Пакет: packmol (1:21.1.0-1 и другие)

Ссылки для packmol

Ресурсы Debian:

Исходный код packmol:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [m3g.iqm.unicamp.br]

Подобные пакеты:

Initial configurations for Molecular Dynamics Simulations

Initial configurations for Molecular Dynamics Simulations by packing optimization.

Packmol creates an initial point for molecular dynamics simulations by packing molecules in defined regions of space. The packing guarantees that short range repulsive interactions do not disrupt the simulations.

The great variety of types of spatial constraints that can be attributed to the molecules, or atoms within the molecules, makes it easy to create ordered systems, such as lamellar, spherical or tubular lipid layers.

The user must provide only the coordinates of one molecule of each type, the number of molecules of each type and the spatial constraints that each type of molecule must satisfy.

The package is compatible with input files of PDB, TINKER, XYZ and MOLDY formats.

See http://m3g.iqm.unicamp.br/packmol for more information.

References

Please always cite one of the following references in publications for which Packmol was useful:

L Martinez, R Andrade, EG Birgin, JM Martinez, Packmol: A package for building initial configurations for molecular dynamics simulations. Journal of Computational Chemistry, 30, 2157-2164, 2009. (http://www3.interscience.wiley.com/journal/122210103/abstract)

JM Martinez, L Martinez, Packing optimization for the automated generation of complex system's initial configurations for molecular dynamics and docking. Journal of Computational Chemistry, 24, 819-825, 2003. (http://www3.interscience.wiley.com/journal/104086246/abstract)

Другие пакеты, относящиеся к packmol

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, i386, m68k, riscv64, x32]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.38) [arm64, armel, armhf, hppa, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64]

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, i386, ppc64el, x32]

вспомогательная библиотека GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
dep: libgfortran5 (>= 10)

Runtime library for GNU Fortran applications

rec: tcl

Tool Command Language (default version) - shell

Загрузка packmol

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	1:21.1.0-1	110,4 Кб	471,0 Кб	[список файлов]
amd64	1:21.1.0-1	117,1 Кб	439,0 Кб	[список файлов]
arm64	1:21.1.0-1	105,1 Кб	407,0 Кб	[список файлов]
armel	1:21.1.0-1	113,6 Кб	471,0 Кб	[список файлов]
armhf	1:21.1.0-1	109,7 Кб	343,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	1:21.1.0-1	112,8 Кб	411,0 Кб	[список файлов]
i386	1:21.1.0-1	115,7 Кб	474,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	1:20.14.3-1	139,5 Кб	679,0 Кб	[список файлов]
loong64 (неофициальный перенос)	1:21.1.0-1	107,0 Кб	407,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	1:21.1.0-1	83,4 Кб	390,0 Кб	[список файлов]
mips64el	1:21.1.0-1	106,8 Кб	475,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	1:21.1.0-1	113,3 Кб	472,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	1:21.1.0-1	115,0 Кб	471,0 Кб	[список файлов]
riscv64	1:21.1.0-1	119,3 Кб	371,0 Кб	[список файлов]
s390x	1:21.1.0-1	124,9 Кб	451,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	1:21.1.0-1	128,0 Кб	406,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	1:21.1.0-1	107,1 Кб	1 177,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	1:21.1.0-1	112,1 Кб	418,0 Кб	[список файлов]