Пакунок: bifrost (1.3.1-1)

Links for bifrost

Debian Resources:

Download Source Package bifrost:

Maintainers:

External Resources:

Homepage [github.com]

Similar packages:

parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

Bifrost is a command-line tool for sequencing that features a broad range of functions, such as indexing, editing, and querying the graph, and includes a graph coloring method that maps each k-mer of the graph to the genomes it occurs in.

 * Build, index, color and query the compacted de Bruijn graph
 * No need to build the uncompacted de Bruijn graph
 * Reads or assembled genomes as input
 * Output graph in GFA (can be visualized with Bandage), FASTA or binary
 * Graph cleaning: short tip clipping, etc.
 * Multi-threaded
 * No parameters to estimate with other tools
 * Exact or approximate k-mer search of queries

Інші пакунки пов'язані з bifrost

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libbifrost0 (>= 1.3.1)

library for parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs
dep: libc6 (>= 2.34)

Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
also a virtual package provided by libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

Допоміжна бібліотека GCC
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

Завантажити bifrost

Завантаження для всіх доступних архітектур
Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
mips64el	462.5 kB	1,326.0 kB	[список файлів]