wszystkie opcje
bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Pakiet źródłowy: metaphlan  ]

Pakiet: metaphlan (4.0.4-1)

Odnośniki dla metaphlan

Screenshot

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego metaphlan:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Podobne pakiety:

Metagenomic Phylogenetic Analysis

MetaPhlAn is a computational tool for profiling the composition of microbial communities (Bacteria, Archaea and Eukaryotes) from metagenomic shotgun sequencing data (i.e. not 16S) with species-level. With the newly added StrainPhlAn module, it is now possible to perform accurate strain-level microbial profiling.

MetaPhlAn relies on ~1.1M unique clade-specific marker genes (the latest marker information file mpa_v31_CHOCOPhlAn_201901_marker_info.txt.bz2 can be found here) identified from ~100,000 reference genomes (~99,500 bacterial and archaeal and ~500 eukaryotic), allowing:

 * unambiguous taxonomic assignments;
 * accurate estimation of organismal relative abundance;
 * species-level resolution for bacteria, archaea, eukaryotes and
   viruses;
 * strain identification and tracking
 * orders of magnitude speedups compared to existing methods.
 * metagenomic strain-level population genomics

Inne pakiety związane z metaphlan

  • wymaga
  • poleca
  • sugeruje
  • enhances

Pobieranie metaphlan

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura Rozmiar pakietu Rozmiar po instalacji Pliki
all 1 963,5 KiB6 184,0 KiB [lista plików]