Пакет: python3-dna-jellyfish (2.3.1-3 и другие)

Ссылки для python3-dna-jellyfish

Ресурсы Debian:

Исходный код jellyfish:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [www.genome.umd.edu]

Подобные пакеты:

count k-mers in DNA sequences (Python bindings of jellyfish)

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

This package contains the Python bindings of jellyfish.

Другие пакеты, относящиеся к python3-dna-jellyfish

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [не ia64]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не hppa, ia64, riscv64]

вспомогательная библиотека GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

вспомогательная библиотека GCC
dep: libjellyfish-2.0-2 (>= 2.3.0) [ia64]

count k-mers in DNA sequences (dynamic library of jellyfish)

dep: libjellyfish-2.0-2 (>= 2.3.1) [не ia64]
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [не ia64]

стандартная библиотека GNU C++ версии 3

dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64]
dep: libunwind8 [ia64]

library to determine the call-chain of a program - runtime
dep: python3

интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

dep: python3 (<< 3.10) [ia64]

dep: python3 (<< 3.13) [не ia64]

dep: python3 (>= 3.11~) [не ia64]

dep: python3 (>= 3.9~) [ia64]

Загрузка python3-dna-jellyfish

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	2.3.1-3+b3	65,1 Кб	326,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.3.1-3+b3	62,6 Кб	438,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	2.3.1-2+b1	74,2 Кб	384,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	2.3.0-12	67,0 Кб	280,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2.3.1-3+b4	60,0 Кб	452,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.3.1-3+b4	66,7 Кб	438,0 Кб	[список файлов]
riscv64	2.3.1-3+b4	68,2 Кб	286,0 Кб	[список файлов]