Find split-read-oversættelser på single-end-forespørgsler
Yaha er en fleksibel, sensitiv og præcis DNA-sammenligner designet for
single-end-læsninger. Programmet understøtter tre major-tilstande:
* Standardtilstanden »Optimal Query Coverage« (-OQC) rapporterer
det bedste sæt af sammenligninger som dækker længden af hver
forespørgsel
* Brug af »Filter By Similarity« (-FBS), sammen med det bedste sæt af
sammenligninger, vil også vise sammenligninger som er meget lig en
sammenligning i det bedste sæt
* Endelig kan yaha vise alle sammenligninger fundet for hver
forespørgsel
-OQC- og -FBS-tilstande er specifikt finjusteret til at forme split-
læsningsoversættelser, som kan bruges til præcist at identificere
strukturelle variationshændelser (sletninger, duplikeringer, indsættelser
eller inversioner) mellem emneforespørgslen og referencegenomet.
