all options
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: toppred  ]

Package: toppred (1.10-10)

Links for toppred

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package toppred:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Forudsigelse af transmembrantopologi

Toppred er et program til at bestemme topologien for et transmembranprotein baseret på G. von Heijne-algoritmen.

Hver sekvens fra sekvensdata i formatet fasta behandles og toppred opretter Hydrophobycity-profilen for sekvensen og de tilsvarende hydrophobycities-værdier i filsekvensen sequence-ID.hydro.

Derudover, de forudsagte topologier repræsenteres som png-billeder. Hver topologi lagres i filen sequence-ID-number.png.

Hydrophobicity-profilen beregnes via et vindue formet af en kernerektangulært vinduesstørrelse på n, flankeret af to triangulære vinduer med størrelsen q. NB rektangulær og triangulær betyder at ponderationværdierne inden i disse vinduer er respektivt konstant og variabel.

Dette program er en ny implementering af det originale toppredprogram, baseret på G. von Heijne-algoritmen.

Other Packages Related to toppred

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download toppred

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
armel 42.8 kB228.0 kB [list of files]