Package: libgenomicsdb-java (1.4.4-3)

Links for libgenomicsdb-java

Debian Resources:

Download Source Package genomicsdb:

Maintainers:

External Resources:

Homepage [www.genomicsdb.org]

Similar packages:

Rumligt tabellagerbibliotek for genomics - Javabibliotek

GenomicsDB er bygget oven på en htslib-forgrening og et internet tabellagersystem for import, forespørgsel og transformering af variantdata. Variantdata er rumlige af natur (rumlige relativt til hele genomet) og brug af rumlige tabeldatalagre er en perfekt løsning for lagring af sådanne data.

GenomicsDB lagrer variantdata i en 2D-tabel hvor:

 - Hver kolonne svarer til en genomposition (kromosom + position)
 - Hver række svarer til en prøve i en VCF (eller CallSet i GA4GH-
   terminologi)
 - Hver celle indeholder data for en given prøve/CallSet på en given
   position; data er lagret i form af celleattributter
 - Celler er lagret  i kolonnerækkefølge - dette gør adgang til celler
   med det samme kolonneindeks (dvs. data for en given genomisk position
   over alle prøver) hurtig
 - Variantinterval/gVCF-intervaldata er lagret i en celle i begyndelsen af
   intervallet. END er lagret som en celleattribut. For variantintervaller
   (såsom sletninger og gVCF REF-blokke) bliver en yderligere celle lagret
   som END-værdien for variantintervallet. Når forespurgt om en given
   genomisk position, forespørgselsbiblioteket udfører en effektiv rydning
   for at bestemme alle intervaller, der har forbindelse med den
   forespurgte position.

Denne pakke indeholder Javabiblioteket.

Other Packages Related to libgenomicsdb-java

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libcommons-io-java (>= 2.11.0)

Gængse og nyttige IO-relaterede klasser
dep: libgenomicsdb-jni (<< 1.4.4-3.1~)

Rumligt tabellagerbibliotek for genomics - standardbindinger for Java

dep: libgenomicsdb-jni (>= 1.4.4-3)
dep: libgetopt-java

GNU getopt - Javaport
dep: libguava-java

Suite of Google common libraries for Java
dep: libhtsjdk-java (>= 3.0.2)

Java API for høj-gennemløbs sekventeringsdata (HTS) - formater
dep: libjson-simple-java

Simple, lightweight and efficient JSON toolkit for Java
dep: liblog4j2-java (>= 2.19.0)

Apache Log4j - Logging Framework for Java
dep: libprotobuf-java

Javabindinger for protokolbuffere
dep: libprotobuf-java-format-java (>= 1.3)

Bibliotek til at serialisere protobuf-beskeder til XML, JSON og HTML

Download libgenomicsdb-java

Download for all available architectures
Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	382.4 kB	465.0 kB	[list of files]