Package: exonerate (2.4.0-5)

obecný nástroj pro párové porovnávání sekvencí

Exonerate umožňuje porovnávání sekvencí pomocí mnoha alignmentových modelů, buď úplným dynamickým programováním (exhaustive dynamic programming), nebo nejrůznějšími heuristikami. Většina z funkcí Wise dynamic programming suite byla znovuimplementována v C pro větší efektivitu. Exonerate je nástroj používaný při tvorbě genomových databází Ensembl, poskytující skóre podobnosti RNA a DNA sekvencí a tím určující sestřihové varianty a kódující sekvence obecně.

In-silico PCR Experiment Simulation System (podívejte se na manuálovou stránku ipcress) je balen spolu s exonerate.

Tento balíček obsahuje také výběr nástrojů pro rychlé provádění jednoduchých operací s fasta soubory větčími než 2GB.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::TODO, use::searching, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):