Package: openbabel (3.1.1+dfsg-9 and others)

Redskaber til kemisk værktøjskasse - kommandolinje

Open Babel er en kemisk værktøjskasse, som er designet til at tale mange kemiske data-sprog. Den tillader søgning, konvertering, analyse eller lagring af data fra molekylær modellering, kemi, faste materialer, biokemi eller beslægtede områder. Egenskaber inkluderer:

 * Indsættelse og fjernelse af hydrogen
 * Understøttelse af molekylær-mekanik
 * Understøttelse af SMARTS molekylære syntaks-sammenligninger
 * Automatisk registrering af egenskaber (ringe, bånd, hybridisering,
   aromaticitet)
 * Fleksibel bestemmelse af atomtyper og registrering af atomare
   koordinater med flere bånd
 * Gasteiger-Marsili-beregning af delvis ladning

Filformater som Open Babel understøtter inkluderer PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC og MPQC.

Denne pakke inkluderer følgende redskaber:

 * obabel: Konverter mellem forskellige kemiske filformater
 * obenergy: Beregn energien for et molekyle
 * obminimize: Optimer geometrien, minimer energien for et molekyle
 * obgrep: Molekylært søgeprogram som anvender mønstre fra SMARTS
 * obgen: Opret 3D-koordinater for et molekyle
 * obprop: Udskriv standardegenskaber for molekyler
 * obfit: Læg to molekyler oveni hinanden baseret på et mønster
 * obrotamer: Opret konformer/rotamer-koordinater
 * obconformer: Opret konformere med lavt energiniveau
 * obchiral: Udskriv informationer om molekylær kiralitet
 * obrotate: Roter torsionsvinkel for molekyler i stakkevis tilstand
 * obprobe: Opret elektrostatisk sondegitter

Tags: Field: Chemistry, Implemented in: C++, User Interface: interface::commandline, role::program, Scope: Utility, Purpose: Data Conversion

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):