Package: r-other-chbutils (0.1+git20171026.a226cee-2 and others)

GNU R-redskaber fra Harvard School of Public Health Bioinformatics

Denne GNU R-pakke indeholder de følgende funktioner:

 chb_utils-package     chb_utils
 annotate_df           Annotate Dataframe indeholdende Ensembl-id'er med
                       gensymboler og beskrivelser
 boxplotoutliers       Cel file-id'er for intensitet-boxplot outlier-tabeller
                       (i karakterer)
 chb_utils             chb_utils
 col2rownames          tilføj en kolonne til en dataramme bestående af de nuværende
                       rækkenavne
 convertIDs            Hent andre id'er for gener i den samme rækkefølge
 create_report         Opret rapport for QC
 getTFpairs            Hent mus TF-målpar fra opssum-database
 get_biomart           Hent biomar annotation fra id
 ggheatmap             opret et heatmap + dendrograms, i ggplot2-stil
 ggheatmap.show        Vis et ggheatmap
 ggplotDispEsts        Plot Dispersion Estimates - pænere ggplot-version af
                       DESeq-graf
 mds                   Plot MDS
 mdsplot.RGset         MDS-plot (MultiDimensional Scaling)
 nuseoutliers          Cel file-id'er for intensitet-NUSE outlier-tabeller (i
                       tegn).
 PCAplot.cds           Pairwise Principal Component Analysis Plots af
                       CountDataSet-objekter
 PCAplot.eset          Pairwise Principal Component Analysis Plots
                       Plotter de forskelligt udtrykte gener på et MA-plot
 plotDE                i ggplot-stil hvis justerede pvalues er til stede,
                       arver der overholder cutoff red
 plot_dendro           ggplot-baseret dendrogram-plot
 print_enrichGO        Ryd op i og udskriv resultater fra enrichGO
                       Plotter pvalue-kvantiler mod den ensartede
 qqplot_JH             distribution. Hvis justerede pvalues er til stede
                       farvelæg dem, der opfylder cutoff red
 rleoutliers           Cel file-id'er for intensitet-RLE outlier-tabeller (i
                       tegn)
 row2colnames          tilføj en kolonne til en dataramme bestående af de
                       nuværende rækkenavne
 runGO                 Afvikl GO via clusterprofiler
 variance_by_component Plot PC-vigtighed
 volcano_density_plot  Opret volcano-plot fra log2FC og justeret pvalues-
                       dataramme
 write_report          Skriv rapport for QC

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):