Пакунок: last-align (1179-1 and others)

Links for last-align

Debian Resources:

Download Source Package last-align:

Maintainers:

Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
Charles Plessy (QA Page)
Andreas Tille (QA Page)
Nilesh Patra (QA Page)

External Resources:

Homepage [last.cbrc.jp]

Similar packages:

genome-scale comparison of biological sequences

LAST is software for comparing and aligning sequences, typically DNA or protein sequences. LAST is similar to BLAST, but it copes better with very large amounts of sequence data. Here are two things LAST is good at:

 * Comparing large (e.g. mammalian) genomes.
 * Mapping lots of sequence tags onto a genome.

The main technical innovation is that LAST finds initial matches based on their multiplicity, instead of using a fixed size (e.g. BLAST uses 10-mers). This allows one to map tags to genomes without repeat-masking, without becoming overwhelmed by repetitive hits. To find these variable-sized matches, it uses a suffix array (inspired by Vmatch). To achieve high sensitivity, it uses a discontiguous suffix array, analogous to spaced seeds.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Role: Program

Інші пакунки пов'язані з last-align

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
also a virtual package provided by libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

Допоміжна бібліотека GCC
dep: libstdc++6 (>= 6)

Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

rec: parallel

паралельне виконнаня кількох команд зі стандартного вводу
rec: python3

Інтерактивна обʼєктно-орієнтована мова високого рівня (типова версія „python3“)
rec: python3-pil

Бібліотека зображень Python (Python3)

Завантажити last-align

Завантаження для всіх доступних архітектур
Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
armhf	1179-1+b1	679.5 kB	2,910.0 kB	[список файлів]