Package: racon (1.5.0-3)

Konsensusmodul for rå de novo DNA-samling af lange ej korrigerede læsninger

Racon er lavet som et uafhængigt konsensusmodul til at rette rå contig'er oprettet ved hurtige samlingsmetoder, der ikke inkluderer et konsensustrin. Formålet med Racon er at oprette genomkonsensus, der er af lignende eller bedre kvalitet sammenlignet med resultatet oprettet af samlingsmetoderne, der anvender både fejlkorrektion og konsensustrin, mens der tilbydes en hastighedsforøgelse sammenlignet med disse metoder. Understøtter data fremstillet af både Pacific Biosciences og Oxford Nanopore Technologies.

Racon kan bruges som et pudseværktøj efter samlingen med enten Illumina-data eller data fremstillet af tredje generation af sekventering. Dataene registreres automatisk.

Racon bruger som data kun tre filer: contig'er i FASTA/FASTQ-format, læsninger i FASTA/FASTQ-format og overlapninger/sammenligninger mellem læsningerne og contig'erne i MHAP/PAF/SAM-format. Resultatet er et sæt af polerede contig'er i FASTA-format udskrevet til standardud. Alle filer kan komprimeres med gzip.

Racon kan også bruges som fejlkorrektionsværktøj under læsningen. I dette scenarie skal MHAP/PAF/SAM-filen indeholder parvise overlapninger mellem læsninger inklusive dobbelte overlapninger.

Et omslagsskript er også tilgængeligt til at aktivere nemmere brug for slutbrugerne ved store datasæt. Har den samme grænseflade som racon men tilføjer to yderligere funktioner udefra. Sekvenser kan underopdeles for at mindske den samlede kørselstid (præcisionen kan være lavere) mens målsekvenser kan opdeles i mindre dele og afvikles sekventielt for at mindske hukommelsesforbruget. Begge funktioner kan afvikles på samme tid.

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):