Balík: gubbins (2.3.4-1)

Odkazy pre gubbins

Zdroje Debian:

Stiahnuť zdrojový balík gubbins:

Správcovia:

Externé zdroje:

Domovská stránka [sanger-pathogens.github.io]

Podobné balíky:

phylogenetic analysis of genome sequences

Gubbins supports rapid phylogenetic analysis of large samples of recombinant bacterial whole genome sequences.

Gubbins (Genealogies Unbiased By recomBinations In Nucleotide Sequences) is an algorithm that iteratively identifies loci containing elevated densities of base substitutions while concurrently constructing a phylogeny based on the putative point mutations outside of these regions. Simulations demonstrate the algorithm generates highly accurate reconstructions under realistic models of short-term bacterial evolution, and can be run in only a few hours on alignments of hundreds of bacterial genome sequences.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom gubbins

závisí

odporúča

navrhuje

vylepšuje

dep: fasttree

phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.4) [i386]
dep: python3

interaktívny vysokoúrovňový objektovo orientovaný jazyk (predvolená verzia python3)
dep: python3-biopython

knižnica na bioinformatiku implementovaná v jazyku Python 3
dep: python3-dendropy

DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)
dep: python3-nose

objavovanie testov a spúšťanie unit testov Pythonu 3
dep: python3-reportlab

knižnica ReportLab na tvorbu dokumentov PDF pomocou Pythonu
dep: raxml (>= 8)

Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

komprimačná knižnica - dynamická verzia

Stiahnuť gubbins

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry
Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	47.4 kB	187.0 kB	[zoznam súborov]
i386	48.3 kB	186.0 kB	[zoznam súborov]