all options
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: fasttree  ]

Package: fasttree (2.1.11-2 and others)

Links for fasttree

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package fasttree:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Fylogenetiske træer fra opstillinger af nukleotid- eller proteinsekvenser

FastTree udleder cirka-maksimum-likelihood fylogenetiske træer fra  opstillinger af nukleotid- eller proteinsekvenser. Den håndterer opstillinger med op til en million sekvenser på rimelig tid og brug af hukommelse. For store justeringer er FastTree 100-1000 gange hurtigere end PhyML 3.0 eller RAxML 7.

FastTree er mere præcis end PhyML 3 med standardindstillinger, og meget mere præcis end afstands-matrix metoder, der traditionelt anvendes til store justeringer. FastTree bruger Jukes-Cantor eller generaliseret  tid-reversible (GTR) modeller af nukleotid-evolution og JTT (Jones- Taylor-Thornton 1992) modelaminosyreevolution. For at tage højde for de varierende satser evolution på tværs af steder, bruger FastTree en enkelt sats for hvert sted (»CAT«-tilnærmelsen). Hvis du hurtigt vil estimere pålideligheden af hver splittelse i træet, FastTree beregner lokal støtteværdier med Shimodaira-Hasegawa-test (disse er de samme som PhyML 3s »SH-lignende lokale understøtninger«).

Denne pakke indeholder en enkelt gevindudførelse (fasttree) og en parallel udgave, som bruger OpenMP (fasttreMP).

Other Packages Related to fasttree

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download fasttree

Download for all available architectures
Architecture Version Package Size Installed Size Files
riscv64 2.1.11-2+b1 178.3 kB423.0 kB [list of files]