[ Источник: centrifuge ]
Пакет: centrifuge (1.0.3-8)
Ссылки для centrifuge
Ресурсы Debian:
- Сообщения об ошибках
- Developer Information
- Debian журнал изменений
- Файл авторских прав
- Отслеживание заплат Debian
Исходный код centrifuge:
Сопровождающие:
Внешние ресурсы:
- Сайт [ccb.jhu.edu]
Подобные пакеты:
rapid and memory-efficient system for classification of DNA sequences
Centrifuge is a very rapid and memory-efficient system for the classification of DNA sequences from microbial samples, with better sensitivity than and comparable accuracy to other leading systems. The system uses a novel indexing scheme based on the Burrows-Wheeler transform (BWT) and the Ferragina-Manzini (FM) index, optimized specifically for the metagenomic classification problem. Centrifuge requires a relatively small index (e.g., 4.3 GB for ~4,100 bacterial genomes) yet provides very fast classification speed, allowing it to process a typical DNA sequencing run within an hour. Together these advances enable timely and accurate analysis of large metagenomics data sets on conventional desktop computers.
Другие пакеты, относящиеся к centrifuge
|
|
|
|
-
- dep: hisat2
- graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes
-
- dep: jellyfish
- count k-mers in DNA sequences
-
- dep: libc6 (>= 2.29)
- библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5)
- вспомогательная библиотека GCC
-
- dep: libstdc++6 (>= 9)
- стандартная библиотека GNU C++ версии 3
-
- dep: python3
- интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)
Загрузка centrifuge
| Архитектура | Размер пакета | В установленном виде | Файлы |
|---|---|---|---|
| armel | 489,3 Кб | 1 491,0 Кб | [список файлов] |