Package: any2fasta-examples (0.4.2-2)

Konverter diverse sekvensformater til FASTA - dataeksempler

Etablerede værktøjer som readseq og seqret fra EMBOSS, begge opretter Mangled id'er indeholdende tegnene | eller ., og der er ingen måde at rette denne opførsel. Dette medfører uoverensstemmelser mellem .gbk- og .fna-filversioner i datakanaler.

Dette skript bruger kun Perlkernemoduler, har ingen andre afhængigheder såsom Bioperl eller Biopython og afvikles virkeligt hurtigt.

Understøtter de følgende formater:

 1. Genbank flad fil, typisk .gb, .gbk, .gbff (starter med LOCUS)
 2. EMBL flad fil, typisk .embl, (starter med ID)
 3. GFF med sekvens, typisk .gff, .gff3 (starter med ##gff)
 4. FASTA DNA, typisk .fasta, .fa, .fna, .ffn (starter med >)
 5. FASTQ DNA, typisk .fastq, .fq (starter med @)
 6. CLUSTAL-sammenligninger, typisk .clw, .clu (starter med CLUSTAL
    eller MUSCLE)
 7. STOCKHOLM-sammenligninger, typisk .sth (starter med # STOCKHOLM)
 8. GFA-samlingsgraf, typisk .gfa (starter med ^[A-Z]\t)

Filer kan komprimeres med:

 1. gzip, typisk .gz
 2. bzip2, typisk .bz2
 3. zip, typisk .zip

Denne pakke indholder nogle eksempler på testdata.

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):