Package: packmol (1:20.14.0-1)

Startkonfigurationer for molekylære dynamiksimuleringer

Startkonfigurationer for molekylære dynamiksimuleringer ved pakkeoptimering.

Packmol opretter et startpunkt for molekylær dynamiksimuleringer ved pakkemolekyler i definerede regioner af plads. Pakningen garanterer at frastødende interaktioner med kort rækkevidde ikke forstyrrer simuleringerne.

Den store varietet af typer med rumlige begrænsninger, der kan attribueres til molekylerne eller atomer i molekylerne, gør det nemt at oprette sorterede systemer, såsom lamelformet, sfærisk eller rørformet lipidlag.

Brugeren skal kun tilbyde koordinaterne for et molekyle for hver type, antallet af molekyler for hver type og de rumlige begrænsninger som hver type af molekylet skal opfylde.

Pakken er kompatibel med inddatafiler i formaterne PDB, TINKER, XYZ og MOLDY.

Se http://m3g.iqm.unicamp.br/packmol for yderligere information.

Referencer

Citer venligst en af de følgende referencer i udgivelser hvor Packmol var nyttig:

L Martinez, R Andrade, EG Birgin, JM Martinez, Packmol: A package for building initial configurations for molecular dynamics simulations. Journal of Computational Chemistry, 30, 2157-2164, 2009. (http://www3.interscience.wiley.com/journal/122210103/abstract)

JM Martinez, L Martinez, Packing optimization for the automated generation of complex system's initial configurations for molecular dynamics and docking. Journal of Computational Chemistry, 24, 819-825, 2003. (http://www3.interscience.wiley.com/journal/104086246/abstract)

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):