Pakiet: minia (3.2.6-4 i inne) [debports]
Odnośniki dla minia
Zasoby systemu Debian:
Pobieranie pakietu źródłowego :
Nie znalezionoOpiekunowie:
Zasoby zewnętrzne:
- Strona internetowa [minia.genouest.org]
Podobne pakiety:
short-read biological sequence assembler
What was referred to as "next-generation" DNA sequencing up to the year 2020 delivered only "short" reads up to ~600 base pairs in length that would then have to be puzzled by random overlaps in their sequence towards a complete genome. This is the genome assembly. And there are many biological pitfalls on long stretches of low complexity regions and copy number variations and other sorts of redundancies that render this difficult.
This package provides a short-read DNA sequence assembler based on a de Bruijn graph, capable of assembling a human genome on a desktop computer in a day.
The output of Minia is a set of contigs, i.e. stretches of gap-free linear overlaps of short reads. In the best possible case this is a whole chromosome.
Minia produces results of similar contiguity and accuracy to other de Bruijn assemblers (e.g. Velvet).
Inne pakiety związane z minia
|
|
|
|
-
- dep: bc
- GNU bc - język kalkulatora z dowolną precyzją
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
-
- dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg)
- dynamic library of the Genome Analysis Toolbox
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- Biblioteka wspomagająca GCC
-
- dep: libhdf5-103-1t64
- HDF5 C runtime files - serial version
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
-
- dep: zlib1g
- Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze
-
- rec: samtools
- Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM
-
- sug: bandage
- Bioinformatics Application for Navigating De novo Assembly Graphs Easily
Pobieranie minia
| Architektura | Wersja | Rozmiar pakietu | Rozmiar po instalacji | Pliki |
|---|---|---|---|---|
| x32 (port nieoficjalny) | 3.2.6-4+b1 | 391,2 KiB | 707,0 KiB | [lista plików] |