Пакет: hisat2 (2.2.1-4 и другие)
Ссылки для hisat2
Ресурсы Debian:
- Сообщения об ошибках
- Developer Information
- Debian журнал изменений
- Файл авторских прав
- Отслеживание заплат Debian
Исходный код hisat2:
Сопровождающие:
Внешние ресурсы:
- Сайт [daehwankimlab.github.io]
Подобные пакеты:
graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes
HISAT2 is a fast and sensitive alignment program for mapping next-generation sequencing reads (both DNA and RNA) to a population of human genomes (as well as against a single reference genome). Based on an extension of BWT for graphs a graph FM index (GFM) was designed and implementd. In addition to using one global GFM index that represents a population of human genomes, HISAT2 uses a large set of small GFM indexes that collectively cover the whole genome (each index representing a genomic region of 56 Kbp, with 55,000 indexes needed to cover the human population). These small indexes (called local indexes), combined with several alignment strategies, enable rapid and accurate alignment of sequencing reads. This new indexing scheme is called a Hierarchical Graph FM index (HGFM).
Другие пакеты, относящиеся к hisat2
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, i386, mipsel]
- вспомогательная библиотека GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
-
- dep: libstdc++6 (>= 11)
- стандартная библиотека GNU C++ версии 3
-
- dep: perl
- практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов
-
- dep: python3
- интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)
-
- rec: bcftools
- genomic variant calling and manipulation of VCF/BCF files
-
- rec: python3-hisat2
- Python scripts accompanying hisat2
-
- rec: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
Загрузка hisat2
| Архитектура | Версия | Размер пакета | В установленном виде | Файлы |
|---|---|---|---|---|
| amd64 | 2.2.1-4+b2 | 3 572,5 Кб | 14 154,0 Кб | [список файлов] |
| arm64 | 2.2.1-4+b2 | 3 397,1 Кб | 13 162,0 Кб | [список файлов] |
| armel | 2.2.1-4+b2 | 3 366,4 Кб | 13 248,0 Кб | [список файлов] |
| armhf | 2.2.1-4+b2 | 3 318,1 Кб | 11 698,0 Кб | [список файлов] |
| i386 | 2.2.1-4+b2 | 3 489,9 Кб | 14 726,0 Кб | [список файлов] |
| mips64el | 2.2.1-4+b2 | 3 470,4 Кб | 14 428,0 Кб | [список файлов] |
| mipsel | 2.2.1-4+b2 | 3 648,5 Кб | 14 840,0 Кб | [список файлов] |
| ppc64el | 2.2.1-4+b2 | 3 595,6 Кб | 14 058,0 Кб | [список файлов] |
| s390x | 2.2.1-4+b2 | 3 193,4 Кб | 13 676,0 Кб | [список файлов] |