Balík: iva (1.0.11+ds-3)

Odkazy pre iva

Zdroje Debian:

Stiahnuť zdrojový balík iva:

Správcovia:

Externé zdroje:

Domovská stránka [github.com]

Podobné balíky:

iterative virus sequence assembler

IVA is a de novo assembler designed to assemble virus genomes that have no repeat sequences, using Illumina read pairs sequenced from mixed populations at extremely high depth.

IVA's main algorithm works by iteratively extending contigs using aligned read pairs. Its input can be just read pairs, or additionally you can provide an existing set of contigs to be extended. Alternatively, it can take reads together with a reference sequence.

Značky: Biológia: Nucleic Acids, Pole: Biológia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::python, User Interface: Príkazový riadok, Role: role::program, works-with::biological-sequence, Works with: Súbory

Ostatné balíky súvisiace s balíkom iva

závisí

odporúča

navrhuje

vylepšuje

dep: default-jre-headless

Standard Java or Java compatible Runtime (headless)
dep: fastaq

FASTA and FASTQ file manipulation tools
dep: kmc

count kmers in genomic sequences
dep: mummer

Efficient sequence alignment of full genomes
dep: perl

Practical Extraction and Report Language od Larryho Walla
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: python3-networkx

nástroj na tvorbu, manipuláciu a študovanie komplexných sietí - Python 3
dep: python3-numpy

schopnosti rýchlych polí do jazyka Python 3
dep: python3-packaging

základné nástroje balíkov jazyka Python 3
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: samtools

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
dep: smalt

Sequence Mapping and Alignment Tool

rec: bioperl

nástroje jazyka Perl na výpočtovú molekulárnu biológiu
rec: r-base-core

jadro GNU R na štatistické výpočty a grafický systém
rec: trimmomatic

flexible read trimming tool for Illumina NGS data

Stiahnuť iva

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry
Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
mips64el	8,380.3 kB	8,769.0 kB	[zoznam súborov]