Bibliotek til at håndtere genomiske data og deres sammenligning
Projektet bx-python er et Python 3-bibliotek og associeret sæt af skripter til at tillade hurtig implementering af analyser på genomskala. Biblioteket indeholder en række nyttige moduler, men de specifikke styrker er:
* Klasser til at læse og arbejde med genom-scale multiple local-
sammenligninger (i MAF-, AXT- og LAV-formater)
* Generisk datastruktur for indeksering af diskfiler, der indeholder
datablokke associeret med intervaller på diverse sekvenser (brugt, for
eksempel, til at tilbyde vilkårlig adgang til individuelle
sammenligninger i store filer; optimeret for brug over
netværksfilsystemer
* Datastrukturer for arbejdet med intervaller på sekvenser
* »Binned bitsets« der fungerer ligesom bit-tabeller i kromosomstørrelse,
men dovent allokerer regioner og tillader store blokke for alle sæt
eller alle ikke satte bit for kompakt lagring
* »Intersecter« for udførelse af hurtig intersektionstest, der bevarer
både forespørgsel og målintervaller og associeret annotation