Пакет: lumpy-sv (0.3.1+dfsg-5)

Ссылки для lumpy-sv

Ресурсы Debian:

Исходный код lumpy-sv:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [github.com]

Подобные пакеты:

general probabilistic framework for structural variant discovery

LUMPY, a novel SV discovery framework that naturally integrates multiple SV signals jointly across multiple samples. LUMPY yields improved sensitivity, especially when SV signal is reduced owing to either low coverage data or low intra-sample variant allele frequency.

Другие пакеты, относящиеся к lumpy-sv

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: bamkit

tools for common BAM file manipulations
dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg)

dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
dep: libc6 (>= 2.29)

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

вспомогательная библиотека GCC
dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream
dep: libhts3 (>= 1.10)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

стандартная библиотека GNU C++ версии 3
dep: python3

интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)
dep: python3-numpy

Fast array facility to the Python 3 language
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: samblaster

marks duplicates, extracts discordant/split reads
dep: samtools

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

rec: sambamba

tools for working with SAM/BAM data

Загрузка lumpy-sv

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
armhf	161,4 Кб	433,0 Кб	[список файлов]