[ Источник: jellyfish ]
Пакет: jellyfish (2.2.10-2)
Ссылки для jellyfish
Ресурсы Debian:
- Сообщения об ошибках
- Developer Information
- Debian журнал изменений
- Файл авторских прав
- Отслеживание заплат Debian
Исходный код jellyfish:
Сопровождающие:
- Debian Med Packaging Team (Страница КК, Почтовый архив)
- Shaun Jackman (Страница КК)
- Andreas Tille (Страница КК)
- Michael R. Crusoe (Страница КК)
Внешние ресурсы:
- Сайт [www.cbcb.umd.edu]
Подобные пакеты:
count k-mers in DNA sequences
JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.
JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.
Другие пакеты, относящиеся к jellyfish
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.17)
- библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
-
- dep: libgcc1 (>= 1:3.0)
- вспомогательная библиотека GCC
-
- dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.2.10-2)
- count k-mers in DNA sequences (dynamic library of jellyfish)
-
- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- стандартная библиотека GNU C++ версии 3
Загрузка jellyfish
| Архитектура | Размер пакета | В установленном виде | Файлы |
|---|---|---|---|
| arm64 | 336,4 Кб | 571,0 Кб | [список файлов] |