Пакунок: python3-shasta (0.7.0-3)

Links for python3-shasta

Debian Resources:

Download Source Package shasta:

Maintainers:

External Resources:

Homepage [github.com]

Similar packages:

nanopore whole genome assembly (dynamic library)

De novo assembly from Oxford Nanopore reads. The goal of the Shasta long read assembler is to rapidly produce accurate assembled sequence using as input DNA reads generated by Oxford Nanopore flow cells.

Computational methods used by the Shasta assembler include:

 * Using a run-length representation of the read sequence. This makes
   the assembly process more resilient to errors in homopolymer
   repeat counts, which are the most common type of errors in Oxford
   Nanopore reads.

 * Using in some phases of the computation a representation of the read
   sequence based on markers, a fixed subset of short k-mers (k ≈ 10).

Shasta assembly quality is comparable or better than assembly quality achieved by other long read assemblers.

This package contains the dynamic library that can be interfaced and imported within Python.

Інші пакунки пов'язані з python3-shasta

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

Бібліотека параметрів програми на Сі++
dep: libc6 (>= 2.29)

Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
also a virtual package provided by libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64]

Допоміжна бібліотека GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]
dep: libpng16-16 (>= 1.6.2-1)

Бібліотека для роботи з PNG версії 1.6 (бібліотека часу виконання)
dep: libpython3.9 (>= 3.9.0~b4)

Спільна бібліотека виконавчих файлів Python (версія 3.9)
dep: libspoa7.0.0 (>= 4.0.5+ds) [amd64]

SIMD partial order alignment library

dep: libspoa7.0.0 (>= 4.0.6+ds2) [arm64]
dep: libstdc++6 (>= 9)

Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3
dep: ncbi-blast+

next generation suite of BLAST sequence search tools
dep: python3 (<< 3.10)

Інтерактивна обʼєктно-орієнтована мова високого рівня (типова версія „python3“)

dep: python3 (>= 3.9~)

Завантажити python3-shasta

Завантаження для всіх доступних архітектур
Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	1,463.9 kB	6,751.0 kB	[список файлів]
arm64	1,299.8 kB	6,234.0 kB	[список файлів]