[ Источник: mira ]
Пакет: mira-assembler (4.9.6-11)
Ссылки для mira-assembler
Ресурсы Debian:
- Сообщения об ошибках
- Developer Information
- Debian журнал изменений
- Файл авторских прав
- Отслеживание заплат Debian
Исходный код mira:
Сопровождающие:
- Debian Med Packaging Team (Страница КК, Почтовый архив)
- Steffen Moeller (Страница КК)
- Andreas Tille (Страница КК)
- Michael R. Crusoe (Страница КК)
Внешние ресурсы:
- Сайт [sourceforge.net]
Подобные пакеты:
Whole Genome Shotgun and EST Sequence Assembler
The mira genome fragment assembler is a specialised assembler for sequencing projects classified as 'hard' due to high number of similar repeats. For expressed sequence tags (ESTs) transcripts, miraEST is specialised on reconstructing pristine mRNA transcripts while detecting and classifying single nucleotide polymorphisms (SNP) occurring in different variations thereof.
The assembler is routinely used for such various tasks as mutation detection in different cell types, similarity analysis of transcripts between organisms, and pristine assembly of sequences from various sources for oligo design in clinical microarray experiments.
The package provides the following executables: Binaries provided:
* mira: for assembly of genome sequences * miramem: estimating memory needed to assemble projects. * mirabait: a "grep" like tool to select reads with kmers up to 256 bases. * miraconvert: is a tool to convert, extract and sometimes recalculate all kinds of data related to sequence assembly files.
Другие пакеты, относящиеся к mira-assembler
|
|
|
|
-
- dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]
- filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++
-
- dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0) [не x32]
- filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++
-
- dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0) [sparc64]
- библиотека Boost.Iostreams
-
- dep: libboost-regex1.74.0-icu72 [x32]
- виртуальный пакет, предоставляемый libboost-regex1.74.0
-
- dep: libboost-regex1.83.0-icu72 [sparc64]
- виртуальный пакет, предоставляемый libboost-regex1.83.0
-
- dep: libboost-system1.83.0 (>= 1.83.0) [sparc64]
- Operating system (e.g. diagnostics support) library
-
- dep: libboost-thread1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]
- portable C++ multi-threading
-
- dep: libboost-thread1.83.0 (>= 1.83.0) [не x32]
- portable C++ multi-threading
-
- dep: libbz2-1.0 [sparc64]
- библиотека сжатия по алгоритму Барроуза—Уилера (динамическая версия)
-
- dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4]
- библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
-
- dep: libexpat1 (>= 2.0.1)
- работа с XML для программ на C (библиотека времени выполнения)
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]
- вспомогательная библиотека GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [riscv64]
-
- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- вспомогательная библиотека GCC
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- вспомогательная библиотека GCC
-
- dep: libgomp1 (>= 4.9)
- вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- стандартная библиотека GNU C++ версии 3
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- library to determine the call-chain of a program - runtime
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)
- библиотека сжатия
-
- rec: mira-rfam-12s-rrna
- extract of RFAM 12 rRNA database
-
- sug: mira-doc
- documentation for the mira assembler
Загрузка mira-assembler
| Архитектура | Размер пакета | В установленном виде | Файлы |
|---|---|---|---|
| alpha (неофициальный перенос) | 2 591,6 Кб | 8 357,0 Кб | [список файлов] |
| amd64 | 2 507,6 Кб | 7 996,0 Кб | [список файлов] |
| arm64 | 2 234,0 Кб | 7 008,0 Кб | [список файлов] |
| armel | 2 145,5 Кб | 7 031,0 Кб | [список файлов] |
| armhf | 2 102,0 Кб | 5 119,0 Кб | [список файлов] |
| hppa (неофициальный перенос) | 2 454,6 Кб | 7 599,0 Кб | [список файлов] |
| i386 | 2 401,7 Кб | 8 227,0 Кб | [список файлов] |
| ia64 (неофициальный перенос) | 3 535,0 Кб | 14 730,0 Кб | [список файлов] |
| m68k (неофициальный перенос) | 2 175,7 Кб | 7 707,0 Кб | [список файлов] |
| mips64el | 2 301,6 Кб | 8 737,0 Кб | [список файлов] |
| ppc64 (неофициальный перенос) | 2 395,3 Кб | 8 224,0 Кб | [список файлов] |
| ppc64el | 2 535,8 Кб | 8 096,0 Кб | [список файлов] |
| riscv64 | 2 690,3 Кб | 6 472,0 Кб | [список файлов] |
| s390x | 1 967,3 Кб | 7 400,0 Кб | [список файлов] |
| sh4 (неофициальный перенос) | 2 911,8 Кб | 6 749,0 Кб | [список файлов] |
| sparc64 (неофициальный перенос) | 1 985,1 Кб | 7 338,0 Кб | [список файлов] |
| x32 (неофициальный перенос) | 2 504,1 Кб | 7 789,0 Кб | [список файлов] |