Package: profbval (1.0.22-8)

Forudsigelse for fleksible/stive proteinrester fra sekvens

PROFbval kan være nyttig til både proteinstruktur og funktionsforudsigelser. For eksempel kan en biolog lokalisere potentielle antigeniske determinanter ved at identificere de mest fleksible rester på proteinoverflade. Derudover kan en krystallograf finde rester, der potentielt har høje eksperimentelle B-værdier.

PROFbval tager følgende inddata, yderligere beskrevet på profbval(1):

 * En proteinsekvens i en FASTA-fil
 * sekundær struktur og opløsningsmiddel tilgængelighed forudsigelse
   af prof(1)
 * en HSSP-fil

Baggrund: Mobiliteten af en given rest på proteinoverfladen er relateret til dens funktionelle rolle. Derfor er identifikation af ekstremt stive eller fleksible restprodukter på proteinoverfladen nyttige til at identificere funktionelt vigtige rester i proteiner. En udbredt måling af atommobilitet i proteiner er B-værdi data fra røntgenkrystallografi strukturer. PROFbval er det første værktøj til at forudsige normaliserede backbone B-værdier fra aminosyresekvens.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, Role: Debugging symbols

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):