Пакет: python3-nanoget (1.12.2-4)

Ссылки для python3-nanoget

Ресурсы Debian:

Исходный код python-nanoget:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [github.com]

Подобные пакеты:

extract information from Oxford Nanopore sequencing data and alignments

The Python3 module nanoget provides functions to extract useful metrics from Oxford Nanopore sequencing reads and alignments.

Data can be presented in the following formats, using the following functions:

 * sorted bam file process_bam(bamfile, threads)
 * standard fastq file process_fastq_plain(fastqfile, 'threads')
 * fastq file with metadata from MinKNOW or Albacore
   process_fastq_rich(fastqfile)
 * sequencing_summary file generated by Albacore
   process_summary(sequencing_summary.txt, 'readtype')

Fastq files can be compressed using gzip, bzip2 or bgzip. The data is returned as a pandas DataFrame with standardized headernames for convenient extraction. The functions perform logging while being called and extracting data.

Другие пакеты, относящиеся к python3-nanoget

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: python3

интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)
dep: python3-biopython

Python3 library for bioinformatics
dep: python3-nanomath

simple math function for other Oxford Nanopore processing scripts
dep: python3-numpy

Fast array facility to the Python 3 language
dep: python3-pandas

data structures for "relational" or "labeled" data
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

Загрузка python3-nanoget

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
all	10,4 Кб	49,0 Кб	[список файлов]