Package: veryfasttree (4.0.5+dfsg-1)

Øg hastigheden på esitmeringen af fylogenetidske træer fra sekvenser

VeryFastTree er en yderst effektiv implementering inspireret af FastTree-2-værktøjet, designet til at fremskynde slutningen af tilnærmelsesvis maksimal sandsynlighedsfylogenetiske træer fra nukleotid- eller proteinsekvensjusteringer. Det er en optimeret implementering designet til at accelerere estimeringen af fylogenier til store linjer. Ved at udnytte paralleliserings- og vektoriseringsstrategier, forbedrer VeryFastTree markant ydeevnen og skaleringen af fylogenetisk analyse, så den kan konstruere fylogenetiske træer på en brøkdel af den tid, der tidligere har krævet.

Ved at bevare integriteten af FastTree-2 bevarer VeryFastTree de samme faser, metoder og heuristik brugt til at estimere fylogenetiske træer. Dette sikrer, at den topologiske nøjagtighed af træerne produceret af VeryFastTree forbliver svarende til FastTree-2. Desuden, i modsætning til den parallelle version af FastTree-2, garanterer VeryFastTree deterministiske resultater og eliminerer evt. potentielle variationer i resultatet.

For at lette en problemfri overgang for brugerne, anvender VeryFastTree de nøjagtig samme kommandolinjeargumenter som FastTree-2. Det betyder, at ved ganske enkelt at erstatte FastTree-2 med VeryFastTree og bruge det samme indstillingssæt kan brugerne markant forbedre den overordnede ydeevne af deres fylogenetiske analyser.

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):