Пакет: centrifuge (1.0.3-8)

Връзки за centrifuge

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник centrifuge.

Отговорници:

Външни препратки:

Начална страница [ccb.jhu.edu]

Подобни пакети:

rapid and memory-efficient system for classification of DNA sequences

Centrifuge is a very rapid and memory-efficient system for the classification of DNA sequences from microbial samples, with better sensitivity than and comparable accuracy to other leading systems. The system uses a novel indexing scheme based on the Burrows-Wheeler transform (BWT) and the Ferragina-Manzini (FM) index, optimized specifically for the metagenomic classification problem. Centrifuge requires a relatively small index (e.g., 4.3 GB for ~4,100 bacterial genomes) yet provides very fast classification speed, allowing it to process a typical DNA sequencing run within an hour. Together these advances enable timely and accurate analysis of large metagenomics data sets on conventional desktop computers.

Други пакети, свързани с centrifuge

зависимости

препоръчани

предложени

enhances

dep: hisat2

graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes
dep: jellyfish

count k-mers in DNA sequences
dep: libc6 (>= 2.29)

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, i386]

GCC support library

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]
dep: libstdc++6 (>= 9)

GNU Standard C++ Library v3
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

Изтегляне на centrifuge

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
amd64	525,0 кБ	1 669,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	492,5 кБ	1 463,0 кБ	[списък на файловете]
armel	489,3 кБ	1 491,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	483,2 кБ	1 171,0 кБ	[списък на файловете]
i386	545,5 кБ	1 799,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	523,3 кБ	1 805,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	551,4 кБ	1 787,0 кБ	[списък на файловете]