Package: mosdepth (0.3.1+ds-2)

BAM/CRAM-dybdeberegning for biologisk sekventering

Mange små læsninger er fremstillet af høj-gennemløb »næste generation«-sekventeringsteknologier. Den endelige sekvens er afledt fra hvordan disse læsninger overlapper mod en konsensus. De yderligere læsninger dækker/bekræfter dele af en nukleotid sekvens, jo højere tilliden er. For mange læsninger vil være indikativ for f.eks. gentagelser i genomet.

Mosdepth kan fremstille:

 * per base dybde omkring 2x så hurtig som samtools dybde-omkring 25
   minutter cpu-tid for et 30X-genom
 * gennemsnit per vindue-dybde givet en vindues størrelse-som vil blive
   brugt for CNV-kald
 * gennemsnittet per region givet en BED-fil med regioner
 * en distribution af dele af baser dækket ved eller over en given
   tærskel for hvert kromosom og bredt i genomerne
 * kvantiseret resultat der sammenføjer nærliggende basere så længe de
   falder i de samme dækningskasser f.eks. (10-20)
 * tærskelresultat for at indikere antallet af baser i hver region, der
   er dækket af de angivne tærskler

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):