все параметры
[  trixie  ] [  forky  ] [  sid  ] [  experimental  ]
[ Источник: r-bioc-densvis  ]

Пакет: r-bioc-densvis (1.16.0+dfsg-2 и другие)

Ссылки для r-bioc-densvis

Screenshot

Ресурсы Debian:

Исходный код r-bioc-densvis:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Подобные пакеты:

density-preserving data visualization via non-linear dimensionality reduction

Implements the density-preserving modification to t-SNE and UMAP described by Narayan et al. (2020) <doi:10.1101/2020.05.12.077776>. The non-linear dimensionality reduction techniques t-SNE and UMAP enable users to summarise complex high-dimensional sequencing data such as single cell RNAseq using lower dimensional representations. These lower dimensional representations enable the visualisation of discrete transcriptional states, as well as continuous trajectory (for example, in early development). However, these methods focus on the local neighbourhood structure of the data. In some cases, this results in misleading visualisations, where the density of cells in the low-dimensional embedding does not represent the transcriptional heterogeneity of data in the original high-dimensional space. den-SNE and densMAP aim to enable more accurate visual interpretation of high-dimensional datasets by producing lower-dimensional embeddings that accurately represent the heterogeneity of the original high-dimensional space, enabling the identification of homogeneous and heterogeneous cell states. This accuracy is accomplished by including in the optimisation process a term which considers the local density of points in the original high-dimensional space. This can help to create visualisations that are more representative of heterogeneity in the original high-dimensional space.

Другие пакеты, относящиеся к r-bioc-densvis

  • зависимости
  • рекомендации
  • предложения
  • enhances

Загрузка r-bioc-densvis

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура Версия Размер пакета В установленном виде Файлы
alpha (неофициальный перенос) 1.10.3+dfsg-1 79,3 Кб214,0 Кб [список файлов]
amd64 1.16.0+dfsg-2 82,6 Кб204,0 Кб [список файлов]
arm64 1.16.0+dfsg-2 77,0 Кб216,0 Кб [список файлов]
hppa (неофициальный перенос) 1.10.3+dfsg-1 81,8 Кб212,0 Кб [список файлов]
ia64 (неофициальный перенос) 1.10.3+dfsg-1 92,0 Кб305,0 Кб [список файлов]
loong64 (неофициальный перенос) 1.10.3+dfsg-1 76,7 Кб198,0 Кб [список файлов]
m68k (неофициальный перенос) 1.10.3+dfsg-1 77,7 Кб189,0 Кб [список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос) 1.10.3+dfsg-1 86,1 Кб281,0 Кб [список файлов]
sh4 (неофициальный перенос) 1.10.3+dfsg-1 87,3 Кб213,0 Кб [список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос) 1.10.3+dfsg-1 74,3 Кб1 115,0 Кб [список файлов]
x32 (неофициальный перенос) 1.10.3+dfsg-1 80,8 Кб193,0 Кб [список файлов]