNA-Seq-sammenligninger til genomet der bruger Tophat og Cufflinks.

TransDecoder identificerer sandsynlige kodningssekvenser baseret på følgende kriterier:

 * en minimal længde »open reading frame« (ORF) findes i en transkriptkø
 * en log-likelihood bedømmelse svarende til hvad der beregnes af GeneID-
   programmet er > 0
 * den ovenstående kodebedømmelse er størst når ORF'en bedømmes i den
   første læseramme sammenlignet med bedømmelser i de andre fem læserammer
 * hvis en kandidat-ORF findes fuldt indkapslet af koordinaterne for
   en anden kandidat-ORF, så bliver den længste rapporteret. Dog kan en
   enkel transkript rapportere flere ORF'er (hvilket giver mulighed for
   operoner, chimeraer etc.)
 * valgfrit har den formodede peptid et match til et Pfam-domæne over
   støjafskæringsbedømmelsen

Other Packages Related to transdecoder

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download transdecoder

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
all 200.5 kB666.0 kB [list of files]