Balík: libgenomicsdb0 (1.5.0-2 a iné)
Odkazy pre libgenomicsdb0
Zdroje Debian:
Stiahnuť zdrojový balík genomicsdb:
- [genomicsdb_1.5.0-2.dsc]
- [genomicsdb_1.5.0.orig-genomicsdb-htslib.tar.gz]
- [genomicsdb_1.5.0.orig-genomicsdb-tiledb.tar.gz]
- [genomicsdb_1.5.0.orig.tar.gz]
- [genomicsdb_1.5.0-2.debian.tar.xz]
Správcovia:
Externé zdroje:
- Domovská stránka [www.genomicsdb.org]
Podobné balíky:
sparse array storage library for genomics (shared libraries)
GenomicsDB is built on top of a htslib fork and an internal array storage system for importing, querying and transforming variant data. Variant data is sparse by nature (sparse relative to the whole genome) and using sparse array data stores is a perfect fit for storing such data.
The GenomicsDB stores variant data in a 2D array where:
- Each column corresponds to a genomic position (chromosome + position); - Each row corresponds to a sample in a VCF (or CallSet in the GA4GH terminology); - Each cell contains data for a given sample/CallSet at a given position; data is stored in the form of cell attributes; - Cells are stored in column major order - this makes accessing cells with the same column index (i.e. data for a given genomic position over all samples) fast. - Variant interval/gVCF interval data is stored in a cell at the start of the interval. The END is stored as a cell attribute. For variant intervals (such as deletions and gVCF REF blocks), an additional cell is stored at the END value of the variant interval. When queried for a given genomic position, the query library performs an efficient sweep to determine all intervals that intersect with the queried position.
This package contains the shared library.
Ostatné balíky súvisiace s balíkom libgenomicsdb0
|
|
|
|
-
- dep: libbz2-1.0
- kvalitná knižnica na komprimáciu súborov s triedením blokov - dynamická knižnica
-
- dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, sh4]
- knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb
-
- dep: libcurl4 (>= 7.18.0) [alpha]
- jednoducho použiteľná klientská knižnica na prenos URL (OpenSSL)
-
- dep: libcurl4t64 (>= 7.18.0) [nie alpha]
- jednoducho použiteľná klientská knižnica na prenos URL (OpenSSL)
-
- dep: libfmt9 (>= 9.1.0+ds1)
- fast type-safe C++ formatting library -- library
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64]
- podporná knižnica GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [sh4]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [mips64el]
-
- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- podporná knižnica GCC
-
- dep: libgomp1 (>= 4.9)
- podporná knižnica GCC OpenMP (GOMP)
-
- dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614)
- komprimačná knižnica formátu XZ
-
- dep: libmuparserx4.0.11 (>= 4.0.11)
- mathematical expression parser library
-
- dep: libprotobuf23 (>= 3.12.4) [alpha]
- knižnica Protocol Buffers pre C++
-
- dep: libprotobuf32t64 (>= 3.21.12) [nie alpha]
- knižnica Protocol Buffers pre C++
-
- dep: libssl3t64 (>= 3.0.0)
- sada nástrojov SSL (Secure Sockets Layer) - zdieľné knižnice
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- štandardná knižnica C++ GNU v3
-
- dep: libuuid1 (>= 2.16)
- knižnica všeobecne jedinečných identifikátorov
-
- dep: openmpi-bin
- knižnica na vyskokovýkonné odovzdávanie správ - spustiteľné súbory
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- komprimačná knižnica - dynamická verzia
Stiahnuť libgenomicsdb0
Architektúra | Verzia | Veľkosť balíka | Nainštalovaná veľkosť | Súbory |
---|---|---|---|---|
alpha (neoficiálny port) | 1.5.0-2+b1 | 1,441.9 kB | 6,556.0 kB | [zoznam súborov] |
amd64 | 1.5.0-2+b1 | 1,538.6 kB | 5,860.0 kB | [zoznam súborov] |
m68k (neoficiálny port) | 1.5.0-2+b1 | 1,441.1 kB | 5,345.0 kB | [zoznam súborov] |
mips64el | 1.5.0-2+b1 | 1,281.7 kB | 6,887.0 kB | [zoznam súborov] |
sh4 (neoficiálny port) | 1.5.0-2+b1 | 1,800.8 kB | 5,317.0 kB | [zoznam súborov] |